A-294/2010 - Abteilung I - Cadastre de la production agricole - Autorisation de rempoissonnement

Bundesve rwa l t ungsge r i ch t
T r i buna l   adm in i s t r a t i f   f édé ra l
T r i buna l e   ammin i s t r a t i vo   f ede ra l e
T r i buna l   adm in i s t r a t i v   f ede ra l
Cour I
A­294/2010
A r r ê t   d u   3 1   o c t o b r e   2 0 1 1
Composition Alain Chablais (président du collège), 
Kathrin Dietrich, Claudia Pasqualetto Péquignot, juges,
Virginie Fragnière Charrière, greffière.
Parties Département de l'intérieur et de la mobilité de la 
République et Canton de Genève, Département du 
territoire, Direction générale de la nature et du paysage, 
7, rue des Battoirs, 1205 Genève,  
représenté par Michèle Künzler, 2, rue de l'Hôtel­de­Ville, 
1204 Genève,
recourant, 
contre
Office fédéral de l'environnement OFEV, 3003 Berne,   
autorité inférieure. 
Objet Autorisation de rempoissonnement.
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Faits :
A. 
Le 15 octobre 2009,  le Département de  l'intérieur et de  la mobilité de  la 
République et Canton de Genève, agissant par sa Direction générale de 
la nature et du paysage, a demandé à l'Office fédéral de l'environnement 
OFEV  l'autorisation  d'introduire  dans  le  Rhône,  en  aval  du  lac  Léman, 
ainsi que dans  l'Arve genevoise, d'une part des  truites  farios originaires 
du  Doubs,  de  l'Ain  et/ou  du  Rhône  hors  bassin  lémanique  (aval  de 
Génissiat), et d'autre part des truites arc­en­ciel.
B. 
L'OFEV  a,  dans  une  décision  du  1er  décembre  2009,  refusé  ces  deux 
autorisations,  le  Département  de  l'intérieur  et  de  la  mobilité  de  la 
République  et  Canton  de  Genève  n'ayant,  de  son  point  de  vue,  pas 
prouvé  que  l'introduction  de  truites  farios  étrangères  à  la  région  et  de 
truites arc­en­ciel serait sans danger pour la faune et la flore indigènes, ni 
qu'elle n'entraînerait aucune modification indésirable de la faune. Outre la 
motivation de son  refus,  l'OFEV a évoqué  l'introduction de  truites  farios 
triploïdes comme solution alternative susceptible d'apporter satisfaction à 
toutes les parties.
C. 
Par mémoire déposé  le 18  janvier 2010,  le Département de  l'intérieur et 
de  la  mobilité  de  la  République  et  Canton  de  Genève  (ci­après  le 
recourant) a recouru contre dite décision devant  le Tribunal administratif 
fédéral. Arguant que des truites arc­en­ciel sont déjà présentes dans les 
cours  d'eau  genevois,  ensuite  de  leur  introduction  régulière  dans  les 
affluents de  l'Arve et sur  le  tronçon  limitrophe du Rhône, depuis plus de 
60  ans,  par  les  responsables  de  la  pêche  français,  et  qu'aucun  impact 
négatif sur la faune et la flore n'a été identifié du fait de cette présence, le 
recourant  conteste  le  refus  de  l'autorité  inférieure  dans  sa  décision 
précitée du 1er décembre 2009.  Il a conclu à son annulation et à  l'octroi 
d'une "autorisation, pour une durée de trois ans (soit de 2010 à 2012), au 
canton  de  Genève  d'introduire  dans  le  Rhône  et  l'Arve  genevois,  une 
tonne  de  truites  arc­en­ciel  (Oncorynchus  mykiss)  de  mesure  chaque 
année, avec remise à l'eau au printemps et en automne".
Invité  à  répondre  au  recours,  l'OFEV  (ci­après  l'autorité  inférieure)  a 
conclu à son rejet le 19 mars 2010.
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D. 
Le 23 avril 2010, le recourant a maintenu l'argumentation de son mémoire 
de recours précité, soulignant que, de son point de vue, le repeuplement 
en truites arc­en­ciel pratiqué de longue date hors du territoire genevois, 
ainsi que, avant l'entrée en vigueur de l'ordonnance du 24 novembre 1993 
relative  à  la  loi  fédérale  sur  la  pêche,  dans  les  eaux  genevoises  et  de 
nombreuses  autres  rivières  du  bassin  lémanique,  était  resté  sans 
conséquences négatives.
Le recourant a également sollicité qu'une expertise indépendante portant 
en  particulier  sur  l'évaluation  du  risque  de  compétition  interspécifique 
ainsi que des impacts sur la faune et la flore indigène soit ordonnée par le 
Tribunal.
E. 
Dans  sa  duplique  du  27 mai  2010,  l'autorité  inférieure  a  estimé  que  la 
réplique du recourant du 23 avril 2010 n'apportait aucun élément nouveau 
et confirmé son argumentation du 19 mars 2010.
F. 
Par  ordonnance  du  1er  juin  2010,  le  Tribunal  a  imparti  au  recourant  un 
délai  jusqu'au  2  juillet  2010,  ensuite  prolongé  au  2  août  2010,  pour 
produire l'expertise d'un bureau spécialisé à laquelle il avait fait référence 
dans son recours du 18 janvier 2010.
Le  5  août  2010,  le  Tribunal  a  accusé  réception  de  l'expertise 
susmentionnée,  constituée  de  deux  rapports,  respectivement  intitulés 
"Rempoissonnement  en  truites  arc­en­ciel  dans  le  Rhône  et  l'Arve 
genevois. Impacts potentiels sur la flore et la faune" [daté de juillet 2010], 
et "Biologie de la truite arc­en­ciel (Oncorhynchus mykiss) dans le Rhône 
genevois et le Léman. Repeuplement, captures, reproduction" [daté du 30 
juillet 2010].
Dite expertise a été transmise à l'autorité inférieure pour observations ce 
même 5 août 2010.
G. 
Dans  ses  observations  du  21  septembre  2010,  l'autorité  inférieure 
soutient  que  l'expertise  susmentionnée  n'apporte  pas  la  preuve  que 
l'introduction  de  truites  arc­en­ciel  dans  le  Rhône  et  l'Arve  genevois 
resterait sans modification indésirable de la faune. 
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H. 
Par ordonnance du 23 septembre 2010, la cause a été gardée à juger.
I. 
Les  autres  faits  et  arguments  des  parties  seront  repris  en  tant  que  de 
besoin dans les considérants en droit du présent arrêt.
Droit :
1. 
1.1.  Aux  termes  des  art.  31  et  33  let.  d  de  la  loi  sur  le  Tribunal 
administratif  fédéral  du  17  juin  2005  (LTAF,  Recueil  systématique  [RS] 
173.32),  le  recours  auprès  du  Tribunal  administratif  fédéral  (TAF)  est 
recevable contre les décisions au sens de l'article 5 de la loi fédérale sur 
la  procédure  administrative  du  20  décembre  1968  (PA;  RS  172.021), 
rendues  en  particulier  par  les  départements  et  les  unités  de 
l'administration  fédérale  qui  leur  sont  subordonnées  ou 
administrativement rattachées.
L'OFEV est une unité de  l'administration  fédérale centrale  (cf. annexe 1 
de l'ordonnance sur l'organisation du gouvernement et de l'administration 
du  25  novembre  1998  [OLOGA;  RS  172.010.1]  par  renvoi  de  son
art.  8  al.  1  let.  a).  L'acte  attaqué  satisfait  aux  conditions  prévalant  à  la 
reconnaissance  d'une  décision  au  sens  de  l'art.  5  PA  et  ne  rentre  pas 
dans  le  champ  d'exclusion  de  l'art.  32  LTAF.  Cela  étant,  le  Tribunal 
administratif fédéral est compétent pour connaître du litige.
1.2. 
Déposé en temps utile et dans les formes prescrites par la loi (art. 50 et 
52 PA), le recours est recevable.
2. 
2.1. 
Selon  l'art. 49 PA,  le Tribunal administratif  fédéral contrôle  les décisions 
qui  lui  sont  soumises  sous  l'angle  de  la  violation  du  droit  fédéral,  y 
compris  l'excès  ou  l'abus  du  pouvoir  d'appréciation  (let.  a),  de  la 
constatation  inexacte  ou  incomplète  des  faits  pertinents  (let.  b)  et  de 
l'inopportunité  (let. c). La procédure est  régie par  la maxime  inquisitoire, 
ce  qui  signifie  que  le  Tribunal  administratif  fédéral  définit  les  faits  et 
apprécie  les  preuves  d'office  et  librement  (art.  12  PA).  S'agissant  de 
l'application du droit, le Tribunal dispose d'un plein pouvoir d'examen, ce 
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qui  signifie  notamment  qu'il  revoit  sans  s'imposer  aucune  restriction  si 
une  disposition  de  l'ordre  juridique  a  été  violée  (PIERRE  MOOR,  Droit 
administratif, vol. I, Les fondements généraux, Berne 1994, p. 490).
En principe, le Tribunal est tenu d'exercer complètement ("ausschöpfen") 
son  pouvoir  d'examen,  sous  peine  de  déni  de  justice  formel  (BENJAMIN 
SCHINDLER  in:  Kommentar  VwVG,  Zurich,  St­Gall,  p.  669,  n.  21  ad 
art. 49 PA). La jurisprudence atténue toutefois ce principe dans certaines 
situations.  C'est  ainsi  que  le  Tribunal  de  céans  s'impose  une  certaine 
retenue  dans  l'exercice  de  son  contrôle  lorsque  l'application  de  la  loi 
exige  la  connaissance de  circonstances  locales ou  lorsqu'elle nécessite 
des  connaissances  spécifiques,  notamment  scientifiques ou  techniques, 
dont  l'autorité  administrative  ­  dotée  d'un  large  pouvoir  d'appréciation  ­ 
dispose mieux  que  le  juge. Sur  ces  questions,  le  Tribunal  de  céans  ne 
s'écartera  donc  pas  sans  nécessité  de  l'appréciation  de  l'autorité 
inférieure. En revanche, il vérifiera librement si l'autorité inférieure a établi 
complètement  et  exactement  les  faits  pertinents  et,  sur  cette  base, 
correctement  appliqué  le  droit,  sans  se  laisser  guider  par  des  motifs 
étrangers  aux  normes  appliquées  et  en  tenant  compte  de  manière 
adéquate de  tous  les  intérêts en présence ­ ce qui suppose déjà que  la 
décision attaquée soit suffisamment étayée sur ces points (ATAF 2008/23 
consid. 3.3; ATAF 2008/18 consid. 4; ATAF 2007/37 consid. 2.2; ATF 123 
V  150  consid.  2;  ANDRÉ MOSER/MICHAEL BEUSCH/  LORENZ KNEUBÜHLER, 
Prozessieren  vor  dem  Bundesverwaltungsgericht,  Bâle,  2008,  p.  74, 
n. 2.154 ss).
2.2. C'est le lieu de rappeler que le principe de la maxime inquisitoire n'a 
aucune influence sur la répartition du fardeau de la preuve, qui répond en 
principe aux règles usuelles (arrêt du TAF A­5584/2008 du 11  juin 2010 
consid. 1.2.2; décision 2003­108 de la commission fédérale de recours en 
matière  de  contributions  [CRC]  du  15  juin  2004  in:  Jurisprudence  des 
autorités  administratives  de  la Confédération  [JAAC]  68.155  consid.  3a; 
MOSER/BEUSCH/KNEUBÜHLER,  op.  cit.,  p.166  s,  n.  3.149  ss).  Ainsi,  si  la 
conviction  de  l'autorité  n'est  pas  acquise  sur  la  base  des  preuves  à 
disposition,  il  convient,  sauf  règle  spéciale,  d'appliquer  par  analogie 
l'art. 8 du Code civil suisse du 10 décembre 1907 (CC, RS 210) en vertu 
duquel quiconque doit  prouver  les  faits qu'il  allègue pour en déduire un 
droit. Autrement dit, il incombe à l'administré d'établir les faits qui sont de 
nature  à  lui  procurer  un  avantage  et  à  l'administration  de  démontrer 
l'existence de ceux qui  imposent une obligation en sa  faveur. Le défaut 
de preuve va au détriment de la partie qui entendait  tirer un droit du fait 
non prouvé (cf. arrêts du TAF A­1604/2006 du 4 mars 2010 consid. 3.5, 
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A­1557/2006  du  3  décembre  2009  consid.  1.6  et  A­680/2007  du 
8 juin 2009 consid. 5).
3. 
A  son  art.  1er,  la  loi  fédérale  sur  la  pêche  du  21  juin  1991  (LFSP, 
RS  923.0)  dit  avoir  notamment  pour  but  de  préserver  ou  d’accroître  la 
diversité  naturelle  et  l’abondance  des  espèces  indigènes  de  poissons, 
d’écrevisses, d’organismes leur servant de pâture ainsi que de protéger, 
d’améliorer  ou,  si  possible,  de  reconstituer  leurs  biotopes  (let.  a),  de 
protéger les espèces et les races de poissons et d’écrevisses menacées, 
d’assurer  l’exploitation  à  long  terme  des  peuplements  de  poissons  et 
d’écrevisses (let. c).
D'après l'art. 6 al. 1 let. a LFSP, une autorisation de la Confédération est 
nécessaire  pour  importer  et  introduire  dans  les  eaux  suisses  des 
espèces,  des  races  ou  des  variétés  de  poissons  étrangères  au  pays. 
L'art.  6  al.  1  de  l'ordonnance  relative  à  la  loi  fédérale  sur  la  pêche  du 
24  novembre  1993  (OLFP,  RS  923.01)  dispose  que  par  "poissons 
étrangers au pays", on entend les espèces, races et variétés qui ne sont 
pas  répertoriées  à  son  annexe  1.  Ne  figurant  pas  dans  ladite  annexe 
mais dans  l'annexe 2 de  l'OLFP,  la  truite arc­en­ciel est par conséquent 
un  poisson  étranger  au  pays,  au  sens  précité.  Il  s'ensuit  que  son 
introduction  est  en  principe  soumise  à  autorisation,  réserve  faite  des 
exceptions prévues à  l'art. 8 OLFP. Selon  l'art. 8 al. 2  let.  c OLFP, une 
autorisation  selon  l’art.  6,  al.  1  LFSP  n’est  pas  nécessaire  pour 
l’introduction  de  poissons  qui  figurent  à  l’annexe  2,  lorsque  le  lieu 
d’introduction appartient au domaine d’introduction autorisé et lorsque les 
mesures nécessaires contre l’évasion sont prises. A teneur de l'annexe 2 
précitée, ont qualité de domaines d'introduction autorisés les installations 
de pisciculture et bassins de stockage, les lacs de montagne et retenues 
alpines  sans  libre migration  du  poisson  vers  l’amont  et  vers  l’aval  ainsi 
que  les  plans  d’eau  artificiels  aménagés  spécialement  à  des  fins  de 
pêche. Comme  le  soutient  à  juste  titre  l'autorité  inférieure,  l'introduction 
de  truites  arc­en­ciel  dans  le  Rhône  et  l'Arve  genevois  est  dès  lors 
soumise à autorisation, au sens de l'art. 6 al. 1 LFSP, les cours d'eau en 
question ne  constituant  à  l'évidence pas de  tels  domaines. Ce point  de 
vue est d'ailleurs admis par le recourant.
Conséquemment,  le  litige  revient  à  déterminer  si  c'est  à  bon  droit  que 
l'autorité  inférieure  n'a  pas  admis  la  réalisation  des  conditions  de 
l'art.  6  al.  2  LFSP  et  refusé  au  recourant  l'autorisation  d'introduire  des 
truites arc­en­ciel dans le Rhône et dans l'Arve genevois.
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4. 
D'après  l'autorité  inférieure,  l'immersion  de  truites  arc­en­ciel  est 
acceptable uniquement  lorsqu'elle a  lieu dans un domaine d’introduction 
autorisé,  en milieu  hydrologique  fermé  et  que  les mesures  nécessaires 
contre  l’évasion  sont  prises.  Toujours  selon  l'autorité  inférieure, 
l'immersion de truites arc­en­ciel est dans tous les autres cas considérée 
comme susceptible de générer une "modification indésirable de la faune", 
au sens de  l'art.  6 al. 2  let. b LFSP. Le  recourant soutient qu'il  s'agit  là 
d'une  interprétation  contraire  à  la  LFSP,  l'art.  6  al.  2  de  cette  loi  ne 
pouvant alors plus trouver application pour l'immersion de truites arc­en­
ciel  en  milieu  ouvert.  Pareille  argumentation  ne  saurait  cependant  être 
retenue pour les motifs qui suivent.
4.1.  L'art.  6  al.  2  let.  b  LFSP  dispose  clairement  que,  pour  obtenir 
l'autorisation  demandée,  le  requérant  doit  apporter  la  preuve  que 
l'introduction  de  truites  arc­en­ciel  dans  le  Rhône  et  l'Arve  genevois 
n'entraînera pas une modification indésirable de la faune. S'agissant des 
truites  arc­en­ciel,  qui  figurent  à  l'annexe  2  de  l'OFLP  (cf.  consid.  3  ci­
dessus),  l'art.  7  OLFP  ajoute  que  si  l'immersion  à  des  fins  de 
consommation a  lieu dans des  installations de pisciculture ou dans des 
bassins  de  stockage  avec  toutes  les  mesures  nécessaires  contre 
l’évasion  (let.  b)  les  conditions  de  l’art.  6  al.  2  LFSP  sont  en  général 
remplies. A contrario, elles ne  le sont en principe pas dans  le Rhône et 
l'Arve genevois, milieux aquatiques ouverts. Les art. 6 al. 2 let. b LFSP et 
7 let. b OLFP posent ainsi une présomption légale. Cette présomption est 
réfragable, en ce sens qu'elle entraîne un renversement du fardeau de la 
preuve au détriment du recourant (arrêt du TF 2C_146/2011 du 4 janvier 
2011  consid.  3);  si  ce  dernier  ne  parvient  pas  à  établir  l'absence  de 
modification  indésirable de la faune du fait de l'immersion de truites arc­
en­ciel  dans  le  Rhône  et  l'Arve  genevois,  l'introduction  envisagée  est 
censée nuisible et non admissible.
La  présomption  réfragable  se  distingue  de  la  présomption  irréfragable 
qui,  absolue,  peut  donc  fonder,  à  elle  seule  les  conclusions  d'une 
décision administrative ou judiciaire (ATF 133 IV 142, 143 s consid. 2.3). 
L'autorité  n'a  alors  pas  à  examiner  les  moyens  de  preuves  avancés 
contre un fait  irréfragablement présumé. En  l'espèce,  l'autorité  inférieure 
ne s'est pas comportée comme si  la présomption posée aux art. 6 al. 2 
let. b LFSP et 7 let. b OLFP était irréfragable. Elle ne s'est pas contentée 
d'affirmer que l'introduction de truites arc­en­ciel dans le Rhône et  l'Arve 
genevois était absolument  inadmissible de par  la  loi. Elle a au contraire 
examiné  les  allégués  du  recourant  –  essentiellement  d'ordre  "socio­
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halieutique  –  et  a  considéré  que  ceux­ci  n'étaient  pas  suffisamment 
convaincants  pour  autoriser  une  introduction  d'espèces  étrangères  au 
pays. Par ailleurs, l'autorité inférieure a produit sept décisions concernant 
cinq cantons qui,  rendues entre 1997 et 2008, ont autorisé  l'introduction 
de  truites  arc­en­ciel  hors  les  domaines  définis  à  l'annexe  2  OLFP,  en 
milieu hydrologiquement ouvert. Enfin et surtout, dans le cas d'espèce, la 
décision  attaquée  propose,  comme  solution  alternative,  d'autoriser 
l'introduction de truites farios triploïdes. 
4.2.  L'absence  de  modification  indésirable  de  la  faune  ensuite  de 
l'introduction de  truites arc­en­ciel  dans  le Rhône et  l'Arve genevois est 
un  fait  négatif.  Celui  qui  entend  se  prévaloir  d'un  tel  fait  ne  doit 
généralement  pas  en apporter  la  preuve  stricte;  il  lui  suffit  d'établir  qu'il 
existe  une  vraisemblance  prépondérante  (arrêt  du TF 2C_86/2010 du 4 
octobre 2010 consid. 2.3). Dans le cas d'espèce, le recourant a produit un 
graphique empirique qui compare  le  taux de  récupération des  truites de 
mesure (art. 2 al. 2 OLFP) arc­en­ciel par rapport aux truites farios, dans 
les cours d'eau genevois, pour  la période 1978­1983, ainsi que, comme 
indiqué  dans  la  partie  en  faits  (voir  let.  G  ci­dessus),  une  expertise 
constituée  de  deux  rapports  établis  courant  juillet  2010,  respectivement 
intitulés  "Rempoissonnement  en  truites  arc­en­ciel  dans  le  Rhône  et 
l'Arve  genevois.  Impacts  potentiels  sur  la  flore  et  la  faune"  [ci­après 
rapport  1],  et  "Biologie  de  la  truite  arc­en­ciel  (Oncorhynchus  mykiss) 
dans  le  Rhône  genevois  et  le  Léman.  Repeuplement,  captures, 
reproduction"  [ci­après rapport 2]. De ces trois moyens de preuve, seuls 
peuvent  être  retenus  les  rapports  1  et  2.  En  effet,  le  graphique  précité 
vise  d'abord  essentiellement  à  démontrer  que  "le  taux  de  récupération 
des truites arc­en­ciel était meilleur que celui des truites farios", argument 
qui  est  sans  pertinence  avec  la  question  de  savoir  si  l'immersion  de 
truites  arc­en­ciel  dans  le  Rhône  et  l'Arve  genevois  aurait  un  impact 
négatif  sur  la  faune.  Il  se  réfère  ensuite  au  cours  d'eau  genevois  en 
général,  mais  non  au  Rhône  ou  à  l'Arve  genevois  en  particulier. 
Remontant  enfin  à  plus  de  25  ans  sans  tirer  de  liens  avec  la  réalité 
actuelle  de  la  faune  du  Rhône  et  de  l'Arve  genevois,  il  a  perdu  toute 
actualité.
Les  deux  rapports  qui  constituent  l'expertise  déposée  par  le  recourant 
revêtent un caractère scientifique car, se fondant sur des faits établis, des 
données  et  d'autres  études,  notamment,  ils  contiennent  des 
démonstrations,  soit  des  raisonnements  qui  aboutissent  à  des 
conclusions. Cela dit, une preuve scientifique ne peut être admise que si 
le juge a la conviction qu'elle donne un résultat certain ou tout au moins 
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qu'elle  conduit  à  une  quasi­certitude.  Aussi  ne  peut­on  admettre  une 
preuve  scientifique  que  si  elle  s'impose  à  la  généralité  des  spécialistes 
avec une évidence suffisante pour que, dans la branche considérée, elle 
soit  reconnue  comme  sûre.  Sans  faire  nécessairement  l'unanimité,  elle 
doit  être  admise  par  l'opinion  générale  des  milieux  scientifiques 
intéressés. Ce n'est que si cette condition première est  réalisée que  les 
tribunaux,  après  avoir  éventuellement  encore  pris  l'avis  d'experts, 
pourront  imposer  cette  preuve  comme  une  méthode  sûre,  reconnue  et 
éprouvée.  Tant  qu'une  méthode  demeure  controversée,  qu'elle  n'est 
appliquée  que  par  un  nombre  restreint  de  spécialistes,  la  plus  grande 
retenue est de rigueur et  les  tribunaux ne peuvent s'y référer (ATF 98 II 
265, 271 s consid. III.5).
4.3. 
4.3.1.  Le  rapport  1  conclut  au  respect  des  conditions  de  l'art.  6  al.  2 
LFSP,  motifs  pris  que  le  déversement  annuel  dans  le  Rhône  et  l'Arve 
genevois, effectué entre 1969 et 1994, d'environ une tonne de truites arc­
en­ciel n'avait pas permis à l'espèce de s'y reproduire, qu'il n'y a pas de 
risque significatif de perturbation des biocénoses indigènes en raison de 
l'état  très  dégradé  des  cours  d'eau  concernés,  et  qu'en  raison  d'un 
cloisonnement biologique provoqué par  les  installations hydroélectriques 
sur  le  Rhône  et  l'Arve,  le  risque  de  voir  les  déversements  prévus 
coloniser  des  milieux  sensibles  en  quantité  significative  est  très  limité, 
voire nul.
L'autorité  inférieure  fait  valoir  à  cet  égard  que,  de manière  générale,  la 
truite  arc­en­ciel  peut  rester  discrète  pendant  des  années  au  sein  d'un 
milieu naturel, puis développer subitement un comportement  invasif, par 
exemple suite à une modification de ce milieu ou de  la génétique de  la 
souche  immergée.  Or,  le  nouveau  régime  d'exploitation  des  paliers 
hydroélectriques  qui  a  cours  depuis  quelques  années  (double 
modulation) a fortement modifié l'environnement du Rhône. De sorte que 
l'introduction  de  truites  arc­en­ciel  dans  le  Rhône  pourrait  induire  une 
irruption  soudaine  de  l'espèce,  avec  pour  corollaire  le  risque  de  voir 
disparaître  la  truite  indigène.  Cette  affirmation  est  confirmée  par  la 
littérature  scientifique  (KURT D. FAUSCH,  Introduction,  establishment  and 
effects  of  non­native  salmonids:  considering  the  risk  of  rainbow  trout 
invasion  in  the  United  Kingdom,  in:  Journal  of  Fish  Biology,  Vol.  71, 
London 2007, p. 1 ss). Les observations faites entre 1969 et 1994, selon 
lesquelles  le  déversement  annuel  dans  le  Rhône  et  l'Arve  genevois, 
effectué  entre  1969  et  1994,  d'environ  une  tonne  de  truites  arc­en­ciel 
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n'aurait pas permis à l'espèce de s'y reproduire, n'ont donc pas de force 
probante allant dans un sens contraire.
Cela  étant,  le  rapport  1  conclut  également  que  l'introduction  demandée 
par  le  recourant  aurait  pu  influencer  négativement  les  populations 
salmonicoles sauvage, mais que ce  risque est  toutefois  théorique, dites 
populations  n'étant  plus  présentes,  "sauf  pour  l'ombre  dont  il  faudra 
suivre  le  développement  dans  l'Arve  ces  prochaines  années".  Cette 
dernière conclusion est contredite par la législation sur la pêche. En effet, 
à teneur de l'annexe 1 OLFP, l'ombre de rivière est une espèce indigène 
menacée  protégée  à  l’échelle  européenne  selon  la  Convention  du  19 
septembre 1979 relative à la conservation de la vie sauvage et du milieu 
naturel de  l’Europe  (Convention de Berne, RS 0.455, entrée en vigueur 
pour la Suisse le 1er juin 1982 [RO 1982 802]). Il s'ensuit que le rapport 1 
lui­même aboutit au constat que  l'introduction de truites arc­en­ciel dans 
l'Arve genevois violerait l'art. 6 al. 2 LFSP.
Dans ses conclusions,  le rapport 2 admet  lui aussi que "le déversement 
de  truites  arc­en­ciel  dans  l'Arve  nécessiterait  des  précautions 
supplémentaires dans la mesure où ce cours d'eau abrite des populations 
de  truites et d'ombres susceptibles de se  reproduire naturellement ainsi 
que  d'autres  espèces  patrimoniales  comme  le  spirlin  ou  le  blageon. En 
outre, cette rivière comporte actuellement à la fois des zones de graviers 
favorables  au  frai  –  qui  sont  en  cours  de  reconstitution  –  et  quelques 
zones  de  grossissement  favorables  aux  salmonidés  [indigènes].  Enfin, 
une  amélioration  de  la  qualité  physico­chimique  des  eaux  de  l'Arve  est 
également encore possible au cours des années".  Il concède également 
que des truites arc­en­ciel introduites dans le Rhône genevois pourraient 
amener plusieurs géniteurs dans ses affluents ou dans ceux du Léman, 
précisant que le repeuplement avec cette espèce devrait alors être arrêté. 
Ainsi,  à  la  lecture  du  rapport,  il  apparaît  que  l'on  doit  s'abstenir 
d'introduire des truites arc­en­ciel non seulement dans l'Arve, mais aussi 
dans  l'Arve  genevois.  C'est  dire  que  le  rapport  2,  et  par  là­même  la 
propre argumentation du recourant, admet en l'espèce le non­respect de 
l'art. 6 al. 2 LFSP et le refus de l'autorisation sollicitée.
4.4. Il faut déduire de ce qui précède que le recourant n'a pas apporté la 
preuve du respect des conditions posées à l'art. 6 al. 2 LFSP. Il ne suffit 
en effet pas de se référer aux pratiques passées en matière d'immersion 
et  de  leur  absence  d'impact  négatif  pour  conclure  automatiquement  à 
l'absence future de risque de modification indésirable de la faune.
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5. 
D'après  le recourant,  l'immersion de truites arc­en­ciel dans  le Rhône et 
l'Arve  genevois  permettrait  une  meilleure  protection  des  souches  de 
truites  indigènes dans d'autres  cours  d'eau. Cela  serait  en particulier  le 
cas pour l'Allondon et la Versoix, rivières qui seraient surexploitées et où 
la  pression  de  la  pêche  serait  importante  malgré  une  réglementation 
extrêmement  restrictive.  L'autorité  écarte  cet  argument  en  avançant  à 
raison les trois motifs qui suivent.
D'après le rapport 1, il est probable que l'introduction de truites arc­en­ciel 
envisagée par le recourant aurait un certain effet de délestage, surtout en 
ce qui concerne l'Allondon; un effet qu'il n'est toutefois "guère possible de 
quantifier  actuellement".  Ce même  rapport  ajoute  que  pour  renforcer  la 
cohérence  des  objectifs  de  protection  du  recourant,  il  serait  aussi 
nécessaire  d'intervenir  directement  sur  les  milieux  sensibles,  en 
particulier sur l'Allondon. 
L'autorité  inférieure  soutient  que  la  pêche  à  la  ligne  pratiquée  dans  le 
Rhône urbain et  l'Arve genevoise et celle à  la mouche qui a cours dans 
l'Allondon  ou  la  Versoix  sont  des  activités  halieutiques  différentes  en 
termes d'aptitudes et de matériel. De sorte qu'elles visent généralement 
deux groupes de pêcheurs distincts. L'autorité précité constate également 
que l'introduction de truites arc­en­ciel dans des étangs fermés, qui a été 
accordée  après  la  demande  faite  par  le  canton  de  Genève  le  23 
décembre 1998, n'a pas permis de diminuer la pression de la pêche sur 
l'Allondon et la Versoix, dont fait mention le recourant. Pareils arguments 
ne manquent pas de pertinence.
Cela  étant,  quand  bien  même  l'immersion  de  truites  dans  le  Rhône  et 
l'Arve  genevois  permettrait  une  meilleure  protection  des  souches  de 
truites indigènes dans d'autres cours d'eau, cela ne suffirait pas à justifier 
l'introduction  de  truites  arc­en­ciel,  étrangères  au  pays  (voir  ci­dessous 
consid. 6).
C'est  par  ailleurs  le  lieu  de  rappeler  au  recourant  que  la  protection 
légitime des truites  indigènes de l'Allondon et de la Versoix pourrait – et 
devrait (art. 1er al. 2 et 2 al. 2 OLFP) – être assurée avec les instruments 
traditionnels  de  la  gestion  piscicole,  tels  que  le  contingentement 
journalier, la taille minimale, ou encore la période de protection.
6. 
Le  recourant  soutient  que  l'immersion  de  truites  arc­en­ciel  permet  une 
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meilleure  exploitation  du  potentiel  halieutique  du  Rhône  et  de  l'Arve 
genevois.  Selon  lui,  ces  cours  d'eau  n'offrent  plus  les  conditions 
nécessaires à  la reproduction des truites  indigènes, notamment à cause 
de  l'impact  de  l'exploitation  hydroélectrique  due  à  la  présence  de  trois 
barrages avec de fortes modulations, de celui des moules zébrées dans 
le Rhône urbain, qui  tapissent  le  fond du cours d'eau, et du manque de 
gravier  résultant  de  la  surexploitation  de  l'Arve  française.  A  cela 
s'ajouterait  le fait que le Rhône et  l'Arve genevois ne présenteraient pas 
de bonnes  conditions pour  le  grossissement des  truites en  raison de  la 
pression des oiseaux piscivores en hiver, de  la pollution domestique en 
étiage hivernal dans  l'Arve  française et genevoise, et de  la  température 
trop élevée dans le Rhône urbain en été.
Le  recourant  entend  ici  justifier  sa  volonté  d’offrir,  par  l'immersion  de 
truites  arc­en­ciel  non  triploïdes,  espèce  étrangère  au  pays,  une  pêche 
urbaine  populaire  et  attrayante  à  la  population  genevoise. Cette  pêche, 
telle que décrite, revêt peut­être un intérêt public. Toutefois, la législation 
fédérale sur la pêche reconnaît clairement un intérêt public prépondérant 
dans la préservation des espèces indigènes (art. 5 LFSP, art. 5 OLFP) et 
la  proportionnalité  de  la  non­immersion  d’espèces  étrangères  dans  un 
milieu  naturel  hydrologiquement  ouvert  (art.  6  LFSP,  art.  6  ss  OLFP). 
Autrement dit, lorsque, comme dans le cas présent, les conditions posées 
aux  art.  6  al.  2  let.  b  LFSP  ne  sont  pas  respectées  (voir  ci­dessus 
consid. 4),  l’intérêt public à  la pêche de  truites arc­en­ciel non  triploïdes 
dans le Rhône et l’Arve genevois cède ex lege le pas à l'intérêt qu’il y a à 
empêcher  une  modification  indésirable  de  la  faune  dans  ces  mêmes 
cours  d’eau.  Cette  conclusion  s'impose  sans  qu’il  y  ait  lieu  d’examiner 
plus  avant  les  considérations  pratiques  ou  économiques  qu’il  y  aurait  à 
introduire de telles truites.
Si, en  revanche,  il  apparaît qu'une espèce de  truites étrangère au pays 
ne menace pas la flore et la faune indigènes, ni n'a d'impacts indésirables 
sur  la  faune,  aucun  intérêt  public  contraire,  du  moins  au  titre  de  la 
législation  fédérale sur  la pêche, ne s'oppose alors à  l'intérêt public que 
les pêcheurs genevois ont à voir cette espèce  introduite dans un milieu 
hydrologique  ouvert.  C'est  en  ce  sens  que  doit  se  comprendre  la 
possibilité  évoquée  par  l'autorité  inférieure  d'autoriser  l'introduction  de 
truites farios triploïdes dans le Rhône et l'Arve genevois .
7. 
Compte tenu de ce qui précède, le recours doit être rejeté.
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Aucun frais de procédure n’est mis à la charge des autorités inférieures, 
ni  des  autorités  fédérales  recourantes  et  déboutées;  si  l’autorité 
recourante  qui  succombe  n’est  pas  une  autorité  fédérale,  les  frais  de 
procédure sont mis à sa charge dans la mesure où le litige porte sur des 
intérêts  pécuniaires  de  collectivités  ou  d’établissements  autonomes 
(art. 63  al.  2  PA).  Le  recourant  n'ayant  pas  défendu  ses  intérêts 
pécuniaires dans le présent litige, aucun frais de procédure ne sera mis à 
sa charge.
Enfin, l'autorité inférieure n'a pas droit à des dépens (art. 7 al. 3 FITAF).
Par ces motifs, le Tribunal administratif fédéral prononce :
1. 
Le recours est rejeté. 
2. 
Il n’est pas perçu de frais.
3. 
Il n'est pas alloué de dépens.
4. 
Le présent arrêt est adressé :
– au recourant (Acte judiciaire)
– à l'autorité inférieure (n° de réf. 1474­0554 ; Acte judiciaire)
L'indication des voies de droit se trouve à la page suivante.
Le président du collège : La greffière :
Alain Chablais Virginie Fragnière Charrière
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Indication des voies de droit :
La présente décision peut être attaquée devant le Tribunal fédéral, 1000 
Lausanne 14, par la voie du recours en matière de droit public, dans les 
trente  jours  qui  suivent  la  notification  (art. 82  ss,  90  ss  et  100  de  la  loi 
fédérale  du  17 juin  2005  sur  le  Tribunal  fédéral  [LTF, RS 173.110]).  Le 
mémoire  doit  être  rédigé  dans  une  langue  officielle,  indiquer  les 
conclusions,  les  motifs  et  les  moyens  de  preuve,  et  être  signé.  La 
décision  attaquée  et  les  moyens  de  preuve  doivent  être  joints  au 
mémoire, pour autant qu'ils soient en mains du recourant (art. 42 LTF).
Expédition :