A-4385/2009 - Abteilung I - Taxe sur la valeur ajoutée - TVA; déduction de l'impôt préalable, fardeau de la...

Bundesve rwa l t ungsge r i ch t
T r i buna l   adm in i s t r a t i f   f édé ra l
T r i buna l e   ammin i s t r a t i vo   f ede ra l e
T r i buna l   adm in i s t r a t i v   f ede ra l
Cour I
A­4385/2009
A r r ê t   d u   1 9   d é c emb r e   2 0 1 1
Composition Pascal Mollard (président du collège),
Daniel Riedo, Salome Zimmermann, juges,
Chantal Schiesser­Degottex, greffière.
Parties X._______ Sàrl,
recourante,
contre
Administration fédérale des contributions AFC,
Division principale de la taxe sur la valeur ajoutée,
Schwarztorstrasse 50, 3003 Berne,
autorité inférieure.
Objet TVA; déduction de l'impôt préalable, fardeau de la preuve, 
transfert de la TVA, intérêt moratoire.
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Faits :
A. 
X._______  Sàrl  est  une  société  à  responsabilité  limitée  au  sens  des 
art. 772 ss du code des obligations du 30 mars 1911 (CO, RS 220), qui a 
pour  but  l'exploitation  d'un  bureau  d'architecture.  Elle  est  inscrite  au 
registre du commerce du canton de Genève depuis le 8 février 2002.
X._______ Sàrl (ci­après:  l'assujettie) a été  immatriculée au registre des 
contribuables de  l'Administration  fédérale des contributions  (AFC) du 1er 
janvier  2002  au  31 décembre  2006,  en  qualité  d'assujettie  au  sens  de 
l'art. 21  de  la  loi  fédérale  régissant  la  taxe  sur  la  valeur  ajoutée  du  2 
septembre 1999 (aLTVA, RO 2000 1300 et les modifications ultérieures).
B. 
Considérant que, malgré plusieurs  rappels,  l'assujettie n'avait pas  remis 
ses décomptes d'impôt pour les périodes fiscales allant du 1er juillet au 30 
septembre  2004,  l'AFC  fixa  par  voie  d'estimation  la  TVA  due  pour  un 
montant  de  Fr. 11'000.­,  plus  intérêt  moratoire  dès  le  15  janvier  2005 
(échéance  moyenne).  L'autorité  inférieure  établit  ainsi,  en  date  du 
10 mai 2005, le décompte complémentaire (DC) n° _______.
Faisant  suite  à  la  production  par  l'assujettie  du  décompte  du  3ème 
trimestre de 2004 portant sur  les périodes fiscales allant du 1er  juillet au 
31 décembre 2004, l'AFC établit le DC n° _______ du 19 septembre 2005 
pour  Fr. 19'933.15  (dette  fiscale  de  Fr. 30'933.15,  dont  à  déduire 
Fr. 11'000.­ [DC n° _______ du 10 mai 2005]).
C. 
A  la  suite  d'un  contrôle  portant  sur  les  périodes  fiscales  allant  du  1er 
trimestre de 2002 au 4ème trimestre de 2005 opéré le 1er décembre 2005, 
ainsi  que  les  26  janvier,  2  février  et  2  mars  2006,  l'autorité  inférieure 
constata que des déductions de  l'impôt préalable avaient été effectuées 
alors  que  les  factures  des  fournisseurs  n'étaient  pas  conformes  aux 
exigences de l'art. 37 al. 1 aLTVA ou n'avaient pas été produites. En date 
du  2 mars 2006,  l'AFC  établit  le  DC  n°_______  d'un  montant  de 
Fr. 17'817.­  plus  intérêt moratoire à 5% dès  le 31 août 2004  (échéance 
moyenne),  à  titre  notamment  de  réduction  de  la  déduction  de  l'impôt 
préalable.
Par courrier du 7  juin 2006,  l'assujettie contesta en  totalité  les montants 
réclamés  par  l'AFC,  plus  spécifiquement  le  bien­fondé  de  la  reprise 
fiscale  faisant  l'objet  du  décompte  complémentaire  du  2  mars  2006 
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n° _______  susmentionné  pour  les  périodes  allant  du  1er  trimestre  de 
2002 au 4ème trimestre de 2005.
D. 
L'assujettie  ne  s'étant  pas  acquittée  de  ses  dettes  fiscales,  à  savoir  de 
Fr. 11'000.­ plus intérêt moratoire dès le 15 janvier 2005 – conformément 
au  DC  n° _______  du  10  mai  2005  –  et  de  Fr. 1'692.91  plus  intérêt 
moratoire dès le 1er juin 2005 – selon son propre décompte d'impôt pour 
la période fiscale du 1er trimestre de 2005 –, l'autorité inférieure a engagé 
deux  poursuites  à  son  encontre.  L'Office  des  poursuites  de  Genève 
notifia  ainsi  à  l'assujettie  les  commandements  de  payer  du 
24 octobre 2005 et du 10 juillet 2006, auxquels elle fit opposition.
E. 
Par  deux  décisions  séparées  du  22  août  2006,  l'AFC  condamna 
l'assujettie  –  pour  les  périodes  fiscales  des  3ème  et  4ème  trimestres  de 
2004  –  à  lui  verser,  en  plus  des  DC  n° _______  du  2  mars  2006  et 
n° _______ du 19 septembre 2005, Fr. 11'000.­ plus intérêt moratoire et – 
pour  la  période  du  1er  trimestre  de  2005  –  à  s'acquitter  de Fr. 1'692.91 
plus intérêt moratoire. L'autorité inférieure leva également les oppositions 
formées aux commandements de payer susmentionnés.
En  date  du  17  septembre  2006,  l'assujettie  contesta  à  nouveau  les 
décomptes  complémentaires  établis  par  l'AFC,  dans  leur  totalité.  Elle 
forma réclamation, par actes séparés du 27 septembre 2006, contre  les 
deux décisions du 22 août 2006 précitées.
F. 
Le 21 février 2007, l'autorité inférieure rendit une décision, aux termes de 
laquelle elle annula  les deux décisions du 22 août 2006 portant  sur  les 
périodes  fiscales  des  3ème  et  4ème  trimestres  de  2004,  ainsi  que  du  1er 
trimestre de 2005. L'avis de crédit n° _______, portant sur un montant de 
Fr. 19'337.­,  fut  ainsi  établi  le  21  février  2007  et  annexé  à  la  décision 
susdite datée du même jour. L'AFC fixa également la créance fiscale pour 
les  périodes  allant  du  1er  trimestre  de 2002  au  4ème  trimestre  de  2005 
pour un montant de Fr. 30'698.32 de solde de TVA, plus intérêt moratoire.
G. 
Contre  cette  décision,  l'assujettie  forma  réclamation  par  courrier  du  20 
mars  2007.  En  substance,  elle  contesta  l'étendue  de  la  créance  fiscale 
pour un montant de Fr. 8'759.80, qu'elle fait valoir à titre d'impôt préalable 
déductible  y  compris  un  impôt  préalable  de  3.8  %  sur  les  frais 
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d'affranchissement  de « La Poste Suisse ». En outre,  l'assujettie  soutint 
que l'année 2005 ne pouvait pas être prise en compte, puisqu'elle n'était 
plus assujettie à la TVA. Enfin, elle reconnut devoir un solde en faveur de 
l'AFC  de  Fr. 21'938.52 mais  demanda  l'annulation  de  cette  créance  en 
guise  de  dédommagement  d'un  « incident »  survenu  en  2004  avec  la 
société  Y._______ SA.  Une  liste  des  dépenses  de  l'assujettie,  pour  les 
années 2002 à 2004, fut jointe audit envoi.
Par  courrier  du  19  mars  2009,  l'assujettie  régularisa  sa  réclamation 
précitée  et  déposa,  en  particulier,  les  décomptes  TVA  pour  les  années 
2002 à 2004.
H. 
Par décision sur réclamation du 2 juin 2009,  l'autorité  inférieure rejeta  la 
réclamation  formée  par  l'assujettie  et  confirma  qu'elle  devait  acquitter – 
pour les périodes fiscales allant du 1er trimestre de 2002 au 4ème trimestre 
de 2005 – Fr. 30'698.32 de solde de TVA, plus  intérêt moratoire. L'AFC 
considéra qu'aucune pièce justificative permettant la déduction de l'impôt 
préalable  n'avait  été  produite.  De  plus,  l'autorité  inférieure  retint  que – 
même si  on admettait  que  les montants déterminants  l'assujettissement 
n'avaient pas été dépassés en 2005 – l'assujettie n'en resterait pas moins 
assujettie  durant  ladite  année,  puisque  dans  cette  hypothèse  ce  serait 
l'assujettissement subjectif pour  l'année 2006 qui serait,  le cas échéant, 
concerné et non déjà celui de l'année 2005. S'agissant de la demande de 
l'assujettie  tendant  à  annuler  sa  créance  envers  l'AFC d'un montant  de 
Fr. 21'938.52  en  guise  de  dédommagement  d'un  « incident »  survenu 
avec la société Y._______ SA, l'autorité inférieure indiqua que – dans la 
mesure  où  seuls  les  tribunaux  civils  connaissaient  des  contestations 
portant  sur  le  transfert  de  l'impôt  –  l'assujettie  ne  pouvait  opposer  en 
compensation aucune créance à l'encontre de l'administration.
I. 
Par  courrier  du  2  juillet  2009  adressé  à  l'AFC,  l'assujettie  (ci­après : la 
recourante)  a  contesté  la  décision  sur  réclamation  du  2 juin 2009.  En 
substance,  elle  soutient  que  l'intérêt  moratoire  n'est  pas  dû,  que  le 
dédommagement  qu'elle  demandait  se  justifie  compte  tenu  de 
l'« incident »  survenu  avec  Y._______  SA  et  que  –  s'agissant  des  frais 
d'affranchissement de « La Poste Suisse » – un impôt préalable de 3.8 % 
devrait être admis. La recourante prétend également que le jugement du 
6  juillet  2007  de  la  Cour  de  justice  du  canton  de  Genève,  portant  sur 
l'impôt  cantonal  et  communal  direct,  devrait  être  pris  en  considération 
quant à la détermination de la TVA due pour l'année 2002.
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J. 
En date du 7 juillet 2009,  l'autorité  inférieure – admettant que ledit envoi 
devait être considéré comme un recours au sens des art. 44 ss de la loi 
fédéral  du  20  décembre  1968  sur  la  procédure  administrative  (PA, 
RS 172.021)  et  31  ss  de  la  loi  fédérale  du  17  juin  2005  sur  le Tribunal 
administratif  fédéral  (LTAF,  RS  173.32)  –  l'a  fait  parvenir  au  Tribunal 
administratif fédéral (TAF) comme objet de sa compétence. 
K. 
Par  ordonnance  du  24  août  2009,  le  Tribunal  de  céans  a  invité  la 
recourante à préciser  les conclusions et  les motifs de son  recours du 2 
juillet 2009, en particulier à indiquer précisément les points de la décision 
sur réclamation du 2 juin 2009 qu'elle contestait.
L. 
Par  lettre  du  31  août  2009,  la  recourante  a  repris  les  termes  de  son 
recours du 2 juillet 2009 en les précisant sommairement. Elle réitère ses 
griefs et  fait  notamment  valoir  une déduction de  l'impôt préalable sur  la 
base des décomptes de dépenses produits pour les années 2002 à 2004, 
ainsi qu'un  impôt préalable de 3.8 % sur  les  frais d'affranchissement de 
« La Poste Suisse ».
M. 
Invitée  à  déposer  une  réponse,  l'AFC  y  a  renoncé  en  se  référant  à  sa 
décision  sur  réclamation  du  2  juin  2009  et  en  concluant  au  rejet  du 
recours sous suite de frais.
Les faits seront repris, pour autant que besoin, dans les considérants qui 
suivent.
Droit :
1. 
1.1. Sous  réserve  des  exceptions  prévues  à  l'art.  32  LTAF,  le  TAF,  en 
vertu de l'art. 31 LTAF, connaît des recours contre les décisions au sens 
de  l'art.  5  PA  prises  par  les  autorités  mentionnées  à  l'art. 33 LTAF,  à 
savoir  notamment  les  décisions  rendues  par  l'AFC.  La  procédure  est 
régie  par  la  PA,  pour  autant  que  la  LTAF  n'en  dispose  pas  autrement 
(cf. art. 37 LTAF).
Le mémoire de recours doit être déposé dans les 30 jours qui suivent la 
notification  de  la  décision  (cf.  art.  50  al.  1 PA).  Le  délai  de  recours  est 
réputé observé si les écrits sont remis à l'autorité ou, à son adresse, à un 
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bureau  de  poste  suisse  ou  à  une  représentation  diplomatique  ou 
consulaire suisse le dernier jour du délai au plus tard (cf. art. 21 al. 1 PA). 
Lorsque la partie s'adresse en temps utile à une autorité incompétente, le 
délai est réputé observé (cf. art. 21 al. 2 PA). L'autorité qui se tient pour 
incompétente  transmet  sans  délai  l'affaire  à  l'autorité  compétente 
(cf. art. 8 al. 1 PA).
En  l'occurrence,  le mémoire  de  recours  daté  du  2  juillet  2009  contre  la 
décision sur réclamation de l'AFC du 2 juin 2009 a été remis dans le délai 
légal (art. 50 al. 1 PA) à l'adresse de ladite autorité fiscale, laquelle l'a – à 
juste titre – transmis au TAF comme objet de sa compétence. Un examen 
préliminaire  du  recours  révèle  que  cet  acte  ayant  été  déposé  par  une 
personne  qui  a  qualité  pour  recourir  (cf. art. 48 al. 1 PA)  et  selon  les 
formes prescrites (cf. art. 52 al. 1 PA),  il est recevable, de sorte qu'il y a 
lieu d'entrer en matière.
1.2. 
1.2.1. Le TAF constate  les faits et applique le droit d'office, sans être  lié 
par  les  motifs  invoqués  (cf.  art.  62  al.  4  PA)  ni  par  l'argumentation 
juridique  développée  dans  la  décision  entreprise  (cf. PIERRE 
MOOR/ETIENNE POLTIER, Droit administratif, vol.  II, 3e éd., Berne 2011, p. 
300 s.). L'autorité saisie se limite toutefois en principe aux griefs soulevés 
et n'examine les questions de droit non invoquées que dans la mesure où 
les  arguments  des  parties  ou  le  dossier  l'y  incitent  (cf. ATF  122  V  157 
consid. 1a, 121 V 204 consid. 6c; décision de la Commission fédérale de 
recours  en  matière  de  contributions  [CRC]  du  5 décembre  1996, 
in : Jurisprudence  des  autorités  administratives  de  la  Confédération 
[JAAC]  61.31  consid.  3.2.2;  ALFRED  KÖLZ/ISABELLE  HÄNER, 
Verwaltungsverfahren und Verwaltungsrechtspflege des Bundes, 2e éd., 
Zurich 1998, ch. 677).
La  procédure  devant  le  TAF  est  régie  essentiellement  par  la  maxime 
inquisitoire,  selon  laquelle  le  Tribunal  définit  les  faits  pertinents  et  les 
preuves nécessaires, qu'il ordonne et apprécie d'office. Cette maxime doit 
cependant  être  relativisée  par  son  corollaire,  soit  le  devoir  de 
collaboration des parties à l'établissement des faits, ainsi que par le droit 
des  parties,  compris  dans  le  droit  d'être  entendu,  de  participer  à  la 
procédure et d'influencer la prise de décision (cf. ATF 128 II 139 consid. 
2b, 120 V 357 consid. 1a). Le devoir de collaborer des parties concerne 
en particulier  le  recourant qui adresse un  recours au Tribunal dans son 
propre intérêt. Le recourant doit ainsi renseigner le juge sur les faits de la 
cause,  indiquer  les moyens de preuve disponibles et motiver sa requête 
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(cf. art. 52 PA; cf. également ATF 119 II 70 consid. 1; MOOR/POLTIER, op. 
cit.,  ch.  2.2.6.3  p.  292  ss;  arrêts  du  Tribunal  administratif  fédéral  A­
7663/2010 et A­7699/2010 du 28 avril 2011 consid. 2.3 et les références 
citées, A­7027/2010 du 28 avril 2011 consid. 2.3 et les références citées, 
A­7020/2010  du  27  avril  2011  consid. 2.3  et  les  références  citées).  Un 
devoir de collaborer concerne aussi  le recourant en ce qui concerne  les 
faits  qu'il  est  mieux  à  même  de  connaître,  parce  qu'ils  ont  trait 
spécifiquement à sa situation personnelle, qui  s'écarte de  l'ordinaire  (cf. 
MOOR/POLTIER,  op.  cit.,  ch.  2.2.6.3  p.  294  s.;  arrêt  du  Tribunal  fédéral 
2C_573/2007 du 23 janvier 2008 consid. 2.3 et les références citées).
Il n'appartient en principe pas à l'autorité de recours d'établir  les faits ab 
ovo. Dans le cadre de la présente procédure, il s'agit bien plus de vérifier 
les faits établis par  l'autorité  inférieure et de  les corriger ou compléter  le 
cas échéant (cf. arrêts du Tribunal administratif fédéral A­535/2011 du 28 
juin  2011  consid.  2.3  et  les  références  citées;  cf.  également  ANDRÉ 
MOSER/MICHAEL  BEUSCH/LORENZ  KNEUBÜHLER,  Prozessieren  vor  dem 
Bundesverwaltungsgericht, Bâle 2008, ch. 1.52).
1.2.2. Une  fois  les  investigations  requises  terminées,  et  après une  libre 
appréciation des preuves en sa possession,  l'autorité saisie se  trouve à 
un carrefour. Si elle estime que l'état de fait est clair et que sa conviction 
est acquise, elle peut rendre sa décision. En revanche, si la conviction de 
l'autorité compétente n'est pas acquise, elle doit appliquer  les règles sur 
la répartition du fardeau de la preuve et résoudre le litige à l'aide de ces 
règles  (cf.  arrêts  du  Tribunal  administratif  fédéral  A­5927/2007  du 
3 septembre 2010 consid. 3.1, A­6120/2008 du 14 mai 2010 consid. 1.3.2 
et 1.3.3 et les références citées; MOSER/BEUSCH/KNEUBÜHLER, op. cit., ch. 
3.149 ss).
Dans ce cadre, et à défaut de disposition spéciale en la matière, l'autorité 
saisie s'inspire de l'art. 8 du Code civil suisse du 10 décembre 1907 (CC, 
RS  210),  en  vertu  duquel  quiconque  doit  prouver  les  faits  qu'il  allègue 
pour en déduire un droit. Autrement dit, il incombe à l'administré d'établir 
les faits qui sont de nature à lui procurer un avantage et à l'administration 
de  démontrer  l'existence  de  ceux  qui  imposent  une  obligation  en  sa 
faveur. Le défaut de preuve va au détriment de la partie qui entendait tirer 
un droit du fait non prouvé (cf. arrêts du Tribunal administratif  fédéral A­
3994/2009  du  19  mai  2011  consid. 1.3.2  et  les  références  citées,  A­
393/2009 du 14 avril 2011 consid. 1.3.2, A­7046/2010 du 1er avril 2011 
consid. 2.4.2 et A­1604/2006 du 4 mars 2010 consid. 3.5; MOOR/POLTIER, 
op. cit., p. 299 s.). De plus, la seule allégation ne suffit pas (cf. arrêts du 
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Tribunal fédéral 2A.269/2005 du 21 mars 2006 consid. 4 et les références 
citées, 2A.109/2005 du 10 mars 2006 consid. 2.3 et 4.5;  cf.   également 
arrêts  du  Tribunal  administratif  fédéral  A­3994/2009  du  19  mai  2011 
consid. 1.3.2, A­393/2009 du 14 avril 2011 consid. 1.3.2, A­1687/2006 du 
18  juin  2007  consid.  2.4).  Le  principe  inquisitoire  n'a  donc  aucune 
influence sur la répartition du fardeau de la preuve (cf. arrêts du Tribunal 
administratif  fédéral  A­5584/2008  du  11 juin 2010  consid. 1.2.2  et  les 
références  citées,  A­6120/2008  du  18 mai  2010  consid. 1.3.3),  car  il 
intervient à un stade antérieur.
1.2.3. Appliquées au droit fiscal, les règles sur la répartition du fardeau de 
la preuve susmentionnées supposent que l'administration fiscale supporte 
la charge de la preuve des faits qui déterminent l'imposition ou le montant 
de  la  créance  fiscale,  à  savoir  les  faits  fondant  ou  augmentant 
l'imposition. En  revanche,  l'assujetti assume  la charge de  la preuve des 
faits qui diminuent ou lèvent l'imposition, à savoir les faits qui l'exonèrent 
ou  réduisent  le  montant  de  l'impôt  (cf.   arrêt  du  Tribunal  fédéral  du 
2A.642/2004  14  juillet  2005,  in  :  Archives  de  droit  fiscal  suisse 
[Archives] 75 p. 495 ss consid. 5.4; arrêts du Tribunal administratif fédéral 
A­3603/2009  du  16  mars  2011  consid. 5.2  et  les  références  citées,  A­
8017/2009  du  2  septembre  2010  consid.  2.8,  A­1418/2006  du 
14 mai 2008 consid. 5.1, A­1373/2006 du 16 novembre 2007 consid. 2.1). 
S'agissant  plus  spécifiquement  de  l'impôt  préalable,  la  preuve  en 
incombe  au  contribuable,  puisqu'il  s'agit  d'un  fait  qui  aboutit  à  une 
diminution  de  l'impôt.  Il  lui  est  possible  d'apporter  cette  preuve  encore 
dans  le  cadre  du  recours  au  Tribunal  de  céans  (cf.   arrêts  du  Tribunal 
administratif  fédéral  A­3603/2009  du  16  mars  2011  consid. 5.2,  A­
6555/2007 du 30 mars 2010 consid. 2.4, A­1389/2006 du 21 janvier 2008 
consid. 4.2,  A­1454/2006  du  26  septembre  2007  consid.  2.4.3  et  les 
références citées).
1.3.  Le  1er  janvier  2010,  la  loi  fédérale  régissant  la  taxe  sur  la  valeur 
ajoutée  du  12  juin  2009  (LTVA,  RS  641.20)  est  entrée  en  vigueur. 
S'agissant  du  droit  applicable,  il  y  a  lieu  de  distinguer  ce  qui  a  trait  au 
fond de ce qui concerne la procédure.
Sur  le  plan du droit matériel,  les dispositions de  l'ancien droit  ainsi  que 
leurs  dispositions  d'exécution  demeurent  applicables  à  tous  les  faits  et 
rapports  juridiques  ayant  pris  naissance  avant  leur  abrogation 
(cf. art. 112 al. 1 LTVA).  Dans  la  mesure  où  l'état  de  fait  concerne  les 
périodes  allant  du  1er trimestre  de 2002  au  4ème trimestre  de  2005,  la 
présente cause tombe donc matériellement sous le coup de l'aLTVA et de 
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son  ordonnance  du  29  mars  2000  (aOLTVA,  RO  2000  1347).  En 
revanche,  les  dispositions  de  l'ordonnance du 22  juin  1994  régissant  la 
taxe  sur  la  valeur  ajoutée  (aOTVA,  RO  1994  1464  et  les modifications 
ultérieures) ne trouvent pas application (cf. art. 93 et 94 aLTVA).
Sur  le  plan  du  droit  formel,  le  nouveau  droit  de  procédure  s'applique  à 
toutes  les  procédures  pendantes  à  l'entrée  en  vigueur  de  la  LTVA 
(cf. art. 113 al. 3 LTVA;  concernant  l'interprétation  restrictive  de  cette 
disposition, cf. arrêts du Tribunal administratif fédéral A­4136/2009 du 18 
mars 2011 consid. 1.2, A­3190/2008 du 15  juillet 2010 consid. 1.2.2, A­
6986/2008 du 3 juin 2010 consid. 1.2 et A­1113/2009 du 24 février 2010 
consid. 1.3). S'agissant de l'appréciation des preuves, l'art. 81 al. 3 LTVA 
n'entre  pas  en  ligne  de  compte  si  l'ancien  droit  matériel  demeure 
applicable  (cf.  arrêts du Tribunal  administratif  fédéral A­393/2009 du 14 
avril  2011  consid. 1.2.2,  A­3603/2009  du  16  mars  2011  consid. 1.2,  A­
3190/2008  du  15 juillet 2010  consid. 1.2.2  et  les  références  citées,  A­
4417/2007  du  10 mars  2010  consid. 1.3.2).  Enfin,  la  possibilité  d'une 
appréciation  anticipée  des  preuves  demeure  admissible, même  dans  le 
nouveau  droit  et a  fortiori  pour  les  cas  pendants  (cf.  arrêts  du  Tribunal 
administratif  fédéral  A­393/2009  du  14  avril  2011  consid. 1.2.2,  A­
3603/2009 du 16 mars 2011 consid. 1.2, A­4785/2007 du 23 février 2010 
consid. 5.5; Message du Conseil fédéral sur la simplification de la TVA du 
25 juin 2008  in  :  Feuille  fédérale  [FF]  2008  p.  6394  s.;  PASCAL 
MOLLARD/XAVIER  OBERSON/ANNE  TISSOT  BENEDETTO,  Traité  TVA,  Bâle 
2009, ch. 157, p. 1126).
2. 
Le  litige  concerne  pour  l'essentiel  le  droit  à  la  déduction  de  l'impôt 
préalable.
2.1.  Selon  l'art.  38  aLTVA,  si  l'assujetti  utilise  des  biens  ou  des 
prestations  de  services  pour  l'une  des  affectations  justifiées  par  l'usage 
commercial  indiquées à  l'al. 2  (parmi  lesquelles  figurent  les  livraisons et 
les  prestations  de  services  imposables),  il  peut  déduire  dans  son 
décompte  les  montants  d'impôt  préalable  qu'en  particulier  d'autres 
assujettis  lui  ont  facturés,  conformément  à  l'art. 37 aLTVA,  pour  des 
livraisons  et  des  prestations  de  services  (art.  38  al.  1  let.  a  aLTVA). 
Ancrée dans cette disposition, la déduction de l'impôt préalable constitue 
un droit subjectif. Cela étant, elle représente également une technique au 
service du principe de la neutralité, selon lequel la TVA doit être la même 
pour  tous  les  consommateurs,  quel  que  soit  le  circuit  emprunté  par  le 
bien  (cf.  PASCAL  MOLLARD,  La  TVA  :  vers  une  théorie  du  chaos  ?  in 
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Mélanges  CRC,  Lausanne  2004,  ch.  3.1.1).  Elle  a  pour  effet  que 
l'entrepreneur ne doit imposer que son chiffre d'affaires net, même s'il doit 
soumettre à  la TVA  l'intégralité de son chiffre d'affaires, sans  l'impôt  lui­
même  (cf.  arrêt  du  Tribunal  fédéral  2C_653/2008  du  24  février  2009 
consid. 6.3;  arrêts  du  Tribunal  administratif  fédéral  A­3603/2009  du  16 
mars  2011  consid. 2.2  et  A­6198/2009  du  22  juillet  2010  consid.  2.2; 
ALOIS CAMENZIND/NIKLAUS HONAUER/KLAUS A. VALLENDER, Handbuch zum 
Mehrwertsteuergesetz  [MWSTG], Berne 2003, 2e éd., ch. 1360). Du  fait 
de  la  distinction  entre  l'impôt  grevant  les  prestations  en  aval  et  celui 
frappant  les  prestations  en  amont,  les  deux  domaines  doivent  être 
soigneusement  distingués  par  l'assujetti  et  communiqués  séparément 
(cf. arrêts du Tribunal administratif fédéral A­3603/2009 du 16 mars 2011 
consid. 2.2, A­6198/2009 du 22 juillet 2010 consid. 2.2, A­5620/2008 du 
11 novembre 2009 consid. 2.2; CAMENZIND/HONAUER/VALLENDER, op. cit., 
ch. 1362).
2.2.  La  déduction  de  l'impôt  préalable  est  subordonnée  à  certaines 
conditions matérielles.
2.2.1. A ce titre, il est constant que, premièrement, seul un assujetti peut 
prétendre  déduire  l'impôt  préalable  (cf. art.  38  al.  1  aLTVA); 
deuxièmement,  cette  déduction  est  possible  uniquement  pour  les 
livraisons  et  prestations  de  services  grevées  de  TVA  qui  lui  ont  été 
facturées  par  un  autre  assujetti  (cf. art.  38  al.  1  let.  a  aLTVA; 
cf. également arrêts du Tribunal administratif  fédéral A­3603/2009 du 16 
mars  2011  consid. 3.1,  A­6198/2009  du  22  juillet  2010  consid. 2.4,  A­
1581/2006 du 23 juin 2008 consid. 5.1.2, A­1476/2006 et A­1492/2006 du 
26  avril  2007  consid.  5.3);  troisièmement,  les  prestations  doivent  être 
affectées  –  ne  serait­ce  que  de  manière  médiate  –  à  un  des  buts 
limitativement énumérés à l'art. 38 al. 2 aLTVA, étant encore précisé que 
l'assujetti  peut  également  déduire  les  montants  d'impôt  préalable 
mentionnés à l'al. 1, lorsqu'il utilise des biens ou des services mentionnés 
à  l'art. 19 al. 2 aLTVA ou pour des activités qui seraient  imposables s'il 
les effectuait sur le territoire suisse (cf. art. 38 al. 3 aLTVA; cf.  également 
arrêts du Tribunal  fédéral 2C_309/2009 et 310/2009 du 1er  février 2010 
consid.  7.2,  2C_632/2007  du  7  avril  2008  consid.  2;  arrêts  du  Tribunal 
administratif  fédéral  A­3603/2009  du  16  mars  2011  consid. 3.1  et  A­
8017/2009 du 2 septembre 2010 consid. 2.5.1).
Enfin,  la  déduction  de  l'impôt  préalable  ne  doit  pas  avoir  été 
expressément proscrite (cf. art. 39 aLTVA; cf. également arrêt du Tribunal 
administratif  fédéral A­2387/2007 du 29  juillet 2010 consid. 3.1.3; cf. sur 
A­4385/2009
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les  différentes  conditions  relatives  à  la  déduction  de  l'impôt  préalable, 
arrêts du Tribunal fédéral 2C_45/2008 du 16 décembre 2008 consid. 3.2, 
2A.34/2007 du 8 janvier 2008 consid. 2.4; arrêts du Tribunal administratif 
fédéral  A­3603/2009  du  16 mars  2011  consid. 3  et  4  et  les  références 
citées,  A­2967/2008  du  11  août  2010  consid.  2  et  A­6198/2009  du  22 
juillet  2010  consid.  2.4;  DIEGO  CLAVADETSCHER/PIERRE­MARIE 
GLAUSER/GERHARD  SCHAFROTH,  ,  Kommentar  zum 
Bundesgesetz  über  die  Mehrwertsteuer,  Bâle/Genève/Munich  2000, 
ad art. 38 p. 684 ss).
2.2.2. Le système présuppose donc une relation étroite entre la prestation 
acquise  et  celle  effectuée.  L'« input »  (« Eingangleistung »),  soit 
l'acquisition  de  prestations  en  amont,  doit  être  –  en  tant  qu'élément  de 
coût  –  affecté  de  manière  directe  ou  indirecte  à  l'« output » 
(« Ausgangsleistung »),  soit  à  la  prestation  en  aval.  La  jurisprudence 
l'exprime en parlant d'un  lien économique objectif  (ou nécessaire) entre 
l'« input »  et  l'« output »,  qui  peut  être  direct  ou  indirect,  c'est­à­dire 
lorsque  les  prestations  imposables  sont  simplement  exécutées  à  l'aide 
des prestations acquises (cf. ATF 132 II 352 consid. 8.2, 8.3 et 10; arrêts 
du  Tribunal  fédéral  2C_309/2009  et  2C_310/2009  du  1er  février  2010 
consid.  7.2,  2C_45/2008  du  16  décembre  2008  consid.  3.3;  arrêts  du 
Tribunal administratif fédéral A­3603/2009 du 16 mars 2011 consid. 3.2 et 
les références citées, A­8017/2009 du 2 septembre 2010 consid. 2.5.1, A­
2967/2008  du  11  août  2010  consid.  2.2.2  et  A­6198/2009  du  22  juillet 
2010  consid.  2.2.2). Dès  lors,  si  une  prestation  acquise  sert  à  produire 
une prestation  imposable,  la déduction de  l'impôt préalable est possible 
intégralement,  alors  que  si  elle  est  affectée  à  un  autre  but,  cette 
déduction n'est pas envisageable.
2.2.3. 
2.2.3.1  Le  principe  de  transférabilité  de  l'impôt  découle  du  caractère 
d'impôt  sur  la  consommation de  la TVA. Le  législateur doit  assurer que 
l'entreprise  assujettie  puisse  répercuter  l'impôt  sans  difficulté  et,  en 
principe, dans sa totalité. Bien qu'inscrit dans la loi (cf. art. 1 al. 2 aLTVA), 
ce principe ne représente pas un droit subjectif (cf. ATF 123 II 385; arrêt 
du  Tribunal  fédéral  2C_426/2008  et  2C_432/2008  du  18  février  2009 
consid. 4.5, 2C_518/2007 et 2C_519/2007 du 11 mars 2008 consid. 3.4; 
arrêts  du  Tribunal  administratif  fédéral  A­3603/2009  du  16  mars  2011 
consid. 3.3.1 et les références citées, A­3198/2009 du 2 septembre 2010 
consid. 2.4.2). En fin de compte, c'est le marché qui décide si un transfert 
est  possible  (cf.  XAVIER  OBERSON,  ,  Kommentar  zum 
Bundesgesetz über die Mehrwertsteuer, Bâle 2000, p. 1149). La question 
A­4385/2009
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du  transfert  de  la  TVA  ne  relève  donc  pas  du  droit  public,  conclusion 
entérinée par l'art. 37 al. 6 aLTVA, aux termes duquel les tribunaux civils 
connaissent  des  contestations  portant  sur  le  transfert  de  l'impôt.  Cette 
question est en définitive  régie exclusivement par  le droit civil  (cf. arrêts 
du  Tribunal  administratif  fédéral  A­3603/2009  du  16  mars  2011 
consid. 3.3.1  et  les  références  citées,  A­1619/2006  du  7  avril  2009 
consid. 2.3 et A­1438/2006 du 11 juin 2007 consid. 4.4.4).
2.2.3.2 Le transfert de la TVA n'étant pas automatique, mais relevant de 
l'autonomie des parties,  les  fondements de cet  impôt  seraient altérés si 
l'assujetti  pouvait  déduire  une  TVA  qui  ne  lui  a  pas  été  effectivement 
transférée.  C'est  dès  lors  à  juste  titre  que  l'art.  38  al.  1  let.  a  aLTVA 
impose à  l'assujetti de ne déduire que  la TVA que d'autres assujettis  lui 
ont facturée. Il s'agit là d'une exigence légale incontournable (cf. arrêt du 
Tribunal  administratif  fédéral  A­3603/2009  du  16  mars  2011 
consid. 3.3.2).
2.3. La faculté de déduire l'impôt préalable est, en outre, subordonnée à 
certaines conditions formelles.
2.3.1.  L'art.  38  al.  1  let.  a  aLTVA  prévoit  que  seul  peut  prétendre  à  la 
déduction de l'impôt préalable celui qui peut prouver les montants dont il 
réclame  la  déduction  au  moyen  des  pièces  visées  à  l'art.  37  al. 1 
et 3 aLTVA. La facture du fournisseur doit comprendre : son nom et son 
adresse,  de  même  que  son  numéro  d'immatriculation  au  registre  des 
contribuables; le nom et l'adresse du destinataire; la date ou la période de 
la  prestation;  le  genre,  l'objet  et  le  volume de  celle­ci;  le montant  de  la 
contre­prestation; le taux et le montant de l'impôt sur la contre­prestation, 
étant  précisé  que  si  l'impôt  est  inclus  dans  la  contre­prestation, 
l'indication du taux suffit (art. 37 al. 1 aLTVA). La jurisprudence a reconnu 
que  l'administration et  les  tribunaux étaient  liés par ce  formalisme  légal. 
Lorsqu'une  facture  ne  remplit  pas  les  conditions  cumulatives  spécifiées 
dans l'aLTVA, l'AFC est tenue de refuser la déduction de l'impôt préalable 
(cf. arrêts du Tribunal administratif fédéral A­3603/2009 du 16 mars 2011 
consid. 4.1, A­8017/2009 du 2 septembre 2010 consid. 2.2, A­6555/2007 
du 30 mars 2010 consid. 2.1, A­1476/2006 du 26 avril 2007 consid. 4.2.1 
et les références citées).
2.3.2. Les art. 113 al. 3 et 81 LTVA ne changent  rien à ce qui précède. 
D'une  part,  l'art.  113  al.  3  LTVA,  concernant  exclusivement  le  droit  de 
procédure, doit être appliqué de manière restrictive et ne peut conduire à 
une  application  rétroactive  du  droit  matériel  (cf.  consid.  1.3.  ci­avant). 
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D'autre part,  l'art. 81 LTVA ne contient aucune règle de droit  transitoire. 
Ces  dispositions  n'ont  dès  lors  aucun  impact  sur  les  conditions 
matérielles  du  droit  à  la  déduction  de  l'impôt  préalable.  Elles  n'ont  pas 
non  plus  d'incidence  sur  les  prescriptions  de  forme  contenues  à 
l'art. 37 aLTVA, qui sont étroitement liées au droit matériel et ne peuvent 
être  qualifiées  de  pures  dispositions  de  procédure  au  sens  de 
l'art. 113 al. 3 LTVA  (cf.  arrêts  du  Tribunal  administratif  fédéral  A­
3603/2009  du  16  mars  2011  consid. 4.5,  A­8017/2009  du 
2 septembre 2010 consid. 2.7, A­6555/2007 du 30 mars 2010 consid. 3.7 
et A­1113/2006 du 23 février 2010 consid. 3.4.3).  Il s'ensuit que l'ancien 
droit demeure applicable à cet égard, s'agissant des états de fait révolus 
sous son empire.
Cela étant, les mêmes réflexions s'imposent pour l'art. 28 al. 4 LTVA et le 
fait  que,  selon  la  nouvelle  LTVA,  la  facture  ne  représente  plus  une 
condition matérielle  pour  la  déduction de  l'impôt  préalable  (cf.  arrêts  du 
Tribunal administratif  fédéral A­3603/2009 du 16 mars 2011 consid. 4.5, 
A­8017/2009  du  2  septembre  2010  consid.  2.7  et  A­6555/2007  du 
30 mars 2010 consid. 3.7; Message sur la simplification de la TVA du 25 
juin 2008, in : FF 2008 p. 3975 et 6973). Il ne s'agit manifestement pas là 
de droit de procédure. Appliquer cette nouvelle conception,  relative à  la 
preuve  de  l'impôt  préalable  déductible,  à  des  états  de  fait  révolus  sous 
l'ancien  droit,  irait  à  l'encontre  de  l'art.  112  LTVA,  du  principe  général 
relatif  à  l'entrée  en  vigueur  du  droit  matériel  et  de  l'interdiction  de  la 
rétroactivité  (cf.  arrêts  du  Tribunal  administratif  fédéral  A­3603/2009  du 
16 mars 2011 consid. 4.5, A­6555/2007 du 30 mars 2010 consid. 3.7, A­
1113/2006 du 23 février 2010 consid. 1.3.3).
Enfin,  la  jurisprudence  a  déjà  eu  l'occasion  de  préciser  qu'un 
raisonnement  identique conduisait à écarter  l'application de  l'art. 59 al. 2 
de  l'ordonnance  du  27  novembre  2009  régissant  la  taxe  sur  la  valeur 
ajoutée (OTVA, RS 641.201) à des états de fait révolus sous l'ancien droit 
(cf. arrêts du Tribunal administratif fédéral A­3603/2009 du 16 mars 2011 
consid. 4.5 et A­8017/2009 du 2 septembre 2010 consid. 2.7).
3. 
3.1. En l'espèce, la recourante se prévaut pour l'essentiel d'une déduction 
de  l'impôt  préalable  sur  la  base  des  décomptes  de  dépenses  produits 
pour les années 2002 à 2004, ainsi que d'un impôt préalable de 3.8 % sur 
les frais d'affranchissement de « La Poste Suisse ».
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3.1.1.  Comme  relevé  à  juste  titre  par  l'AFC  dans  sa  décision  sur 
réclamation du 2 juin 2009, les documents au dossier ne permettent pas 
de  déterminer  les  opérations  pour  lesquelles  la  recourante  entend  faire 
valoir  une  déduction  de  l'impôt  préalable.  La  recourante  s'est  en  effet 
contentée – afin de contester l'étendue de la créance fiscale – de déposer 
les  décomptes  de  dépenses  relatifs  aux  années  2002  à  2004,  sans 
produire aucune facture ou autre pièce qui en tient lieu.
Concernant plus spécifiquement  l'impôt préalable de 3.8 % sur  les  frais 
d'affranchissement de « La Poste Suisse », on rappellera qu'en vertu de 
l'art. 18 ch. 1 aLTVA, est exclu du champ de l'impôt le transport de biens 
qui  est  soumis  aux  services  réservés  au  sens  de  la  législation  sur  la 
poste,  le  transport de colis postaux étant en  revanche  imposable. A cet 
égard,  la  pratique  administrative  –  valable  durant  les  périodes  fiscales 
litigieuses – a précisé que  le  transport des envois adressés de  la poste 
aux lettres pesant jusqu'à 1 kg était exclu du champ de l'impôt et, partant, 
n'ouvrait  pas  droit  à  la  déduction  de  l'impôt  préalable,  alors  que  les 
transports d'envois postaux en courrier accéléré, de colis et d'envois de la 
poste  aux  lettres  expédiés  dans  le  trafic  international  ainsi  que  de 
personnes étaient  imposables (cf. Instructions 2001 sur  la TVA, ch. 581, 
ci­après : instructions  2001).  Les  instructions  2008  sur  la  TVA  (ci­
après : instructions 2008), valable à partir du 1er janvier 2008, reprennent 
dans  une  certaine mesure  les  instructions  2001.  Elles  indiquent  que  le 
transport  des  envois  adressés  de  la  poste  aux  lettres  pesant  jusqu'à 
100 grammes  est  exclu  du  champ  de  l'impôt,  alors  que  les  transports 
d'envois  adressés  de  la  poste  aux  lettres,  postés  en  Suisse  ou  en 
provenance  de  l'étranger,  dont  le  poids  est  supérieur  à  100 grammes, 
ainsi que les transports d'envois postaux en courrier accéléré, de colis et 
d'envois  de  la  poste  aux  lettres  expédiés  dans  le  trafic  ainsi  que  de 
personnes  sont  imposables  (cf. ch. 581  des  instructions  2008).  Comme 
admis  à  bon  droit  par  l'AFC  dans  sa  décision  sur  réclamation  du 
2 juin 2009,  la  recourante  n'a  –  s'agissant  des  frais  d'affranchissement 
postaux – produit aucun document permettant de déterminer si  les  frais 
d'affranchissement,  pour  lesquels  elle  entend  faire  valoir  une  déduction 
de l'impôt préalable, étaient exonérés en vertu de l'art. 18 ch. 1 aLTVA ou 
s'ils étaient  imposables. La recourante n'a en effet  fourni aucune facture 
ou  autre  pièce  qui  en  tient  lieu,  qui  permettrait  d'établir  l'imposition  des 
transports des envois de la poste aux lettres en cause et, partant, le droit 
à la déduction de l'impôt préalable au sens de l'art. 38 al. 1 let. a aLTVA.
C'est  le  lieu  de  rappeler  que  la  déduction  de  l'impôt  préalable  est 
uniquement  possible  sur  la  base  d'un  justificatif,  soit  une  facture 
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remplissant certaines exigences formelles (cf. art. 38 al. 1 let. a aLTVA en 
lien avec l'art. 37 aLTVA; cf. également consid. 2.3.1. ci­avant). Notons à 
cet  égard  que  –  dans  la  mesure  où  la  recourante  n'a  déposé  aucune 
facture ou autre pièce qui en  tient  lieu –  l'art.  15a aOLTVA,  concernant 
les factures dans lesquelles l'indication du fournisseur ou du destinataire 
est  déficiente,  ainsi  que  l'art. 45a  aOLTVA,  portant  sur  les  autres  vices 
formels  pouvant  affecter  une  facture,  ne  sauraient  trouver  application, 
puisque  les documents  justificatifs  requis par  l'art. 38 al. 1  let. a aLTVA 
pour  revendiquer  le  droit  à  la  déduction  de  l'impôt  préalable  font  ici 
totalement défaut.
3.1.2. Dans ces conditions,  il  convient de constater que  la  recourante a 
échoué  dans  son  offre  de  preuve.  Elle  n'a  en  effet  pas  prouvé  ses 
allégations,  à  savoir  que  des  prestations  acquises  en  amont  (« input »; 
« Eingangleistung »)  auprès  d'autres  assujettis  lui  auraient  servi  à 
produire  des  prestations  imposables  en  aval  (« output »; 
« Ausgangsleistung »)  et  que,  partant,  d'autres  assujettis  lui  auraient 
facturé des montants de  l'impôt préalable déductibles (cf. consid. 2.2. ci­
avant). Elle  n'a  pas non plus démontré que  les  frais  d'affranchissement 
pour  lesquels elle entend  faire valoir une déduction de  l'impôt préalable 
seraient  imposables  (cf. consid. 3.1.1.  ci­avant).  Aussi  –  en  application 
des règles sur le fardeau de la preuve, selon lesquelles, s'agissant de la 
preuve  d'un  fait  diminuant  l'imposition  (preuve  de  l'impôt  préalable),  la 
charge  en  incombe  au  contribuable  (cf. consid.  1.2.3.  ci­avant)  –  la 
recourante  doit  supporter  les  conséquences  du  défaut  de  preuve,  de 
sorte qu'il ne lui est pas possible – sur  la seule base des décomptes de 
dépenses produits pour les années 2002 à 2004 – de se prévaloir du droit 
à la déduction de l'impôt préalable. Les griefs soulevés à cet égard par la 
recourante sont dès lors mal fondés.
3.2. De plus, même si  la recourante ne soutient pas expressément dans 
son  mémoire  de  recours  –  contrairement  à  ce  qu'elle  a  fait  dans  sa 
réclamation du 20 mars 2007 – que l'année 2005 ne devrait pas être prise 
en compte dans le calcul de l'impôt, car elle ne serait plus assujettie à la 
TVA,  elle  se  fonde  toutefois  sur  les  décomptes  de  dépenses  relatifs 
uniquement  aux  années  2002  à  2004  –  afin  de  justifier  son  droit  à  la 
déduction  de  l'impôt  préalable  –  ce  qui  peut  laisser  supposer  que  la 
recourante entend continuer à se prévaloir de l'argumentation susdite.
3.2.1.  Conformément  à  l'art. 29 aLTVA,  l'assujettissement  obligatoire 
prend  fin avec  la cessation de  l'activité  imposable; en cas de  liquidation 
d'un patrimoine, notamment lors d'une liquidation volontaire ou forcée ou 
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d'un  concordat  par  abandon  d'actifs,  à  la  clôture  de  la  procédure  de 
liquidation  (let.  a);  à  la  fin  de  l'année  civile  au  cours  de  laquelle  les 
montants  déterminant  l'assujettissement  n'ont  plus été dépassés,  si  l'on 
peut s'attendre à ce qu'ils ne le soient pas non plus pendant l'année civile 
suivante  (let.  b).  Dans  le  cas  précis,  la  recourante  n'a  ni  cessé  son 
activité soumise à l'impôt ni été mise en liquidation, de sorte que la fin de 
l'assujettissement obligatoire dont elle entend se prévaloir ne pourrait cas 
échéant  se  fonder  que  sur  l'art.  29  let.  b  aLTVA.  Lorsque 
l'assujettissement prend fin conformément à cette disposition – soit faute 
de  chiffre  d'affaires  atteignant  le  seuil  prévu  –  l'AFC  doit  être 
immédiatement  prévenue  par  écrit  (cf. art. 56 al. 2 aLTVA).  Ainsi,  toute 
personne  qui  ne  réalise  plus  le  chiffre  d'affaires  minimum  déterminant 
l'assujettissement  et  omet  de  l'annoncer  est  censée  avoir  opté  pour 
l'assujettissement  (cf. art. 56  al.  2  aLTVA;  cf. également 
MOLLARD/OBERSON/TISSOT BENEDETTO, op. cit., ch. 148 ss, p. 459 ss).
3.2.2. Par conséquent et au vu de ce qui précède, il convient de constater 
que – même si le chiffre d'affaires annuel avait été, en 2005, inférieur à la 
limite déterminante – la recourante restait assujettie durant ladite année. 
En  effet,  le  chiffre  d'affaires  de  l'année  civile  précédente  étant 
déterminant  pour  l'examen  de  la  fin  de  l'assujettissement  ensuite  d'un 
chiffre d'affaires  insuffisant, c'est  ici  l'assujettissement pour  l'année 2006 
qui  était  cas  échéant  concerné  et  non  déjà  celui  de  l'année  2005 
(cf. consid. 3.2.1.  ci­avant;  cf. également  la  décision  de  la  CRC  du  10 
mars 1999, in : JAAC 63.92 consid. 4). Les griefs soulevés indirectement 
à cet égard, par la recourante, sont ainsi infondés.
3.3. En outre,  bien que ne  requérant plus expressément  l'annulation de 
sa créance envers l'AFC – d'un montant reconnu, dans la réclamation du 
20 mars 2007,  de  Fr. 21'938.52  –  en  guise  de  dédommagement  d'un 
« incident »  survenu  avec  Y._______  SA,  la  recourante  continue  à 
demander une indemnité en raison dudit « incident ».
3.3.1.  Comme  relevé  à  juste  titre  par  l'autorité  inférieure,  l'« incident » 
dont entend se prévaloir la recourante réside dans le fait que Y._______ 
SA – qui se serait vu refuser la déduction, à titre d'impôt préalable, de la 
TVA facturée en 2000 par Z._______ (en raison individuelle, puis associé 
gérant de la recourante du 8 février 2002 au 8 juillet 2003), motif pris de 
l'absence  d'indication  du  numéro  TVA  du  prénommé  –  aurait  exigé  de 
Z._______  le  remboursement du montant de TVA payé. On  relèvera  ici 
que  la  recourante  n'a  déposé  aucun  document  attestant  dudit 
remboursement, de sorte que – après une appréciation libre des preuves 
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et compte tenu de la répartition du fardeau de la preuve (cf. consid. 1.2.3. 
et 2.2.3.2 ci­avant) – force est d'admettre que la preuve d'un transfert de 
la TVA n'a pas été apportée par la recourante. D'ailleurs, même si un tel 
transfert avait été prouvé, il est douteux que la recourante aurait pu s'en 
prévaloir,  puisque  –  dans  la  mesure  où  celui­ci  aurait  été  effectué  en 
raison  du  remboursement  du montant  de TVA  due  pour  les  prestations 
fournies par Z._______ en tant qu'architecte indépendant – le transfert de 
la TVA ne  se  serait  pas  fait  à  la  recourante, mais  à Z._______ en  tant 
que raison individuelle. Cela étant dit, la problématique du transfert de la 
TVA ne ressort pas au droit public, mais au droit civil, de sorte que – se 
trouvant  de  la  compétence du  juge  civil  –  elle  doit  nécessairement  être 
résolue  par  celui­ci,  à  titre  préjudiciel,  ce  qui  n'a  pas  été  le  cas  ici 
(cf. consid. 2.2.3.1  ci­avant;  cf. également  arrêt  du  Tribunal  administratif 
fédéral A­3603/2009 du 16 mars 2011 consid. 3.3.1, 6.2.3.4 et 6.2.4).
3.3.2.  Dans  ce  contexte,  la  recourante  ne  saurait  opposer  en 
compensation  aucune  créance  à  l'encontre  de  l'autorité  inférieure,  pas 
plus  qu'elle  ne  saurait  revendiquer  une  quelconque  indemnité  pour  le 
dommage – par ailleurs non prouvé – que lui aurait occasionné le refus à 
l'égard  de  Y._______  SA  de  déduire,  à  titre  d'impôt  préalable,  la  TVA 
facturée  en  2000  par  Z._______  pour  son  activité  d'architecte 
indépendant. Les griefs soulevés par la recourante sont ainsi mal fondés.
3.4. La recourante prétend encore que le jugement du 6 juillet 2007 de la 
Cour  de  justice  du  canton  de  Genève,  portant  sur  l'impôt  cantonal  et 
communal  direct,  devrait  être  pris  en  considération  quant  à  la 
détermination de la TVA due pour l'année 2002.
3.4.1.  La  jurisprudence  a  admis  que  –  même  si  la  notion  de  frais  « à 
caractère commercial » donnant droit à  la déduction de l'impôt préalable 
et celle de « dépenses justifiées par l'usage commercial » pertinentes en 
matière  d'impôts  directs  –  se  recoupaient  partiellement,  elles  ne 
pouvaient  être  considérées  comme  équivalentes  car  elle  étaient 
intimement  liées  aux  buts  différents  assignés  à  ces  deux  contributions, 
soit  l'imposition  du  revenu  net  pour  les  impôts  directs,  respectivement 
celle de  la consommation  finale pour  la TVA (cf. ATF 123  II 295,  traduit 
en  français  dans  la  Revue  de  droit  administratif  et  de  droit  fiscal 
[RDAF] 1997 II 743 consid. 6b et  les références citées; arrêt du Tribunal 
fédéral 2A.468/1999 du 27 octobre 2000 consid. 4b/bb). Ainsi – dans  la 
mesure  où  les  impôts  directs  se  basaient  sur  le  degré  de  capacité 
contributive économique de l'entreprise concernée – les frais qui n'étaient 
pas  destinés  à  l'acquisition  de  biens  économiques  à  porter  à  l'actif  du 
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bilan  ou  au  paiement  de  dettes  et  qui  ne  représentaient  pas  des 
prélèvements  privés  ou  des  distributions  dissimulées  (et  ouvertes)  de 
bénéfices, ainsi que les amortissement et les réserves, appartenaient à la 
catégorie des frais d'acquisition du revenu de l'entreprise considérée. En 
revanche,  la  TVA  n'étant  pas  dirigée  sur  l'acquisition  du  revenu,  mais 
frappant la consommation, ce n'était pas seulement l'utilisation du revenu 
qui  était  visée, mais  toute  utilisation  intermédiaire  sans  tenir  compte de 
son  origine,  soit  également  la  consommation  financée  par  des  fonds 
étrangers (cf. RDAF 1997 II 743 consid. 6b et les références citées). Par 
conséquent,  les dépenses « à caractère commercial » donnant droit à la 
déduction  de  l'impôt  préalable  ne  se  laissaient  –  compte  tenu  d'une 
systématique différentes – pas définir selon des critères  issus de  l'impôt 
sur  le  revenu  (cf. RDAF 1997  II  743 consid. 6b et  les  références  citées; 
arrêt du Tribunal fédéral 2A.468/1999 du 27 octobre 2000 consid. 4b/bb).
De  manière  plus  générale,  la  jurisprudence  a  retenu  que  les  impôts 
directs  n'étant  pas  des  contributions  du  même  genre  que  la  TVA,  les 
règles  régissant  ces  deux  types  d'impôts  ne  coïncidaient  pas 
nécessairement (cf. Archives 64 p. 727 consid. 3d).
3.4.2. La recourante ne remet pas en cause la jurisprudence citée – qu'il 
convient au demeurant de confirmer – si bien que ses griefs, consistant à 
soutenir de manière générale que  le  jugement  rendu en matière d'impôt 
cantonal et communal direct devrait être pris en considération quant à la 
détermination  de  la  TVA  due  pour  l'année  2002,  sont  mal  fondés.  La 
recourante se contente d'ailleurs d’opposer son propre point de vue sans 
préciser de manière circonstanciée pourquoi et en quoi la TVA relative à 
la période fiscale de 2002 aurait été fixée de manière erronée. En outre – 
comme on vient de  le voir  (cf. consid. 3.4.1. ci­avant) – c'est à bon droit 
que  l'autorité  inférieure n'a pas  tenu compte – dans  le calcul de  la TVA 
due  pour  l'année  2002,  plus  spécifiquement  dans  la  détermination  du 
droit à la déduction de l'impôt préalable – de l'arrêt de la Cour de justice 
du  canton  de Genève,  portant  sur  l'impôt  cantonal  et  communal  direct. 
Notons  encore  que  non  seulement  la  recourante  ne  semble  en  soi  pas 
contester  le  chiffre  d'affaires  retenu  par  l'AFC,  mais  que  de  plus,  la 
déduction  de  l'impôt  préalable  n'est  possible  que  sur  la  base  d'un 
justificatif,  soit  une  facture  remplissant  certaines  exigences  formelles 
(cf. consid. 2.3.1.  ci­avant),  ce  qui  –  comme  déjà  dit  (cf. consid. 3.1.1. 
et 3.1.2.) – fait ici défaut.
3.5. Enfin,  la recourante prétend que l'intérêt moratoire ne serait pas dû. 
Elle  soutient  en  substance  que  la  décision  entreprise  aurait  été  rendue 
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relativement  tardivement,  sans que  l'inaction de  l'administration  fédérale 
ne  puisse  lui  être  imputée,  de  sorte  qu'elle  ne  saurait  en  subir  les 
conséquences.
3.5.1.  Le  Département  fédéral  des  finances  a  fixé  le  taux  de  l'intérêt 
moratoire  à  5%  (cf. art.  1  al.  1  et  3  de  l'ordonnance  du  DFF  du 
20 juin 2000 sur les taux de l'intérêt moratoire et de l'intérêt rémunératoire 
[RO 2000 2146; en vigueur du 1er janvier 2001 au 30 avril 2007]).
Selon l'art. 47 al. 1 aLTVA, intitulé « Paiement de l'impôt », l'assujetti doit 
verser  l'impôt dans  les 60  jours qui suivent  l'expiration de  la période de 
décompte,  laquelle  correspond  en  règle  générale  à  un  trimestre  civil 
(cf. art.  45  al.  1  aLTVA). En  cas  de  retard  dans  le  paiement,  un  intérêt 
moratoire  est  dû  sans  sommation  préalable  (cf. art.  47  al.  2  aLTVA). 
L'art. 47  aLTVA  ne  prévoit  pas  d'exception  à  la  règle  selon  laquelle  un 
intérêt moratoire est calculé dès lors que l'impôt n'est pas payé dans les 
60 jours  suivant  l'expiration  de  la  période  de  décompte.  En  particulier, 
l'intérêt moratoire est dû indépendamment de toute faute du contribuable 
("quelle  que  soit  la  raison  du  retard"  selon  le  ch. 970  des  instructions 
2001;  cf. également  ch. 970  des  instructions  2008;  arrêts  du  Tribunal 
fédéral  2C_594/2009  du  5  mai  2010  consid. 5.1,  2C_641/2008  du 
12 décembre  2008  consid.  5  et  2C_642/2008  du  12 décembre  2008 
consid. 5;  décision  de  la CRC du  23  septembre  1998,  in  :  JAAC  63.51 
consid. 3c). Autrement dit,  l'intérêt moratoire est dû, en vertu du principe 
de l'auto­taxation, dès l'échéance du paiement de l'impôt et court pendant 
la durée de la procédure de réclamation et de recours, indépendamment 
de  toute  faute  du  contribuable  et  sans  avertissement  ou  sommation 
préalable  de  l'administration.  Lorsque  plusieurs  périodes  entrent  en 
considération,  l'intérêt dû sur  la totalité de la créance est calculé à partir 
d'une échéance moyenne (cf. arrêts du Tribunal fédéral 2C_641/2008 du 
12 décembre  2008  consid.  5  et  2C_642/2008  du  12 décembre  2008 
consid. 5;  NICOLAS  SCHALLER/YVES  SUDAN/PIERRE  SCHEUNER/PASCAL 
HUGUENOT,  TVA  annotée,  Zurich  2005,  no 2  ad  art.  47  aLTVA,  p.  237; 
JEAN­MARC RIVIER/ANNIE ROCHAT PAUCHARD, Droit  fiscal  suisse  :  la  taxe 
sur  la  valeur  ajoutée,  Fribourg 2000,  p.  163).  Rappelons  encore  que 
l'aLTVA  ne  prévoit  aucune  possibilité  de  suspendre  ou  de  reporter 
l'intérêt moratoire (cf. JAAC 63.51 consid. 3c).
3.5.2. Dans le cas précis, il n'y a pas de raison de s'écarter des principes 
susdits et d'exempter la recourante à verser des intérêts moratoires pour 
les  périodes  fiscales  allant  du  1er  trimestre  de 2002  au  4ème  trimestre 
de 2005. La longueur de la procédure ne justifie pas que l'autorité fiscale 
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renonce  à  percevoir  des  intérêts  moratoires,  la  recourante  ayant 
notamment eu la possibilité de payer sous réserve les montants d'impôts 
contestés  et  d'éviter  ainsi  de  devoir  des  intérêts  moratoires.  La 
recourante  ne  doit  en  outre  pas  perdre  de  vue  que,  durant  toute  la 
procédure, elle a conservé  la  libre disposition des montants dus au  titre 
de  la  TVA  et  qu'elle  a  ainsi  pu,  le  cas  échéant,  disposer  de  leur 
rendement.  Par  conséquent,  il  n'y  a  pas  de  motif  de  renoncer  à  la 
perception des intérêts moratoires.
4. 
Les  considérations  qui  précèdent  conduisent  le  Tribunal  administratif 
fédéral  à  rejeter  le  recours.  Vu  l'issue  de  la  cause  –  en  application  de 
l'art. 63 al. 1 PA  et  de  l'art. 1 ss  du  Règlement  du  21  février  2008 
concernant  les  frais,  dépens  et  indemnités  fixés  par  le  Tribunal 
administratif  fédéral  (FITAF, RS 173.320.2) –  les  frais de procédure, par 
Fr. 3'000. ­, comprenant l'émolument judiciaire et les débours, sont mis à 
la  charge  de  la  recourante  qui  succombe.  L'autorité  de  recours  impute, 
dans le dispositif, l'avance sur les frais de procédure correspondants. Une 
indemnité  à  titre  de  dépens  n'est  pas  allouée  à  la  recourante 
(cf. art. 64 al. 1 PA  a  contrario,  respectivement  art. 7 al. 1 FITAF  a 
contrario).
Par ces motifs, le Tribunal administratif fédéral prononce :
1. 
Le recours est rejeté.
2. 
Les frais de procédure, d'un montant de Fr. 3'000. ­, sont mis à la charge 
de  la  recourante et  imputés  sur  l'avance de  frais déjà  versée du même 
montant.
3. 
Il n'est pas alloué de dépens.
4. 
Le présent arrêt est adressé :
– à la recourante (Acte judiciaire)
– à l'autorité inférieure (n° de réf. _______ ; Acte judiciaire)
L'indication des voies de droit figure à la page suivante.
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Le président du collège : La greffière :
Pascal Mollard Chantal Schiesser­Degottex
Indication des voies de droit :
La présente décision peut être attaquée devant le Tribunal fédéral, 1000 
Lausanne 14, par la voie du recours en matière de droit public, dans les 
trente  jours  qui  suivent  la  notification  (art. 82  ss,  90  ss  et  100  de  la  loi 
fédérale  du  17 juin  2005  sur  le  Tribunal  fédéral  [LTF, RS 173.110]).  Le 
mémoire  doit  être  rédigé  dans  une  langue  officielle,  indiquer  les 
conclusions,  les  motifs  et  les  moyens  de  preuve,  et  être  signé.  La 
décision  attaquée  et  les  moyens  de  preuve  doivent  être  joints  au 
mémoire, pour autant qu'ils soient en mains du recourant (art. 42 LTF).
Expédition :