A-1145/2011 - Abteilung I - Mehrwertsteuer - Mehrwertsteuer (Mineralölsteuerrückerstattungen)

ABundesve rwa l t ungsge r i ch t
T r i buna l   adm in i s t r a t i f   f édé ra l
T r i buna l e   ammin i s t r a t i vo   f ede ra l e
T r i buna l   adm in i s t r a t i v   f ede ra l
Abteilung I
A­1145/2011
U r t e i l   v om   2 8 .   S ep t embe r   2 0 1 1
Besetzung Richter Markus Metz (Vorsitz),
Richter Michael Beusch, Richterin Salome Zimmermann,
Gerichtsschreiber Jürg Steiger.
Parteien A._______,
Beschwerdeführerin,
gegen
Eidgenössische Steuerverwaltung ESTV, Hauptabteilung 
Mehrwertsteuer, Schwarztorstrasse 50, 3003 Bern,
Vorinstanz.
Gegenstand Mehrwertsteuer (Mineralölsteuerrückerstattungen).
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Sachverhalt:
A. 
Mit  Schreiben  vom  5.  Mai  1995  teilte  die  A._______  mit,  sie  sei  mit 
verschiedenen  von  der  Eidgenössischen  Steuerverwaltung  (ESTV) 
bekannt  gegebenen  Praxismitteilungen  nicht  einverstanden.  Sie  habe 
deshalb  unter  anderem  keine  Kürzung  des  Vorsteuerabzugs  wegen 
Subventionen vorgenommen. Ihrer Ansicht nach sei die in Art. 30 Abs. 6 
der Verordnung vom 22. Juni 1994 über die Mehrwertsteuer  (aMWSTV, 
AS 1994 1464) vorgesehene Vorsteuerabzugskürzung verfassungswidrig.
B. 
Am  12.  Oktober  1998  teilte  die  A._______  mit,  sie  wolle  den  strittigen 
Punkt "Kürzung des Vorsteuerabzugs bei Subventionen" zur Vermeidung 
hoher Verzugszinsforderungen bereinigen. Sie machte aber ausdrücklich 
darauf  aufmerksam,  es  handle  sich  dabei  um  eine  rein  buchhalterische 
Bereinigung und ihr Vorbehalt gemäss ihrem Schreiben vom 5. Mai 1995 
bestehe  weiterhin.  Gemäss  ihren  Berechnungen  schulde  sie  für  den 
Zeitraum  vom  1.  Januar  1995  bis  30.  Juni  1998  aufgrund  der  nicht 
vorgenommenen Kürzungen Steuern in der Höhe von Fr. 3'008'046.77.
C. 
In  der  Abrechnung  für  das  4. Quartal  1998  (Eingang  bei  der  ESTV  am 
9. Februar  1999) wies die A._______ erneut  auf  den Vorbehalt  gemäss 
ihrem Schreiben vom 5. Mai 1995 hin. Ebenfalls in ihrem Begleitbrief vom 
26. Mai  1999  zur  Abrechnung  für  das  1.  Quartal  1999  bestätigte  sie 
diesen Vorbehalt als weiterhin gültig.
D. 
Mit Schreiben vom 9. November 2001  teilte die A._______ u.a. mit,  sie 
halte  an  ihrem  Vorbehalt  betreffend  die  Kürzung  des  Vorsteuerabzugs 
beim Erhalt von Subventionen gemäss ihrem Schreibem vom 5. Mai 1995 
nicht  mehr  fest.  In  der  Beilage  retournierte  sie  den  von  der  ESTV 
aufgrund  der  ergangenen  Rechtsprechung  erstellten  "Fragebogen  zur 
verhältnismässigen  Vorsteuerkürzung  bei  Erhalt  von  Subventionen  im 
Bereich  des  öffentlichen  Verkehrs".  Auch  in  diesem  Fragebogen 
vermerkte  sie,  sie  halte  an  ihrer  Bestreitung  der  Rechtmässigkeit  der 
Vorsteuerabzugskürzungen aufgrund von Subventionen nicht mehr fest.
E. 
Mit Schreiben vom 27. Mai 2003 – unter Beilage der Abrechnung für das 
1.  Quartal  2003  –  teilte  die  A._______  mit,  sie  rechne  die 
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Mineralölsteuerrückerstattungen  grundsätzlich  nach  der 
Verwaltungspraxis  gemäss  der  Branchenbroschüre  (BB)  Nr.  10, 
Konzessionierte  Transportunternehmen  (KTU),  Seilbahnen  und 
Sportbahnen,  vom  August  2000,  Ziff.  8.15,  ab.  Sie  sei  jedoch  der 
Meinung,  Mineralölsteuerrückerstattungen  stellten  keine  Subventionen 
dar  und  demnach  sei  auch  keine  Kürzung  des  Vorsteuerabzugs 
vorzunehmen.  Ihre  Zahlung  erfolge  deshalb  unter  Vorbehalt  der 
Rechtmässigkeit der erwähnten Praxis der ESTV.
F. 
An verschiedenen Tagen zwischen dem 5. und 20. Juni 2003  führte die 
ESTV  bei  der  A._______  eine  Kontrolle  durch.  Mit  der 
Ergänzungsabrechnung (EA) Nr. 284'579 vom 19. Juni 2003 machte die 
ESTV  für  die  Zeit  vom  1.  Januar  1995  bis  31.  März  2003  eine 
Steuernachforderung  von  Fr.  56'470.­­  zuzüglich  Verzugszins  geltend. 
Davon  ergab  sich  ein Betrag  von Fr.  36'410.60  aufgrund  von  zehn  von 
der Beschwerdeführerin bei der Deklaration der Vorsteuerabzugskürzung 
nicht  berücksichtigten  Mineralölsteuerrückerstattungen.  Im  Weiteren 
forderte die ESTV mit der EA Nr. 284'580 vom 20. Juni 2003 Fr 84'468.­­ 
Verzugszins  nach.  Davon  ergaben  sich  Fr. 17'528.­­  Verzugszins 
aufgrund  der  erst  in  der  Abrechnung  des  4.  Quartals  1998  erfolgten 
Deklaration  der  Vorsteuerabzugskürzungen  infolge  Erhalts  von 
Mineralölsteuerrückerstattungen  in  der  Zeit  vom  1. Juli  1995  bis  30. 
September 1998.
G. 
Mit  Eingabe  vom  25.  Juni  2003  bestritt  die  A._______  die 
Steuernachforderungen  der  ESTV.  Ihrer  Ansicht  nach  würden  die 
Mineralölsteuerrückerstattungen  keine  Subvention  darstellen.  Am  12. 
Januar  2004  erliess  die  ESTV  einen  anfechtbaren  Entscheid  bezüglich 
der Abrechnungsperioden vom 1. Quartal 1995 bis 1. Quartal 2003 (Zeit 
vom  1.  Januar  1995  bis  31. März  2003).  Sie  hielt  darin  an  ihren 
Steuernachforderungen gemäss den EA Nr. 284'579 vom 19.  Juni 2003 
und EA Nr. 284'580 vom 20. Juni 2003 fest.
H. 
Gegen  diesen  Entscheid  erhob  die  A._______  am  19.  Januar  2004 
Einsprache.  Mit  Schreiben  vom  21.  Mai  2004  forderte  die  ESTV  die 
A._______  auf,  ihre  Einsprache  zu  verbessern,  da  diese  weder  ein 
konkretes  Begehren  noch  eine  sachbezogene  Begründung  enthalte. 
Dieser  Aufforderung  kam  die  A._______  am  1.  Juni  2004  nach.  Sie 
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beantragte  die  Aufhebung  des  Entscheids  der  ESTV  vom  12.  Januar 
2004  bezüglich  der  Nachforderungen  im  Zusammenhang  mit  den 
Mineralölsteuerrückerstattungen.  Sie  ersuchte  die  ESTV  zudem,  den 
Ausgang  eines  hängigen  Pilotverfahrens  abzuwarten  und  bis  dahin 
keinen Einspracheentscheid zu treffen.
I. 
Mit Schreiben vom 4. Februar 2008 forderte die ESTV die A._______ auf, 
mittels  Unterschrift  und  Rücksendung  einer  vorbereiteten  Erklärung  die 
Unterbrechung  der  Verjährung  anzuerkennen.  Die  A._______  kam 
diesem  Anliegen  am  29. Februar  2008  nach.  Mit  Schreiben  vom  22. 
Dezember  2008  unterbrach  die  ESTV  zudem  die  Verjährung  für  die 
Gesamtheit  ihrer  Steuerforderungen  (inkl.  Verzugszins)  gegenüber  der 
A._______ für die Zeit ab dem 1. April 2003.
J. 
Am  20.  April  2010  teilte  die  A._______ mit,  gestützt  auf  das Urteil  des 
Bundesverwaltungsgerichts  A­1668/2006  vom  16. November  2009 
(auszugsweise veröffentlicht  in BVGE 2010/6) würden Rückerstattungen 
der  Mineralölsteuer  als  Subventionen  gelten.  Es  sei  in  der  Folge  eine 
Kürzung des Vorsteuerabzugs vorzunehmen,  jedoch nur  im Umfang des 
für die KTU geltenden Pauschalsatzes von 2,2% resp. 2,7% (ab Januar 
1999)  des  Subventionsbetrags.  Da  sowohl  ihre  Deklaration  der 
Vorsteuerabzugskürzungen als auch die Nachbelastung durch die ESTV 
mit  den  damals  geltenden  Normalsteuersätzen  von  6,5%,  7,5%  sowie 
7,6% anstatt mit den genannten Pauschalsätzen berechnet worden seien, 
müssten  die  Vorsteuerabzugskürzungen  korrigiert  werden.  Die 
A._______  änderte  ihr  Rechtsbegehren  und  beantragte  neu,  für  die 
Steuerperioden  vom  1. Quartal  1995  bis  1.  Quartal  2003  seien  ihr  Fr. 
395'122.­­ zuzüglich Vergütungszins zurückzuerstatten. Im Weiteren habe 
ihr  die  ESTV  –  ausserhalb  des  Einspracheverfahrens  –  für  die 
Steuerperioden  vom  2.  bis  4. Quartal  2003  Fr.  64'656.­­  zuzüglich 
Vergütungszins zurückzubezahlen.
K. 
In  ihrem Einspracheentscheid vom 18. Januar 2011 hiess die ESTV die 
Einsprache  im Umfang  von Fr.  23'285.­­  gut.  Im Weiteren  erkannte  sie, 
der Entscheid  vom 12.  Januar  2004  sei  im Umfang  von Fr. 87'000.­­  in 
Rechtskraft  erwachsen.  Im  Übrigen  wies  sie  die  Einsprache  ab.  Zur 
Begründung  führte die ESTV  im Wesentlichen aus, die A._______ habe 
mit  ihrer Einsprache vom 19. Januar 2004 (und deren Präzisierung vom 
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1. Juni  2004)  den  Entscheid  vom  12.  Januar  2004  im  Umfang  von 
Fr. 53'938.­­  angefochten. Demgegenüber  habe die A._______ mit  ihrer 
Eingabe  vom  20.  April  2010  Steuerrückforderungen  von  Fr.  395'122.­­ 
sowie  Fr.  64'656.­­  zuzüglich  Vergütungszins  geltend  gemacht.  Da  ein 
enger Zusammenhang zum bisherigen Streitgegenstand bestehe, sei es 
gerechtfertigt,  die  neu  gestellten  Anträge  zu  behandeln  und  den 
Streitgegenstand  insoweit  auszudehnen.  Die  A._______  habe  für  die 
Steuerperioden vom 3. Quartal 1995 bis 4. Quartal 2002 die Kürzung des 
Vorsteuerabzugs  aufgrund  von  Mineralölsteuerrückerstattungen 
vorbehaltlos deklariert. Nach der bundesgerichtlichen Rechtsprechung sei 
deshalb bereits aus diesem Grund keine Rückerstattung möglich. Zudem 
habe  die  A._______  die  Vorsteuerabzugskürzungen  für  die 
Steuerperioden  vom  3. Quartal  1995  bis  3.  Quartal  1998  verspätet 
deklariert, nämlich erst  im 4. Quartal 1998. Aus diesem Grund habe die 
ESTV die Verzugszinsforderung zu Recht gestellt. Im Weiteren korrigierte 
die ESTV die mit  ihrem Entscheid vom 12. Januar 2004 nachbelasteten 
Kürzungen  des  Vorsteuerabzugs  betreffend  zehn 
Mineralölsteuerrückerstattungen,  welche  die  A._______  in  den  Jahren 
1995­1998 nicht berücksichtigt hatte. Neu nahm die ESTV eine Kürzung 
des  Vorsteuerabzugs  unter  Anwendung  des  Pauschalsatzes  von  2,2% 
statt  des  Normalsteuersatzes  von  damals  6,5%  vor.  Sie  hiess  die 
Einsprache deshalb im Umfang von Fr. 23'285.­­ gut.
L. 
Am  16.  Februar  2011  liess  die  A._______  (Beschwerdeführerin) 
Beschwerde gegen den Einspracheentscheid der ESTV vom 18. Januar 
2011 an das Bundesverwaltungsgericht führen mit dem folgenden Antrag: 
"Der  Einspracheentscheid  der  ESTV  vom  18.  Januar  2011  sei 
aufzuheben  und  der  Beschwerdeführerin  sei  für  die 
Abrechnungsperioden  vom  1. Quartal  1995  bis  4.  Quartal  2000  ein 
Steuerguthaben  von Fr. 292'069.­­  zuzüglich Vergütungszins  – ab wann 
rechtens – auszubezahlen. Unter Kosten­ und Entschädigungsfolge."
Zur  Begründung  brachte  die  Beschwerdeführerin  insbesondere  vor,  mit 
ihrer Einsprache vom 19. Januar 2004 (verbessert am 1. Juni 2004) habe 
sie nicht bloss die Vorsteuerabzugskürzungen aufgrund der  zehn  in der 
EA Nr.  284'579  aufgelisteten Mineralölsteuerrückerstattungen  bestritten, 
sondern  die  mehrwertsteuerliche  Behandlung  der 
Mineralölsteuerrückerstattungen  als  solche  während  der  gesamten 
kontrollierten Zeitdauer. Mit ihrem Schreiben vom 20. April 2010 habe sie 
ihr Rechtsbegehren aufgrund der in der Zwischenzeit ergangenen Urteile 
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des  Bundesverwaltungsgerichts  angepasst.  Sie  habe  aber  damit  nicht 
etwa  eine  Ausweitung  des  Streitgegenstandes  vorgenommen,  wie  dies 
die ESTV behaupte,  sondern  den Streitgegenstand auf  die Berechnung 
der  für die kontrollierten Abrechnungsperioden vorzunehmende Kürzung 
des  Vorsteuerabzugs  beschränkt.  Eine  Ausweitung  des 
Streitgegenstands  stelle  hingegen  die  von  der  ESTV  erkannte 
Ausdehnung  auf  die  Abrechnungsperioden  vom  2.  bis  4.  Quartal  2003 
dar. In ihrem Schreiben vom 20. April 2010 habe sie zwar auch bezüglich 
diesen Steuerperioden eine Korrektur verlangt, aber ausdrücklich darauf 
hingewiesen,  dies  geschehe  ausserhalb  des  Streitgegenstands  der 
Einsprache.  Eine  Ausdehnung  des  Streitgegenstands  habe  sie  nie 
beantragt.
Im  Weiteren  macht  die  Beschwerdeführerin  geltend,  sie  habe  die 
Rechtmässigkeit  der  Kürzung  des  Vorsteuerabzugs  aufgrund  von 
Subventionen bereits in ihrem Schreiben vom 5. Mai 1995 bestritten und 
diesen  Vorbehalt  in  der  Folge  aufrechterhalten.  Der  von  ihr  im 
Fragebogen  der  ESTV  erklärte  Rückzug  habe  den  Vorbehalt  bezüglich 
der  Rechtmässigkeit  der  Vorsteuerabzugskürzung  aufgrund  von 
Mineralölsteuerrückerstattungen nicht erfasst. Der Fragebogen der ESTV 
habe  zu  diesem Punkt  gar  keine Ausführungen  enthalten. Dabei  sei  zu 
beachten,  dass  im  Zeitpunkt  der  Zustellung  des  Fragebogens  bei  der 
ESTV bereits mehrere Verfahren betreffend die Vorsteuerabzugskürzung 
aufgrund von Mineralölsteuerrückerstattungen hängig gewesen seien, so 
insbesondere  auch  das  Pilotverfahren,  welches  mit  dem  Urteil  des 
Bundesverwaltungsgerichts A­1668/2006 vom 16. November 2009 seinen 
Abschluss  gefunden habe. Es  sei  für  sie  deshalb  nicht  nachvollziehbar, 
wie die ESTV zum Schluss  komme, die Deklaration und Bezahlung der 
Vorsteuerabzugskürzungen  sei  vorbehaltlos  erfolgt.  Doch  selbst  wenn 
das Bundesverwaltungsgericht diese Ansicht teile, handle es sich um ein 
hängiges  Verfahren,  auf  das  die  durch  das  Urteil  des 
Bundesverwaltungsgerichts  A­1668/2006  vom  16. November  2009 
angepasste  Praxis  zur  Berechnung  der  Kürzung  des  Vorsteuerabzugs 
anzuwenden  sei.  Die  ESTV  habe  mit  der  Kontrolle  und  den 
vorgenommenen Korrekturen ein Verfahren eröffnet. Streitgegenstand sei 
dabei  die  Steuerforderung  der  kontrollierten  Perioden  und  nicht  bloss 
einzelne  Mineralölsteuerrückerstattungen.  Sie  habe  Anspruch  darauf, 
dass  die  Vorsteuerabzugskürzungen mit  der  Pauschale  von  2,2%  resp. 
2,7%  berechnet  würden.  Für  die  Abrechnungsperioden  vom  1. Quartal 
1995  bis  4.  Quartal  2000  habe  sie  einen  Rückforderungsanspruch  von 
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Fr. 280'859.­­  für  zu  hoch  berechnete Vorsteuerabzugskürzungen  sowie 
einen solchen von Fr. 11'210.­­ für zu viel erhobene Verzugszinse.
M. 
In  ihrer  Vernehmlassung  vom  2.  Mai  2011  schloss  die  ESTV  auf 
Abweisung  der  Beschwerde  unter  Kostenfolge  zulasten  der 
Beschwerdeführerin.  Zur  Begründung  hielt  sie  an  ihrem  bisherigen 
Standpunkt  fest  und  legte  zudem  dar,  im  Zeitpunkt  als  sie  der 
Beschwerdeführerin  den  Fragebogen  "zur  verhältnismässigen 
Vorsteuerkürzung  bei  Erhalt  von  Subventionen  im  Bereich  des 
öffentlichen  Verkehrs"  zugestellt  habe,  sei  bei  ihr  das  Pilotverfahren  A­
1668/2009  zur  Kürzung  des  Vorsteuerabzugs  aufgrund  von 
Mineralölsteuerrückerstattungen  noch  nicht  hängig  gewesen.  Als 
Nachweis  reichte  die  ESTV  u.a.  Akten  in  einem  "vertraulichen Dossier" 
ein.
N. 
Mit  Schreiben  vom  6.  Mai  2011  teilte  die  Beschwerdeführerin  mit,  die 
ESTV habe mit ihrer Vernehmlassung neue Dokumente in das Verfahren 
eingebracht. Sie verlange deshalb Akteneinsicht in die amtl. Akten Nr. 30 
bis 32. Im Weiteren habe die ESTV ein "vertrauliches Dossier" zu einem 
Verfahren  mit  der  Prozessnummer  A­1668/2009  eingereicht.  Dieses 
Verfahren  sei  ihr  gänzlich  unbekannt.  Ihrer  Ansicht  nach  sei  das  Urteil 
des  Bundesverwaltungsgerichts  A­1668/2006  vom  16.  November  2009 
als Pilotverfahren anzusehen. Um ihrem Anspruch auf rechtliches Gehör 
zu  genügen,  sei  ihr  auch  Einsicht  in  das  "vertrauliche  Dossier"  zu 
gewähren, d.h. in Nr. 33 der amtl. Akten.
O. 
Am  28.  Juni  2011  nahm  die  ESTV  Stellung  zur  Eingabe  der 
Beschwerdeführerin vom 6. Mai 2011. Sie legte dar, hinsichtlich der amtl. 
Akten  Nr.  30  bis  32  habe  sie  gegen  eine  Akteneinsicht  nichts 
einzuwenden. Im Weiteren könne das "vertrauliche Dossier" (amtl. Akten 
Nr.  33) ersatzlos aus den Akten entfernt werden. Sie habe sich  in  ihrer 
Vernehmlassung  vom  2. Mai  2011  bei  der  Angabe  der 
Verfahrensnummer  des  Pilotverfahrens  verschrieben.  Sie  habe  das 
Verfahren A­1668/2006 gemeint.  Im Weiteren habe sie  im "vertraulichen 
Dossier"  versehentlich  nicht  die  Unterlagen  zu  diesem  Verfahren, 
sondern  solche  zu  einem  Verfahren  eingereicht,  das  von  den 
steuerpflichtigen Personen als Pilotverfahren bezeichnet worden sei. Aus 
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diesen  Gründen  beantrage  sie  die  ersatzlose  Entfernung  des 
"vertraulichen Dossiers" aus den Akten.
P. 
Am  8.  Juli  2011  teilte  die  Beschwerdeführerin  mit,  aufgrund  der 
Stellungnahme  der  ESTV  vom  28.  Juni  2011  verzichte  sie  auf  eine 
Einsicht in das "vertrauliche Dossier" und beantrage nur noch eine solche 
in  die  amtl.  Akten  Nr.  30  bis  32.  Mit  Verfügung  vom  11.  Juli  2011 
gewährte  das  Bundesverwaltungsgericht  der  Beschwerdeführerin  die 
verlangte Akteneinsicht in die amtl. Akten Nr. 30 bis 32. Zudem wies es – 
gemäss dem Antrag der ESTV – das "vertrauliche Dossier"  (amtl. Akten 
Nr. 33) mangels Relevanz  für das vorliegende Verfahren aus den Akten 
und sandte es der Vorinstanz zurück.
Auf  die  Eingaben  der  Parteien  wird  –  soweit  entscheidwesentlich  –  im 
Rahmen der nachfolgenden Erwägungen eingegangen.
Das Bundesverwaltungsgericht zieht in Erwägung:
1. 
1.1. Gemäss Art.  31  des Bundesgesetzes  vom 17.  Juni  2005  über  das 
Bundesverwaltungsgericht  (VGG,  SR  173.32)  beurteilt  das 
Bundesverwaltungsgericht Beschwerden gegen Verfügungen nach Art. 5 
des  Bundesgesetzes  vom  20.  Dezember  1968  über  das 
Verwaltungsverfahren  (VwVG,  SR  172.021),  sofern  keine  Ausnahme 
nach Art. 32 VGG gegeben ist. Eine solche liegt nicht vor und die ESTV 
ist  eine  Behörde  im  Sinne  von  Art.  33  VGG.  Das 
Bundesverwaltungsgericht  ist daher  für die Beurteilung der vorliegenden 
Beschwerde zuständig. Soweit das VGG nichts anderes bestimmt, richtet 
sich  gemäss  dessen  Art.  37  das  Verfahren  nach  dem  VwVG.  Auf  die 
form­ und fristgerecht eingereichte Beschwerde ist einzutreten.
1.2. Am 1. Januar 2010 ist das Bundesgesetz vom 12. Juni 2009 über die 
Mehrwertsteuer  (MWSTG,  SR  641.20)  in  Kraft  getreten.  Die  bisherigen 
gesetzlichen  Bestimmungen  sowie  die  darauf  gestützt  erlassenen 
Vorschriften  bleiben  grundsätzlich  weiterhin  auf  alle  während  ihrer 
Geltungsdauer  eingetretenen  Tatsachen  und  entstandenen 
Rechtsverhältnisse  anwendbar  (Art. 112  Abs.  1  MWSTG).  Soweit  der 
Sachverhalt  vom  1.  Januar  2001  bis  31. Dezember  2003  betroffen  ist, 
untersteht das vorliegende Verfahren deshalb in materieller Hinsicht dem 
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Bundesgesetz  vom  2. September  1999  über  die  Mehrwertsteuer 
(aMWSTG,  AS  2000  1300).  Für  die  Zeit  vom  1.  Januar  1995  bis  31. 
Dezember  2000  finden  ferner  die  Bestimmungen  der  aMWSTV 
Anwendung (Art. 93 und 94 aMWSTG).
Demgegenüber  ist  das  neue  mehrwertsteuerliche  Verfahrensrecht  im 
Sinn  von  Art.  113  Abs.  3  MWSTG  auf  sämtliche  im  Zeitpunkt  des 
Inkrafttretens hängige Verfahren anwendbar. Allerdings ist Art. 113 Abs. 3 
MWSTG  insofern  restriktiv  auszulegen,  als  gemäss  höchstrichterlicher 
Rechtsprechung  nur  eigentliche  Verfahrensnormen  sofort  auf  hängige 
Verfahren anzuwenden sind, und es dabei nicht zu einer Anwendung von 
neuem  materiellen  Recht  auf  altrechtliche  Sachverhalte  kommen  darf 
(ausführlich:  Urteil  des  Bundesverwaltungsgerichts  A­1113/2009  vom 
23. Februar 2010 E. 1.3.3.2). Kein Verfahrensrecht in diesem engen Sinn 
stellt  im  vorliegenden  Fall  etwa  das  Selbstveranlagungsprinzip  dar,  so 
dass  vorliegend  diesbezüglich  noch  altes  Recht  anwendbar  ist.  Keine 
Anwendung  finden  deshalb  beispielsweise  Art.  71  oder  72  MWSTG, 
obwohl  sie  unter  dem  Titel  "Verfahrensrecht  für  die  Inland­  und  die 
Bezugsteuer"  stehen  (Urteile  des  Bundesverwaltungsgerichts 
A­7652/2009  vom  8.  Juni  2010  E. 1.3,  A­4146/2009  vom  9. März  2010 
E. 1.3, A­4360/2008 vom 4. März 2010 E. 1.2).
1.3.  Das  Bundesverwaltungsgericht  kann  den  angefochtenen 
Einspracheentscheid  vom  18.  Januar  2011  grundsätzlich  in  vollem 
Umfang überprüfen. Die Beschwerdeführerin kann neben der Verletzung 
von  Bundesrecht  (Art.  49  Bst.  a  VwVG)  und  der  unrichtigen  oder 
unvollständigen Feststellung des rechtserheblichen Sachverhalts (Art. 49 
Bst.  b  VwVG)  auch  die  Rüge  der  Unangemessenheit  erheben  (Art.  49 
Bst.  c VwVG;  vgl.  ANDRÉ MOSER/MICHAEL BEUSCH/LORENZ KNEUBÜHLER, 
Prozessieren  vor  dem  Bundesverwaltungsgericht,  Basel  2008,  Rz. 
2.149).
1.4. 
1.4.1.  Der  Entscheid  der  ESTV  vom  12.  Januar  2004  umfasst  die 
Abrechnungsperioden vom 1. Quartal 1995 bis 1. Quartal 2003 (Zeit vom 
1.  Januar  1995  bis  31.  März  2003).  Die  ESTV  bestätigte  darin  die 
Rechtmässigkeit  der  Nachforderung  von  Fr.  56'470.­­  zuzüglich  Fr. 
84'468.­­ Verzugszins. Die Nachforderung ergab sich im Umfang von Fr. 
36'410.60 aufgrund nicht vorgenommener Vorsteuerabzugskürzungen, da 
– gemäss  Ansicht  der  ESTV  –  die  Beschwerdeführerin  bei  ihren 
Abrechnungen zehn Mineralölsteuerrückerstattungen nicht berücksichtigt 
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habe. Im Weiteren ergab sich die Verzugszinsforderung im Betrag von Fr. 
17'528.­­ aus verspätet deklarierten Vorsteuerabzugskürzungen aufgrund 
von Mineralölsteuerrückerstattungen.
Der  Einspracheentscheid  der  ESTV  vom  18.  Januar  2011  umfasst 
dagegen  die  Abrechnungsperioden  vom  1.  Quartal  1995  bis  4.  Quartal 
2003  (Zeit  vom  1.  Januar  1995  bis  31.  Dezember  2003),  da  die  ESTV 
auch  Anträge  der  Beschwerdeführerin  betreffend  das  2.  bis  4.  Quartal 
2003  (vgl.  Einspracheergänzung  vom  20.  April  2010,  Ziff.  3b)  in  ihrem 
Einspracheentscheid  behandelt  hat.  Im Weiteren  beurteilte  die ESTV  in 
ihrem  Einspracheentscheid  im  Zusammenhang  mit  der  Frage  der 
Vorsteuerabzugskürzung  bei  Mineralölsteuerrückerstattungen  nicht  nur 
die Rechtmässigkeit  der Nachforderung  von Fr.  36'410.60  aufgrund  der 
erwähnten zehn Mineralölsteuerrückerstattungen sowie der Verzugszinse 
von  Fr. 17'528.­­,  sondern  Steuerrückforderungen  der 
Beschwerdeführerin  in  der  Höhe  von  Fr. 395'122.­­  zuzüglich 
Vergütungszins  (betreffend  die  Zeit  vom  1. Januar  1995  bis  31. März 
2003)  sowie  von  Fr.  64'656.­­  zuzüglich  Vergütungszins  (betreffend  die 
Zeit  vom  1.  April  bis  31.  Dezember  2003).  Im  Vergleich  zu  ihrem 
Entscheid  vom  12.  Januar  2004  hat  die  ESTV  in  ihrem 
Einspracheentscheid den Streitgegenstand demnach sowohl in sachlicher 
als  auch  in  zeitlicher  Hinsicht  ausgedehnt.  Zu  prüfen  ist,  ob  diese 
Ausdehnung zulässig war.
1.4.2.  Das  Einspracheverfahren  wird  der  nachträglichen 
verwaltungsinternen Rechtspflege zugerechnet und nicht der eigentlichen 
streitigen  Verwaltungsrechtspflege.  Die  Einsprache  ist  daher  auch  kein 
devolutives  Rechtsmittel,  das  die  Entscheidungszuständigkeit  an  eine 
Rechtsmittelinstanz  übergehen  lässt  (vgl.  BGE  132  V  368  E.  6.1).  Das 
Einspracheverfahren  zielt  darauf  ab,  ungenügende  Abklärungen  oder 
Fehlbeurteilungen, aber auch Missverständnisse, die den angefochtenen 
Verwaltungsverfügungen  zugrunde  liegen,  in  einem  kostenlosen  und 
weitgehend  formlosen  Verfahren  auszuräumen,  ohne  dass  die 
übergeordneten Gerichte angerufen werden müssen (BGE 131 V 407 E. 
2.1.2.1  mit  Hinweisen).  Damit  soll  ein  einfaches  und  rasches 
verwaltungsinternes  Verfahren  gewährleistet  werden.  Dies  schliesst 
ergänzende Sachverhaltsabklärungen  im Einspracheverfahren nicht aus. 
Denn  in  diesem  Verfahren  kann  die  Verwaltung  die  angefochtene 
Verfügung  nochmals  überprüfen  und  über  die  strittigen  Punkte 
entscheiden,  bevor  allenfalls  die  Beschwerdeinstanz  angerufen  wird 
(Urteil  des Bundesverwaltungsgerichts  A­2998/2009  vom  11. November 
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2010  E. 2.9).  Spätestens  im  Einspracheverfahren  hat  die  Verwaltung 
jedoch  in  rechtsgenüglicher  Form  Gelegenheit  zu  geben,  sich  zu  den 
getroffenen  Beweismassnahmen  inhaltlich  wie  auch  zum  Verfahren  zu 
äussern (BGE 132 V 387 E. 4.1, 121 V 155 E. 5b; BVGE 2007/27 E. 5.5.1 
S.  321).  Es  ist  deshalb  der  ESTV  zwar  verwehrt,  Steuerperioden  zum 
Gegenstand  des  Einspracheverfahrens  zu  machen,  über  die  sie  noch 
nicht  in einem Entscheid befunden hat, denn  in diesem Fall würde eine 
unzulässige Ausdehnung des Streitgegenstandes vorliegen. Aufgrund der 
Besonderheit  des  Einspracheverfahrens  als  verwaltungsinternes 
Verfahren  ist es dagegen nach der bundesgerichtlichen Rechtsprechung 
zulässig, wenn der Verfahrensgegenstand  im Einspracheentscheid  –  im 
Vergleich  zum  Erstentscheid  –  auf  andere  Steuernachforderungen 
(innerhalb der gleichen Steuerperioden) ausgedehnt wird (BGE 123 II 385 
E. 2, nicht publiziert; Urteile des Bundesverwaltungsgerichts A­7745/2010 
vom 9. Juni 2011 E. 3.2, A­2036/2008 vom 19. August 2009 E. 1.4.2.2, A­
1418/2006 vom 14. Mai 2008 E. 3.3).
1.4.3.  Nach  dem  Gesagten  war  es  der  ESTV  verwehrt,  den 
Streitgegenstand  in  zeitlicher  Hinsicht  auszudehnen.  Soweit  der 
Einspracheentscheid  die  Zeit  vom  1.  April  bis  31.  Dezember  2003 
umfasst,  ist  er  deshalb  aufzuheben,  die  Sache  an  die  ESTV 
zurückzuweisen  und  die  Beschwerde  insoweit  gutzuheissen.  Innerhalb 
der Abrechnungsperioden vom 1. Quartal 1995 bis 1. Quartal 2003 war 
dagegen  die  Ausdehnung  des  Streitgegenstandes  auf  die  von  der 
Beschwerdeführerin  zusätzlich  geltend  gemachten 
Steuerrückforderungen zulässig.
2. 
2.1. Die aMWSTV und das aMWSTG stellen hohe Anforderungen an den 
Steuerpflichtigen,  indem  sie  ihm  wesentliche,  in  anderen 
Veranlagungsverfahren  der  Steuerbehörde  obliegende  Vorkehren 
übertragen (sog. Selbstveranlagungsprinzip; vgl. Art. 37 f. aMWSTV bzw. 
Art. 46 f. aMWSTG, vgl. ERNST BLUMENSTEIN/PETER LOCHER, System des 
Schweizerischen Steuerrechts, 6. Aufl., Zürich 2002, S. 421 ff.). So hat er 
selber  zu  bestimmen,  ob  er  die  Voraussetzungen  für  die  Steuerpflicht 
erfüllt  (Art. 45  aMWSTV,  Art.  56  aMWSTG),  und  er  ist  für  die  korrekte 
(vollständige  und  rechtzeitige)  Deklaration  und  die  Ablieferung  des 
geschuldeten Mehrwertsteuerbetrags verantwortlich (Art. 34 ff. aMWSTV, 
Art. 43 ff. aMWSTG; vgl. Urteil des Bundesgerichts 2A.109/2005 vom 10. 
März  2006  E.  2.1;  statt  vieler:  Urteile  des  Bundesverwaltungsgerichts 
A­6150/2007  vom  26. Februar  2009  E.  2.4,  A­1636/2006  und 
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A­1637/2006 vom 2. Juli 2007 E. 2.1). Bei verspäteter Zahlung wird ohne 
Mahnung  ein  Verzugszins  geschuldet  (Art. 38  Abs.  2  aMWSTV  bzw. 
Art. 47 Abs. 2 aMWSTG).
Als Folge des Selbstveranlagungsprinzips ist der Steuerpflichtige auch an 
seine  Abrechnung  gebunden,  wenn  er  in  Bezug  auf  Steuerpflicht, 
Steuerbetrag,  Abzüge  usw.  keinen Vorbehalt  anbringt.  Er  kann  deshalb 
auf  die Abrechnung  bzw. Selbstveranlagung  –  ausser  in  den  gesetzlich 
vorgesehenen  Fällen  –  nicht  mehr  zurückkommen  (Urteile  des 
Bundesgerichts  vom  2.  Juni  2003,  veröffentlicht  in  Archiv  für 
Schweizerisches Abgaberecht  [ASA] 74 S. 672 E. 3.4.3.3, 2C_356/2008 
vom 21. November 2008 E. 3.2; Urteile des Bundesverwaltungsgerichts 
A­3198/2009 vom 2. September 2010 E. 2.4.1, A­6743/2009 vom 3. Mai 
2010  E. 3.1,  A­4785/2007  vom  23.  Februar  2010  E. 2.4,  A­1450/2006 
vom 24. Januar 2008 E. 2.2).
2.2.  Der  Abrechnung  des  Steuerpflichtigen  kommt  zwar  nicht  die 
Bedeutung  eines  verbindlichen  Entscheids  zu;  die  Wirkungen  der 
Selbstveranlagung  gegenüber  dem  Pflichtigen  entsprechen  jedoch 
weitgehend  denjenigen  einer  rechtskräftigen  Verfügung,  wenn  dieser 
keinen  Vorbehalt  angebracht  und  damit  kundgetan  hat,  dass  er  die 
eigene  Erklärung  gegen  sich  selber  gelten  lassen  will  (Urteil  des 
Bundesgerichts  vom  2.  Juni  2003,  a.a.O.,  E.  3.4.3.4,  bestätigt  in 
2A.121/2004  vom  16.  März  2005  E. 5.3  und  2C_256/2008  vom  21. 
November  2008  E.  3.2;  BGE  135  II  274  E. 5.3.2;  vgl.  auch Urteile  des 
Bundesverwaltungsgerichts A­1450/2006 vom 24. Januar 2008 E. 2.2, A­
1391/2006  vom  16.  Januar  2008  E.  2.2).  Die  Bindungswirkung  erfolgt 
nicht aus der (allenfalls gesetzwidrigen) Verwaltungspraxis, sondern aus 
der vorbehaltlosen Deklaration  (Urteile des Bundesgerichts 2A.121/2004 
vom 16. März 2005 E. 5.3, 2A.320/2002 vom 2. Juni 2003 E. 3.4.3.8).
2.3.  Nach  Lehre  und  Rechtsprechung  ist  der  Vorbehalt  zunächst  eine 
einseitige Willensäusserung  seitens  des Steuerpflichtigen,  wobei  an  die 
(formellen) Voraussetzungen keine hohen Anforderungen zu stellen sind. 
Der  schlichte  Hinweis  "unter  Vorbehalt"  oder  lediglich  "Vorbehalt"  am 
entsprechenden  richtigen  Ort  auf  der  Abrechnung  wäre  ausreichend 
(Urteil  des  Bundesverwaltungsgerichts  A­1450/2006  vom  24.  Januar 
2008 E. 2.3; SANDRA KNOPP PISI, Das Selbstveranlagungsprinzip bei der 
Mehrwertsteuer – insbesondere die Bedeutung der Abrechnung mit oder 
ohne Vorbehalt,  veröffentlicht  in ASA 74 S. 389  ff., S. 394 Ziff. 3.2). Mit 
dem  Vorbehalt  wird  die  geltende  Praxis  bestritten,  genauer  gesagt  die 
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selbstdeklarierte  Steuerforderung  aufgrund  der  geltenden  und  vom 
Steuerpflichtigen  bestrittenen  Praxis  (Urteil  des 
Bundesverwaltungsgerichts A­1450/2006 vom 24. Januar 2008 E. 2.5).
2.4. Mit Bezug auf Praxisänderungen  ist das Bundesgericht stets davon 
ausgegangen,  dass  eine  Rückerstattung  und  somit  die  rückwirkende 
Anwendung einer neuen (milderen) Praxis nur in Frage kommt, wenn der 
Mehrwertsteuerpflichtige  den  nach  der  früheren  Praxis  geschuldeten 
Steuerbetrag  rechtswirksam  angefochten  oder  unter  Vorbehalt  bezahlt 
hat  (Urteil  des Bundesgerichts  vom  2.  Juni  2003,  a.a.O.,  E.  3.4.3.7;  so 
bereits  BGE  102  Ib  45  E.  1b).  Ein  Steuerpflichtiger,  der  bisher 
vorbehaltlos  aufgrund  der  alten  Verwaltungspraxis  die  Mehrwertsteuer 
abgerechnet  hat,  kann  sie  somit  bei  einer  Änderung  der  Praxis  nicht 
zurückfordern  (ALOIS CAMENZIND/NIKLAUS HONAUER/KLAUS A. VALLENDER, 
Handbuch zum Mehrwertsteuergesetz, 2. Aufl., Bern, 2003, Rz. 1734).
Dies verstösst nicht gegen das Rechtsgleichheitsgebot gemäss Art. 8 der 
Bundesverfassung der Schweizerischen Eidgenossenschaft vom 18. April 
1999  (BV,  SR  101),  welches  verlangt,  dass  gleiche  Sachverhalte  mit 
gleichen  relevanten  Tatsachen  gleich  zu  behandeln  sind.  Eine 
Praxisänderung führt immer dazu, dass die neuen Fälle anders behandelt 
werden als die alten. Das Gebot der Rechtsgleichheit  verlangt  lediglich, 
dass die der alten und die der neuen Praxis unterliegenden Fälle je gleich 
behandelt  werden.  "Eine  Verletzung  von  Art.  8  BV  könnte  allenfalls  in 
Frage  kommen,  wenn  die  Behörde  nach  erfolgter  Praxisänderung 
einzelne,  noch  nicht  erledigte  Fälle  nach  der  alten  Praxis  oder  andere, 
bereits  erledigte  Fälle  nach  der  neuen  Praxis  behandeln  würde"  (Urteil 
des  Bundesgerichts  2A.320/2002  vom  2.  Juni  2003  E.  3.4.3.7  f.  mit 
weiteren  Hinweisen;  BVGE  2007/14  E.  2.4;  Urteile  des 
Bundesverwaltungsgerichts  A­382/2010  vom  21.  September  2010  E. 
2.5.3, A­4785/2007 vom 23. Februar 2010 E. 2.4, A­1391/2006 vom 16. 
Januar 2008 E. 2.2).
Zusammenfassend gibt eine steuerpflichtige Person, die einen Vorbehalt 
anbringt,  zu  erkennen,  sie  bestreite  die  geltende  Praxis  und  damit  die 
Steuer  und  sie  strenge  hierüber  implizit  den  Erlass  eines  anfechtbaren 
Entscheids  an.  Vorbehalte,  die  diese  Voraussetzungen  nicht  erfüllen, 
müssen  im  Mehrwertsteuerrecht  als  unbegründet  und  unzulässig 
betrachtet  werden.  Dies  gilt  namentlich  auch  für  einen  Vorbehalt,  der 
lediglich  im  Sinne  einer  Absicherung  angebracht  wird  und  den 
Steuerpflichtigen  vor  dem  Risiko  allfälliger  zukünftiger  Praxis­, 
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Rechtsprechungs­ oder Gesetzesänderungen schützen soll. Aufgrund der 
Komplexität  der Materie und der Tatsache, dass der Steuerpflichtige an 
die Bezahlung der Steuer ohne Vorbehalt gebunden ist, ist das Anbringen 
eines  Vorbehalts  durchaus  nachvollziehbar  (vgl.  auch  OTHMAR  SIEBER, 
Wirkung  der  vorbehaltlosen  Zahlung  einer  Ergänzungsabrechnung; 
Ungleich lange Spiesse bei der MWST?, veröffentlicht  in: Der Schweizer 
Treuhänder 2004 S. 891 f. Ziff. 2.1). Dies vermag aber an den genannten 
Anforderungen an einen begründeten und zulässigen Vorbehalt nichts zu 
ändern  (Urteil  des  Bundesverwaltungsgerichts  A­1450/2006  vom 
24. Januar 2008 E. 2.6).
3. 
3.1.  Lieferungen  und  Dienstleistungen  unterliegen  der  Mehrwertsteuer 
nur,  wenn  sie  gegen  Entgelt  erbracht  werden  (Art.  4  aMWSTV,  Art.  5 
aMWSTG).  Damit  überhaupt  ein  steuerbarer  Umsatz  vorliegt,  ist  ein 
Austausch von Leistungen notwendig. Dies verlangt, dass einer Leistung 
eine Gegenleistung  (Entgelt)  gegenüber  steht. Die Entgeltlichkeit  –  vom 
Eigenverbrauch  abgesehen  –  stellt  ein  unabdingbares 
Tatbestandsmerkmal  einer  mehrwertsteuerlichen  Leistung  dar.  Besteht 
zwischen Leistungserbringer und ­empfänger kein Austauschverhältnis in 
diesem Sinne, ist die Aktivität mehrwertsteuerlich irrelevant und fällt nicht 
in  den  Geltungsbereich  der  Mehrwertsteuer  (statt  vieler:  Urteile  des 
Bundesverwaltungsgerichts A­5745/2008 vom 11. Juni 2010 E. 2.2 f. und 
A­6213/2007 vom 24. August 2009 E. 2.2.1). Die Annahme eines solchen 
Leistungsaustauschs  setzt  voraus,  dass  zwischen  Leistung  und 
Gegenleistung eine innere wirtschaftliche Verknüpfung gegeben ist (BGE 
132  II  353  E.  4.1  und  126  II  443  E.  6a;  Urteile  des 
Bundesverwaltungsgerichts A­8058/2008 vom 13. Januar 2011 E. 3.1, A­
5745/2008 vom 11. Juni 2010 E. 2.3).
3.2.  Subventionen  und  andere  Beiträge  der  öffentlichen  Hand  gehören 
nicht zum Entgelt. Diese  fliessen nicht  in die Bemessungsgrundlage ein 
und unterliegen der Steuer nicht (Art. 26 Abs. 6 Bst. b aMWSTV, Art. 33 
Abs.  6  Bst.  b  aMWSTG).  Die  Steuerbefreiung  des  von  den  KTU 
verwendeten  Treibstoffs,  die  über  den  Weg  der  Rückerstattung  der 
Treibstoffzölle,  der  Mineralölsteuern  und  der  Mineralölsteuerzuschläge 
erfolgt,  stellt  gemäss  Rechtsprechung  eine  Subventionen  im 
mehrwertsteuerlichen  Sinn  dar  (vgl.  BVGE  2010/6  E.  6;  Urteile  des 
Bundesverwaltungsgerichts  A­654/2008  vom  7. September  2010 E.  2.2, 
A­6834/2007 und A­6835/2007 vom 14. Juni 2010 E. 3.1).
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Der  Vorsteuerabzug  ist  verhältnismässig  zu  kürzen,  wenn  ein 
Steuerpflichtiger  Subventionen  oder  andere  Beiträge  der  öffentlichen 
Hand erhält  (Art.  30 Abs.  6 aMWSTV, Art.  38 Abs.  8 aMWSTG). Diese 
Vorsteuerabzugskürzung  bei  Subventionen  ist  in  höchstrichterlicher 
Rechtsprechung  für  die  Herrschaft  der  aMWSTV  und  durch  den 
Gesetzgeber für jene des aMWSTG geschützt worden (BGE 126 II 443 E. 
6b, c und 132 II 353 E. 4.3, 7.1; BVGE 2010/6 E. 3.2.1).
3.3. 
3.3.1.  Für  den  Zeitraum  von  1995  bis  2000  war  gemäss 
Branchenbroschüre  "Konzessionierte  Transportunternehmen" 
(herausgegeben  von  der  ESTV  im  Februar  1995)  zur  aMWSTV  eine 
besondere  Berechnung  der  Vorsteuerabzugskürzung  bei  Subventionen 
noch  nicht  vorgesehen  (vgl.  Ziff. 2.20  der  BB).  Beruhend  auf  einer 
Abmachung mit dem Bundesamt für Verkehr (BAV) aus dem Jahr 1995, 
hat  die  ESTV  dennoch  die  Vorsteuerabzugskürzung  anhand  eines 
Pauschalsatzes  von  2,2%  berechnet.  Die  Berechnung  erfolgte  anhand 
einer  Multiplikation  der  Betriebsbeiträge  inklusive  der 
Steuerrückerstattungen  mit  dem  Pauschalsatz.  Dieser  betrug  von  1995 
bis  1998  2,2%  und  von  1999  bis  2000  2,7%.  Das 
Bundesverwaltungsgericht hat die Pauschalsatzmethode zur Berechnung 
der  Vorsteuerabzugskürzung  zum  Satz  von  2,2%,  respektive  2,7%  als 
zulässig anerkannt.  Im Weiteren hat es erkannt, der Pauschalsatz gelte 
uneingeschränkt für alle Subventionen für den Betrieb von KTU und somit 
auch für Steuerrückerstattungen der Treibstoffzölle, der Mineralölsteuern 
und  der  Mineralölsteuerzuschläge.  Auch  hier  sei  der  Pauschalsatz 
anzuwenden  und  nicht  der  Normalsteuersatz.  In  verschiedenen  Fällen 
korrigierte  das  Bundesverwaltungsgericht  deshalb  die 
Vorsteuerabzugskürzung  der  ESTV  (vgl.  dazu  Urteile  des 
Bundesverwaltungsgerichts  A­654/2008  vom  7.  September  2010  E. 2.4 
und 3.2.1, A­6834/2007  und A­6835/2007  vom 14.  Juni  2010 E. 4.1, A­
1668/2006 vom 16. November 2009 E. 7.3 und E. 7.4).
3.3.2. Für  die  Jahre  2001  bis  2003 war  die  Branchenbroschüre Nr.  10, 
a.a.O.,  massgeblich.  Diese  sah  Folgendes  vor:  Erhielt  eine  KTU 
Betriebsbeiträge  der  öffentlichen  Hand,  hatte  sie  die 
Vorsteuerabzugskürzung  nach  dem  von  der  ESTV  zusammen mit  dem 
BAV  festgelegten  Pauschalsatz  zu  ermitteln.  Die  Berechnung  der 
Vorsteuerkürzung erfolgte aufgrund der erhaltenen Betriebssubventionen 
multipliziert mit  dem Pauschalsatz  von  2,7%  (vgl.  Ziff.  4.2  der  BB).  Für 
Rückerstattungen  von  fiskalischen Belastungen auf Treibstoffen, welche 
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die KTU auf konzessionierten Fahrten für motorische Zwecke verwenden, 
bestimmte  die  Branchenbroschüre  (Ziff.  8.15)  ausdrücklich,  dass  die 
Vorsteuerabzugskürzung  mit  dem  anzuwendenden  Pauschalsatz  von 
2,7% nicht abgegolten war. Im angeführten Berechnungsbeispiel erfolgte 
die  Vorsteuerkürzung  infolge  Mineralölsteuerrückerstattungen  zum  Satz 
von 7,6% (der Rückerstattung brutto). Von 2001 bis 2003 ist demnach die 
Kürzung  des  Vorsteuerabzugs  zum  Normalsteuersatz  von  7,6% 
vorzunehmen.  Das  Bundesverwaltungsgericht  hat  diese 
Verwaltungspraxis  bereits  wiederholt  bestätigt  (Urteile  des 
Bundesverwaltungsgerichts  A­654/2008  vom  7. September  2010 E.  2.5, 
A­6834/2007 und A­6835/2007 vom 14. Juni 2010 E. 4.2).
4. 
Im  vorliegenden  Fall  stellt  die  Steuerbefreiung  des  von  der 
Beschwerdeführerin  verwendeten  Treibstoffs  auf  dem  Weg  der 
Rückerstattung  der  Treibstoffzölle, Mineralölsteuern  und  –zuschläge  (im 
Folgenden  der  Einfachheit  halber  pauschal  als 
"Mineralölsteuerrückerstattung"  bezeichnet)  eine  Subvention  im 
mehrwertsteuerrechtlichen  Sinn  dar  (E.  3.2).  Dies  wird  von  der 
Beschwerdeführerin nicht mehr bestritten. Unbestritten ist ebenfalls, dass 
in  der Folge  der Vorsteuerabzug  zu  kürzen  ist. Die Beschwerdeführerin 
deklarierte  in  der  Abrechnung  für  das  4.  Quartal  1998  entsprechende 
Vorsteuerabzugskürzungen  für  dieses  Quartal  sowie  für  das  3.  Quartal 
1995 bis 3. Quartal 1998. Zur Kürzung wandte sie den Normalsteuersatz 
von 6,5% an. In den folgenden Abrechnungen bis und mit dem 4. Quartal 
2002 deklarierte die Beschwerdeführerin die Vorsteuerabzugskürzungen 
quartalsweise  wiederum  unter  Anwendung  des  jeweils  geltenden 
Normalsteuersatzes  von  7,5%  (1999  und  2000)  bzw.  7,6%  (ab  2001). 
Aufgrund  der  ergangenen  Rechtsprechung  des 
Bundesverwaltungsgerichts  (vgl.  E. 3.4.1)  stellen  sowohl  die  ESTV  als 
auch die Beschwerdeführerin zutreffend fest, dass Letztere in den Jahren 
1995  bis  2000  eine  zu  hohe  Vorsteuerabzugskürzung  aufgrund  der 
Mineralölsteuerrückerstattungen  deklariert  hat.  Statt  des  geltenden 
Normalsteuersatzes  hätte  die  Beschwerdeführerin  zur  Kürzung  den 
Pauschalsatz von 2,2% (für die Jahre 1995 bis 1998) bzw. 2,7% (für 1999 
bis  2000)  verwenden  sollen.  Ab  dem  Jahr  2001  hat  die 
Beschwerdeführerin  dagegen zu Recht  den Normalsteuersatz  von 7,6% 
angewendet  (E. 3.4.2).  Zu  prüfen  ist  in  der  Folge,  ob  die 
Beschwerdeführerin bei ihren Deklarationen betreffend die Jahre 1995 bis 
2000 einen Vorbehalt angebracht hat. Ist dies nicht der Fall,  ist sie nach 
der  bundesgerichtlichen  Rechtsprechung  an  ihre  Abrechnungen 
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gebunden und es kann grundsätzlich nicht mehr darauf zurückgekommen 
werden (E. 2).
4.1. Mit Schreiben vom 5. Mai 1995 reichte die Beschwerdeführerin  ihre 
Abrechnung für das 1. Quartal 1995 ein und teilte u.a. mit, sie sei mit der 
Kürzung des Vorsteuerabzugs bei Subventionen nicht einverstanden und 
nehme  deshalb  auch  keine  solche  vor.  Am  12. Oktober  1998  legte  die 
Beschwerdeführerin  dar,  um  Verzugszinsforderungen  zu  vermeiden, 
wolle sie die bis anhin nicht abgerechnete Steuer betreffend den strittigen 
Punkt  "Kürzung  des Vorsteuerabzugs  bei  Subventionen"  bereinigen.  Es 
handle  sich  bei  dieser  Lösung  aber  nur  um  eine  buchhalterische 
Bereinigung. Sie halte an ihrem Vorbehalt gemäss ihrem Schreiben vom 
5. Mai  1995  fest.  Die  Beschwerdeführerin  führte  für  die  Zeit  vom  1. 
Januar  1995  bis  30.  Juni  1998  erhaltene  Subventionen  von  insgesamt 
Fr. 138'969'848.76  auf.  Darin  waren  aber  gemäss  ihrer  Auflistung  die 
Subventionen  aufgrund  von  Mineralölsteuerrückerstattungen  nicht 
enthalten.  Auf  der  Abrechnung  für  das  4.  Quartal  1998,  in  der  die 
Beschwerdeführerin u.a. die Vorsteuerabzugskürzungen aufgrund der  in 
den Steuerperioden vom 3. Quartal 1995 bis 3. Quartal 1998 erhaltenen 
Mineralölsteuerrückerstattungen  nachdeklarierte,  brachte  sie  erneut  den 
Vermerk "Vorbehalt gemäss Schreiben vom 5. Mai 1995" an. Im Weiteren 
bestätigte  die  Beschwerdeführerin  diesen  Vorbehalt  auch  in  Bezug  auf 
die  Abrechnung  für  das  1.  Quartal  1999.  In  ihrer  Eingabe  vom 
9. November 2001 zog sie indessen den Vorbehalt wie folgt zurück: "Mit 
unserem  Schreiben  vom  5. Mai  1995  haben  wir  folgende  Vorbehalte 
geltend  gemacht:  Kürzung  des Vorsteuerabzugs  bei  Subventionen  (…). 
An unserer Bestreitung zu diesen Punkten halten wir nicht mehr fest". Als 
Beilage  zu  diesem  Schreiben  reichte  die  Beschwerdeführerin  den 
Fragebogen  der  ESTV  "zur  verhältnismässigen  Vorsteuerkürzung  bei 
Erhalt von Subventionen im Bereich des öffentlichen Verkehrs" ein. Darin 
bestätigte sie, sie halte an der Bestreitung der Verfassungsmässigkeit der 
Vorsteuerabzugskürzung beim Erhalt  von Subventionen nicht mehr  fest. 
Schliesslich reichte die Beschwerdeführerin mit ihrem Schreiben vom 27. 
Mai 2003 die Abrechnung für das 1. Quartal 2003 ein. Darin brachte sie 
einen Vorbehalt hinsichtlich der Rechtmässigkeit der Praxis der ESTV an, 
bei Mineralölsteuerrückerstattungen den Vorsteuerabzug zu kürzen.
4.2. 
4.2.1.  Die  Würdigung  der  vorliegenden  Unterlagen  ergibt,  dass  die 
Beschwerdeführerin am 5. Mai 1995 hinsichtlich der Rechtmässigkeit der 
Kürzung  des  Vorsteuerabzugs  beim  Erhalt  von  Subventionen  einen 
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Vorbehalt  angebracht  hat.  In  der  Folge  hat  die  Beschwerdeführerin 
diesen  wiederholt  bestätigt.  Am  9.  November  2001  hat  sie  ihn  aber 
zurückgenommen. In ihrem Schreiben vom 9. November 2001 führte die 
Beschwerdeführerin  nämlich  explizit  aus,  sie  halte  u.a.  an  der 
diesbezüglichen  Bestreitung  vom  5.  Mai  1995  nicht  mehr  fest.  Sie  hat 
demnach  den Vorbehalt  im  gleichen Umfang  zurückgenommen, wie  sie 
ihn  am  5. Mai  1995  gestellt  hatte.  Es  handelt  sich  damit  um  einen 
vollständigen  Rückzug  des  gemachten  Vorbehalts.  Aus  diesem  Grund 
kann  offen  bleiben,  ob  der  Vorbehalt  vom  5.  Mai  1995  auch  die 
Rechtmässigkeit  der  Kürzung  des  Vorsteuerabzugs  beim  Erhalt  von 
Mineralölsteuerrückerstattungen  mit  umfasst  hat.  Selbst  wenn  die 
Beschwerdeführerin mit  ihrem Schreiben  vom 5. Mai  1995  (auch)  einen 
diesbezüglichen  Vorbehalt  angebracht  hätte,  hat  sie  (auch)  diesen  mit 
ihrem Schreiben vom 9. November 2001 zurückgezogen.
Nach dem Gesagten hat die Beschwerdeführerin bei den von  ihr  für die 
Abrechnungsperioden  vom  3.  Quartal  1995  bis  4.  Quartal  2002 
deklarierten  Vorsteuerabzugskürzungen  aufgrund  von 
Mineralölsteuerrückerstattungen  keinen  Vorbehalt  angebracht,  der  noch 
zu  berücksichtigen  wäre.  Auf  diese  vorbehaltlose  Deklarationen  kann 
damit nicht mehr zurückgekommen werden. Einen Vorbehalt brachte die 
Beschwerdeführerin  erst  mit  ihrem  Schreiben  vom  27.  Mai  2003 
hinsichtlich  der  Abrechnung  für  das  1.  Quartal  2003  an.  Da  ab  dem  1. 
Januar 2001 die Vorsteuerabzugskürzung aber ohnehin zum Normalsatz 
von 7,6% vorzunehmen ist (vgl. E. 3.4.2), hat die Beschwerdeführerin die 
Kürzung betreffend das 1. Quartal 2003 richtig berechnet.
4.2.2. Die  Beschwerdeführerin  wendet  ein,  die  ESTV  habe  erst mit  der 
Branchenbroschüre Nr. 10, a.a.O., gültig ab 1. Januar 2001,  ihre Praxis 
publiziert,  dass  es  sich  bei  Mineralölsteuerrückerstattungen  um 
Subventionen handle, die zu einer Vorsteuerabzugskürzung  führten. Vor 
diesem  Zeitpunkt  sei  sie  offenbar  mündlich  von  der  ESTV  über  diese 
Praxis  informiert  worden.  Sie  könne  aber  nicht  mehr  nachvollziehen, 
wann  genau  dies  geschehen  sei.  Um  einen  Vorbehalt  gegen  eine 
Verwaltungspraxis  anbringen  zu  können,  sei  aber  logischerweise  deren 
Kenntnis vorausgesetzt. Entgegen der Ansicht der Beschwerdeführerin ist 
vorliegend nicht massgebend, ab welchem Zeitpunkt sie Kenntnis von der 
erwähnten  Praxis  der  ESTV  hatte.  Entscheidend  ist,  dass  die 
Beschwerdeführerin  ab  ihrer  Abrechnung  für  das  4. Quartal  1998 
entsprechende  Vorsteuerabzugskürzungen  aufgrund  von 
Mineralölsteuerrückerstattungen  vorbehaltlos  deklariert  hat  und  damit 
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auch  Kenntnis  von  der  Verwaltungspraxis  haben  musste.  Es  ist  nicht 
einzusehen,  wieso  die  Beschwerdeführerin  keinen  Vorbehalt  hätte 
anbringen können.
4.2.3. Die Beschwerdeführerin bringt weiter vor, die ESTV habe die Frage 
der  Mineralölsteuerrückerstattung  nicht  in  den  Fragebogen  "zur 
verhältnismässigen  Vorsteuerkürzung  bei  Erhalt  von  Subventionen  im 
Bereich  des  öffentlichen  Verkehrs"  aufgenommen.  Der  Rückzug  ihres 
Vorbehalts habe deshalb diesen Punkt nicht miterfasst. Dieser Einwand 
ist  nicht  stichhaltig.  Wie  oben  ausgeführt  (E. 4.2.1),  hat  die 
Beschwerdeführerin in ihrer Eingabe vom 9. November 2001, welcher der 
erwähnte Fragebogen beigelegt war, explizit den Vorbehalt gemäss ihrem 
Schreiben vom 5. Mai 1995 – und damit vollumfänglich (d.h.  im gleichen 
Umfang wie ursprünglich gestellt) – zurückgezogen. Es  ist deshalb nicht 
relevant,  ob  der  Fragebogen  der  ESTV  die 
Mineralölsteuerrückerstattungen  als  Subventionen  aufgeführt  hat.  Es 
erübrigt  sich  damit  auch,  abzuklären,  ob  die  ESTV  im  Fragebogen 
hinsichtlich  der  Mineralölsteuerrückerstattungen  die  korrekten 
gesetzlichen  Grundlagen  aufgeführt  hat.  Nicht  relevant  ist  im  Übrigen 
ebenfalls,  ob  im  Zeitpunkt  der  Zustellung  des  Fragebogens  bereits 
Rechtsverfahren  bei  der  ESTV  bezüglich  der  Frage  hängig  waren,  ob 
Mineralölsteuerrückerstattungen  zu  Vorsteuerabzugskürzungen  führen. 
Es  ist  nicht  Aufgabe  der  ESTV,  die  Beschwerdeführerin  über  hängige 
Verfahren anderer steuerpflichtiger Personen zu informieren.
4.2.4.  Die  Beschwerdeführerin  macht  zudem  geltend,  es  handle  sich 
vorliegend um ein hängiges Verfahren, auf das die durch das Urteil des 
Bundesverwaltungsgerichts  A­1668/2006  vom  16.  November  2009 
angepasste  Praxis  zur  Berechnung  der  Vorsteuerabzugskürzung  bei 
Mineralölsteuerrückerstattungen anzuwenden sei. Die ESTV habe mit der 
Kontrolle  und  den  vorgenommenen  Korrekturen  ein  Verfahren  eröffnet. 
Streitgegenstand  sei  die  Steuerforderung  der  kontrollierten  Periode  und 
nicht  bloss  einzelne  Mineralölsteuerrückerstattungen.  Die 
Beschwerdeführerin  verkennt,  dass  zwar  vorliegend  der  zulässige 
Streitgegenstand – als Folge der Ausdehnung durch die ESTV  in  ihrem 
Einspracheentscheid  –  sämtliche  Vorsteuerabzugskürzungen  aufgrund 
von  Mineralölsteuerrückerstattungen  in  den  Abrechnungsperioden  vom 
1. Quartal  1995  bis  1. Quartal  2003  umfasst  (vgl.  E.  1.4),  jedoch  die 
vorbehaltlose  Deklaration  ein  Zurückkommen  auf  die  Abrechnungen 
ausschliesst.  Die  von  der  ESTV  aufgrund  der  Rechtsprechung  des 
Bundesverwaltungsgerichts  angepasste Praxis  (vgl. E.  3.4.1)  kann nicht 
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rückwirkend  angewendet  werden,  da  die  Beschwerdeführerin  den 
Steuerbetrag nicht unter Vorbehalt deklariert und bezahlt hat (E. 2.4). Die 
ESTV hat demnach in ihrem Einspracheentscheid zu Recht bloss bei den 
zehn  von  ihr  aufgerechneten  Mineralölsteuerrückerstattungen  eine 
Korrektur  der  Vorsteuerabzugskürzung  vorgenommen,  indem  sie  den 
Pauschalsatz  von  2,2%  statt  den  Normalsteuersatz  von  damals  6,5% 
angewendet hat.
4.3.  Im  Weiteren  hat  die  Beschwerdeführerin  die 
Vorsteuerabzugskürzungen  aufgrund  der 
Mineralölsteuerrückerstattungen  für  die  Steuerperioden  vom  3.  Quartal 
1995  bis  3. Quartal  1998  unbestrittenermassen  erst  im  4. Quartal  1998 
und  damit  verspätet  deklariert.  In  der  Folge  stellte  die  ESTV  der 
Beschwerdeführerin mit  der  EA  Nr.  284'580  in  Anwendung  von  Art.  38 
Abs. 2 aMWSTV bzw. Art. 47 Abs. 2 aMWSTG Verzugszinse in der Höhe 
von  Fr.  17'528.­­  in Rechnung. Die  Beschwerdeführerin  bestreitet  diese 
Verzugszinsforderung.
Zu  beachten  ist,  dass  die  Verzugszinsforderung  akzessorisch  zur 
Steuerforderung  sowie  in  ihrem  Bestand  von  dieser  abhängig  ist 
(Entscheid der Eidgenössischen Steuerrekurskommission [SRK] vom 31. 
August  2004,  veröffentlicht  in  Verwaltungspraxis  der  Bundesbehörden 
[VPB]  69.6  E. 9a).  Da  die  Beschwerdeführerin  die  vorbehaltlos 
vorgenommene  Deklaration  der  Vorsteuerabzugskürzungen  betreffend 
die Abrechnungsperioden vom 3. Quartal 1995 bis 3. Quartal 1998 gegen 
sich gelten  lassen muss, bleibt demnach auch der Verzugszins trotz der 
eingetretenen  Praxisänderung  geschuldet.  Im  Übrigen  könnte  die 
Beschwerdeführerin  auch  nicht  geltend  machen,  sie  habe  die 
Vorsteuerabzugskürzungen erst im 4. Quartal 1998 vorgenommen, da sie 
vorher  keine  Kenntnis  gehabt  habe,  dass  es  sich  bei 
Mineralölsteuerrückerstattungen um Subventionen handle. Aufgrund des 
Selbstveranlagungsprinzips  ist  die  Beschwerdeführerin  selber  für  die 
korrekte  Deklaration  und  rechtzeitige  Ablieferung  der  Steuer 
verantwortlich (E. 2.1).
4.4.  Zusammenfassend  ist  der  Einspracheentscheid  betreffend  die 
Abrechnungsperioden  vom  1.  Quartal  1995  bis  1.  Quartal  2003  zu 
bestätigen und die Beschwerde insoweit abzuweisen.
5. 
Nach  dem  Gesagten  ist  die  Beschwerde  im  Sinn  der  Erwägungen 
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teilweise gutzuheissen (vgl. E. 1.4.3). Im Übrigen ist sie aber abzuweisen 
(E. 4.4). Bei  diesem Verfahrensausgang hat  die Beschwerdeführerin  als 
zu einem grossen Teil unterliegende Partei die Verfahrenskosten, die auf 
Fr. 7'000.­­ festgesetzt werden, im Umfang von Fr. 6'500.­­ zu tragen. Der 
ESTV  sind  keine  Verfahrenskosten  aufzuerlegen  (Art.  63  Abs.  1  und  2 
VwVG).  Die  Vorinstanz  hat  der  teilweise  obsiegenden 
Beschwerdeführerin  eine  reduzierte  Parteientschädigung  von  Fr.  500.­­ 
(MWST  und  Auslagen  inbegriffen)  auszurichten  (Art. 64  Abs.  1  und  2 
VwVG; Art. 7 ff. des Reglements vom 21. Februar 2008 über die Kosten 
und  Entschädigungen  vor  dem  Bundesverwaltungsgericht  [VGKE,  SR 
173.320.2]).
Demnach erkennt das Bundesverwaltungsgericht:
1. 
Die  Beschwerde  wird  im  Sinn  der  Erwägungen  teilweise  gutgeheissen. 
Der  Einspracheentscheid  vom  18.  Januar  2011  wird  betreffend  die 
Abrechnungsperioden  vom  2. bis  4. Quartal  2003  aufgehoben  und  die 
Sache  an  die  Eidgenössische  Steuerverwaltung  zurückgewiesen.  Im 
Übrigen wird die Beschwerde abgewiesen.
2. 
Die  Verfahrenskosten  werden  der  Beschwerdeführerin  im  Umfang  von 
Fr. 6'500.­­ auferlegt und im entsprechenden Umfang mit dem geleisteten 
Kostenvorschuss  von  Fr. 7'000.­­  verrechnet.  Der  Überschuss  von 
Fr. 500.­­ wird  der Beschwerdeführerin  nach Eintritt  der Rechtskraft  des 
vorliegenden Urteils zurückerstattet.
Die  Beschwerdeführerin  wird  ersucht,  dem  Bundesverwaltungsgericht 
eine Auszahlungsstelle bekanntzugeben.
3. 
Die  Eidgenössische  Steuerverwaltung  hat  der  Beschwerdeführerin  eine 
Parteientschädigung von Fr. 500.­­ auszurichten.
4. 
Dieses Urteil geht an:
– die Beschwerdeführerin (Gerichtsurkunde)
– die Vorinstanz (Ref­Nr. …; Gerichtsurkunde)
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Der vorsitzende Richter: Der Gerichtsschreiber:
Markus Metz Jürg Steiger
Rechtsmittelbelehrung:
Gegen  diesen  Entscheid  kann  innert  30 Tagen  nach  Eröffnung  beim 
Bundesgericht,  1000  Lausanne  14,  Beschwerde  in  öffentlich­rechtlichen 
Angelegenheiten  geführt  werden  (Art. 82  ff.,  90  ff.  und  100  des 
Bundesgerichtsgesetzes  vom  17. Juni  2005  [BGG,  SR  173.110]).  Die 
Rechtsschrift ist in einer Amtssprache abzufassen und hat die Begehren, 
deren Begründung mit Angabe der Beweismittel  und die Unterschrift  zu 
enthalten. Der angefochtene Entscheid und die Beweismittel sind, soweit 
sie der Beschwerdeführer in Händen hat, beizulegen (Art. 42 BGG).
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