A-7647/2010 - Abteilung I - Taxe sur la valeur ajoutée - TVA; aLTVA; période du 1er trimestre 2003 au 3ème ...

Bundesve rwa l t ungsge r i ch t
T r i buna l   adm in i s t r a t i f   f édé ra l
T r i buna l e   ammin i s t r a t i vo   f ede ra l e
T r i buna l   adm in i s t r a t i v   f ede ra l
Cour I
A­7647/2010
A r r ê t   d u   7   f é v r i e r   2 0 1 2
Composition Daniel Riedo (président du collège), 
André Moser, Markus Metz, juges,
Daniel de Vries Reilingh, greffier.
Parties X._______, …,
représentée par …,
recourante,
contre
Administration fédérale des contributions AFC,
Division principale de la taxe sur la valeur ajoutée,
Schwarztorstrasse 50, 3003 Berne,
autorité inférieure.
Objet TVA; aLTVA; période du 1er trimestre 2003 au 3ème 
trimestre 2008; dégrèvement; déduction de l'impôt préalable; 
estimation.
A­7647/2010
Page 2
Faits :
A. 
X._______ (ci­après : la société ou l’assujettie) est une société anonyme 
au sens des art. 620 ss du code des obligations du 30 mars 1911  (CO, 
RS 220), qui a pour but le commerce de véhicules neufs et usagés, ainsi 
que la réparation de véhicules. Elle est inscrite au registre du commerce 
de Genève depuis le 17 mai 1994. Elle a été immatriculée au registre des 
contribuables  de  l'Administration  fédérale  des  contributions  (AFC)  le 
1er janvier  1995  en  qualité  d'assujettie  au  sens  de  l'art. 17  de 
l'ordonnance  du  22 juin 1994  régissant  la  taxe  sur  la  valeur  ajoutée 
(aOTVA, RO 1994 258 et les modifications ultérieures).
B. 
A  la  suite  d'un  contrôle  portant  sur  les  périodes  fiscales  allant  du 
1er trimestre  de  2003  au  3ème  trimestre  2008  effectué  les  18  et 
19 novembre 2008 ainsi  que  le  8  janvier  2009,  l'AFC a  constaté que  la 
comptabilité  de  la  société  comportait  des  lacunes,  si  bien qu’elle  n’était 
pas  probante.  L'autorité  inférieure  a  ainsi  reconstitué  par  estimation  les 
chiffres d'affaires  réalisés au cours des périodes contrôlées et établi  les 
décomptes complémentaires no 218'596 du 8 janvier 2009 et no 218'616 
du  9 mars  2008  [recte : 2009],  portant  respectivement  sur  un  montant 
total d'impôt dû de CHF … , plus intérêt moratoire dès le 31 octobre 2006 
(échéance  moyenne),  et  de  CHF …,  plus  intérêt  moratoire  dès  le 
31 octobre  2006  (échéance  moyenne).  Considérant  que,  outre  ce 
redressement, les décomptes TVA établis par l'assujettie comportaient de 
nombreuses erreurs, notamment  telles qu'un chiffre d'affaires  imposable 
au taux normal déclaré comme exonéré malgré  l'absence de preuves et 
des montants d'impôt préalable déduits à tort, l'AFC a établi le décompte 
complémentaire  no 218'595  du  8  janvier  2009  d'une  somme  totale  de 
CHF …,  plus  intérêt  moratoire  dès  le  31  octobre  2006  (échéance 
moyenne).
C. 
C.a Représentée par Me …, l’assujettie a – par télécopie du 11 avril 2009 
– demandé à l'autorité inférieure de bien vouloir attendre avant de notifier 
une  décision  formelle  pour  lui  permettre  de  refaire  sa  comptabilité  et 
vérifier si cette opération conduisait « à un rappel d'impôts très différent » 
par rapport à celui fixé par l’AFC sur la base de ses coefficients.
C.b Le 17 avril  2009,  l'AFC a  rendu une décision  formelle,  par  laquelle 
elle  a  confirmé  les  créances  fiscales  résultant  des  décomptes 
A­7647/2010
Page 3
complémentaires no 218'596 du 8  janvier 2009 et no 218'616 du 9 mars 
2009  (soit  CHF …  de  TVA  plus  un  intérêt  moratoire  dès  le  31 octobre 
2006  [échéance moyenne]). Par mémoire  du 18 mai  2009,  la  société  a 
formé réclamation contre ledit prononcé, concluant à l'annulation de celui­
ci.
C.c En  date  du  7  juillet  2009,  l'autorité  inférieure  a  rendu  une  décision 
formelle aux termes de laquelle elle a confirmé la reprise d'impôt résultant 
du décompte complémentaire no 218'595 du 8 janvier 2009 (soit CHF … 
de  TVA  plus  un  intérêt  moratoire  de  5%  dès  le  1er novembre  2006 
[échéance  moyenne]).  Elle  a  également  levé  l'opposition  formée  au 
commandement de payer no 09 165322 T du 10 juin 2009 de l'Office des 
poursuites  de  Genève  jusqu’à  concurrence  du  montant  susmentionné. 
Constatant  que  le  prononcé  du  7  juillet  2009  –  qui  avait  été  adressé 
exclusivement et directement à  l’assujettie alors que cette dernière était 
représentée par Me … – était entaché d'un vice de notification,  l'AFC a 
rendu le 15 décembre 2009 une décision remplaçant et annulant celle du 
7 juillet 2009.  Aux  termes  de  son  nouveau  prononcé  du  15 décembre 
2009,  l’AFC  a  décidé  que  la  société  lui  devait  CHF …  de  TVA  plus  un 
intérêt  moratoire  de  5%  dès  le  31 octobre  2006  (échéance  moyenne) 
pour  les  périodes  fiscales  du  1er trimestre  2003  au  3ème  trimestre  2008 
(1er janvier 2003 au 30 septembre 2008).
Par acte du 22 décembre 2009, l'assujettie a formé réclamation contre la 
décision du 15 décembre 2009 et conclu à l'annulation de celle­ci. Elle a 
en substance contesté la reprise relative au chiffre d'affaires réalisé avec 
des  fonctionnaires  internationaux  (ch. 1.2  de  l'annexe  au  décompte 
complémentaire  no 218'595)  ainsi  que  la  correction  concernant  l'impôt 
préalable déduit à tort (ch. 2.2 de l'annexe au décompte complémentaire 
no 218'595). Elle a en revanche admis la mise en concordance du chiffre 
d'affaires  comptabilisé  avec  les montants  déclarés  à  la  TVA  (ch. 1.1  et 
2.1  de  l'annexe  au  décompte  complémentaire  no 218'595),  ainsi  que  la 
régularisation  liée  à  la  part  privée  des  actionnaires  aux  frais  généraux 
(ch. 1.3  de  l'annexe  au  décompte  complémentaire  no 218'595). 
L’assujettie  a  encore  rappelé  qu'elle  contestait  les  décomptes 
complémentaires  no 218'596  et  no 218'616  relatifs  au  redressement  de 
son  chiffre  d'affaires,  motif  pris  que  l'AFC  aurait  procédé  à  tort  à  une 
taxation par voie d'estimation.
D. 
Par décision sur réclamation prise le 24 septembre 2010,  l'AFC a, après 
avoir  joint  les  deux  procédures  susmentionnées,  rejeté  les  deux 
A­7647/2010
Page 4
réclamations susdites et décidé que pour  les périodes  fiscales allant du 
1er trimestre de 2003 au 3ème trimestre de 2008, la société devait payer 
CHF …  de  TVA  plus  un  intérêt  moratoire  dès  le  31 octobre  2006 
(échéance moyenne),  soit   CHF …  relatif  au  décompte  complémentaire 
no 218'595,  CHF …  relatif  au  décompte  complémentaire  no 218'596  et 
CHF … relatif au décompte complémentaire no 218'616.
L'autorité  inférieure  a  considéré  que  la  reprise  fiscale  opérée  sous  le 
ch. 1.2 de l'annexe au décompte complémentaire no 218'595, relative aux 
chiffres  d'affaires  résultant  des prestations  fournies à des diplomates et 
organisations  internationales,  était  justifiée,  car  l'exonération  n'avait  pas 
été  prouvée.  S’agissant  de  l’impôt  préalable  déduit  à  tort  (ch.  2.2  du 
décompte complémentaire no 218'595), un examen approfondi de l’impôt 
préalable déduit durant la période du 1er janvier au 30 juin 2003 avait fait 
ressortir que  l’assujettie avait  récupéré à  tort des montants d’impôt pour 
CHF … , soit le 26,42% de l’impôt préalable déduit. Une correction de la 
déduction  de  l’impôt  préalable  à  raison  de  ce  pourcentage  avait  été 
appliqué  à  l’ensemble  de  l’année  2003.  Les  inspecteurs  avaient 
également  procédé  à  des  sondages  sur  trois  mois  dans  les  autres 
années  et  repris  le  pourcentage  annuel  d’erreurs  sur  chaque  période 
contrôlée.  Enfin,  l'AFC  a  considéré  que  –  n'étant  pas  en  mesure  de 
déterminer de manière sûre les chiffres d'affaires réellement réalisés par 
l’assujettie, car la comptabilité n'était pas correctement tenue du point de 
vue  formel  –  elle  avait  non  seulement  le  droit  mais  aussi  le  devoir  de 
procéder  à  une  taxation  par  voie  d'estimation.  L'autorité  inférieure  a 
constaté que l'assujettie ne contestait d'ailleurs pas l'estimation du chiffre 
en  tant  que  telle,  soit  son  exécution  (décomptes  complémentaires 
no 218'596 et no 218'616).
E. 
Représentée par Me … , la société (ci­après : la recourante) a interjeté – 
par  mémoire  du  27  octobre  2010  –  recours  contre  la  décision  sur 
réclamation prise  le 24 septembre 2010 auprès du Tribunal administratif 
fédéral. Elle a conclu – sous suite de frais et dépens – à  l'annulation du 
prononcé  susdit  et  à  ce  qu'il  soit  ordonné  à  l'AFC  de  procéder  à  un 
nouveau contrôle des pièces comptables s'agissant des périodes fiscales 
allant  du  1er trimestre  de  2003  au  3ème trimestre  de  2008.  Elle  a  fait 
valoir en substance que son droit d'être entendu n'avait pas été respecté, 
que les documents sur lesquels l'autorité inférieure s'était fondée n'étaient 
pas  « les  éléments  réellement  comptabilisés »  et  que  la  personne 
présente lors du contrôle ne disposait pas de connaissances suffisantes. 
La recourante a relevé en outre qu'elle ne pouvait pas combattre l'opinion 
A­7647/2010
Page 5
de  l'autorité  inférieure,  selon  laquelle  sa  comptabilité  ne  serait  pas 
probante,  puisqu'elle  était  dans  l'impossibilité  d'apporter  la  preuve  du 
contraire.
F. 
Par  courrier  du  21  décembre  2010  adressé  à  l'AFC,  la  recourante  a 
déposé  une  attestation  de  A._______,  comptable,  ainsi  que  des 
attestations  relatives  aux  réparations  effectuées  en  franchise  d'impôt  et 
fournies aux diplomates et organisations internationales. Elle a également 
requis de  l'autorité  inférieure  la suspension de  la procédure et  le  renvoi 
des  inspecteurs afin d'« effectuer correctement  leur  travail de contrôle ». 
Dans  la  mesure  où  cette  demande  intervenait  alors  qu'une  procédure 
était  pendante devant  le Tribunal administratif  fédéral,  l'AFC  la  lui  a  fait 
parvenir comme objet de sa compétence.
G. 
Dans sa  réponse sur  le  recours,  datée du 23 décembre 2010,  l'autorité 
inférieure a proposé le rejet du recours sous suite de frais.
Invitée  à  se  prononcer  sur  le  courrier  de  la  recourante  du 
21 décembre 2010, l'AFC s'est – par courrier du 15 février 2011 – opposé 
à un nouveau contrôle sur place, dès lors que deux inspecteurs s'étaient 
rendus  deux  fois  déjà  chez  la  recourante.  S'agissant  de  l'attestation  de 
A._______,  l'autorité  inférieure  a  rappelé  que  cette  attestation  ne  se 
prononçait pas concernant les différentes erreurs relatées dans le rapport 
de révision au sujet du calcul du droit à la déduction de l'impôt préalable. 
S’agissant  des  attestations  relatives  aux  réparations  effectuées  en 
franchise  d'impôt  et  fournies  aux  diplomates  et  organisations 
internationales,  l'AFC a relevé qu'accepter une exonération comporterait 
le  risque  de  rembourser  deux  fois  la  TVA.  De  plus,  la  recourante 
reconnaissait  ne  pas  disposer  –  lors  du  contrôle  –  des  formules 
adéquates  pour  justifier  l'exonération.  L'autorité  inférieure  a  encore 
indiqué que, même si les factures avaient été corrigées – ce qui n'était en 
l'occurrence  pas  démontré  –,  le  fisc  ne  pourrait  pas  accepter  une  telle 
manière de faire, car celle­ci serait en contradiction avec la jurisprudence.
H. 
Par décision incidente du 24 mars 2011, le Tribunal administratif fédéral a 
rejeté la requête tendant à la suspension de la procédure.
A­7647/2010
Page 6
I. 
Les faits seront repris, pour autant que besoin, dans les considérants qui 
suivent.
Droit :
1. 
1.1. Sous réserve des exceptions prévues à l'art. 32 de la loi fédérale du 
17 juin 2005 sur le Tribunal administratif fédéral (LTAF, RS 173.32), celui­
ci, en vertu de l'art. 31 LTAF, connaît des recours contre les décisions au 
sens de l'art. 5 de la loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure 
administrative  (PA, RS 172.021)  prises  par  les  autorités mentionnées  à 
l'art.  33  LTAF.  En  particulier,  les  décisions  rendues  par  l’AFC  peuvent 
être  contestées  devant  le  Tribunal  administratif  fédéral  conformément  à 
l'art. 33 let. d LTAF. La procédure est régie par la PA, pour autant que la 
LTAF n'en dispose pas autrement (art. 37 LTAF).
En l'occurrence, le mémoire de recours daté du 27 octobre 2010 contre la 
décision  sur  réclamation  de  l'AFC  du  24  septembre  2010,  remise  à  la 
recourante  le 27 septembre 2010, a été déposé, à  l'adresse du Tribunal 
administratif fédéral – lequel est effectivement compétent – dans le délai 
légal  (art. 50 al. 1 PA).  Un  examen  préliminaire  du  recours  révèle  en 
outre que cet acte remplit  les exigences posées à  l'art. 52 PA et qu'il ne 
présente aucune carence de forme ni de fond. Il y a dès lors lieu d'entrer 
en matière.
1.2. 
1.2.1.  Le  Tribunal  administratif  fédéral  constate  les  faits  et  applique  le 
droit d'office, sans être lié par les motifs invoqués (cf. art. 62 al. 4 PA) ni 
par  l'argumentation  juridique  développée  dans  la  décision  entreprise 
(cf. PIERRE  MOOR/ETIENNE  POLTIER,  Droit  administratif,  vol.  II,  3e  éd., 
Berne 2011, p. 300 s.). L'autorité saisie se limite toutefois en principe aux 
griefs  soulevés  et  n'examine  les  questions  de  droit  non  invoquées  que 
dans  la  mesure  où  les  arguments  des  parties  ou  le  dossier  l'y  incitent 
(cf. ATF  122  V  157  consid.  1a,  121  V  204  consid.  6c;  décision  de  la 
Commission  fédérale  de  recours  en matière  de  contributions  [CRC]  du 
5 décembre  1996,  in : Jurisprudence  des  autorités  administratives  de  la 
Confédération [JAAC] 61.31 consid. 3.2.2; ALFRED KÖLZ/ISABELLE HÄNER, 
Verwaltungsverfahren und Verwaltungsrechtspflege des Bundes, 2e éd., 
Zurich 1998, ch. 677).
La  procédure  devant  le  Tribunal  administratif  fédéral  est  régie 
essentiellement  par  la  maxime  inquisitoire,  selon  laquelle  le  Tribunal 
A­7647/2010
Page 7
définit  les  faits  pertinents  et  les  preuves  nécessaires,  qu'il  ordonne  et 
apprécie  d'office.  Cette maxime  doit  cependant  être  relativisée  par  son 
corollaire, soit le devoir de collaboration des parties à l'établissement des 
faits,  ainsi  que  par  le  droit  des  parties,  compris  dans  le  droit  d'être 
entendu, de participer à  la procédure et d'influencer  la prise de décision 
(cf.  ATF  128  II  139  consid.  2b,  120  V  357  consid.  1a).  Le  devoir  de 
collaborer des parties concerne en particulier le recourant qui adresse un 
recours  au  Tribunal  dans  son  propre  intérêt.  Le  recourant  doit  ainsi 
renseigner  le  juge  sur  les  faits  de  la  cause,  indiquer  les  moyens  de 
preuve  disponibles  et  motiver  sa  requête  (cf. art.  52  PA;  cf. également 
ATF  119  II  70  consid.  1; MOOR/POLTIER,  op.  cit.,  ch.  2.2.6.3  p.  292  ss; 
arrêts  du  Tribunal  administratif  fédéral  A­7663/2010  et  A­7699/2010  du 
28 avril 2011 consid. 2.3 et les références citées, A­7027/2010 du 28 avril 
2011 consid. 2.3 et  les  références citées, A­7020/2010 du 27 avril 2011 
consid. 2.3  et  les  références  citées).  Un  devoir  de  collaborer  concerne 
aussi le recourant en ce qui concerne les faits qu'il est mieux à même de 
connaître, parce qu'ils ont trait spécifiquement à sa situation personnelle, 
qui s'écarte de l'ordinaire (cf. MOOR/POLTIER, op. cit., ch. 2.2.6.3 p. 294 s.; 
arrêt du Tribunal  fédéral 2C_573/2007 du 23  janvier 2008 consid. 2.3 et 
les références citées).
Il n'appartient en principe pas à l'autorité de recours d'établir  les faits ab 
ovo. Dans le cadre de la présente procédure, il s'agit bien plus de vérifier 
les faits établis par  l'autorité  inférieure et de  les corriger ou compléter  le 
cas  échéant  (cf.  arrêt  du  Tribunal  administratif  fédéral  A­535/2011  du 
28 juin  2011  consid.  2.3  et  les  références  citées;  cf.  également  ANDRÉ 
MOSER/MICHAEL  BEUSCH/LORENZ  KNEUBÜHLER,  Prozessieren  vor  dem 
Bundesverwaltungsgericht, Bâle 2008, ch. 1.52).
1.2.2.  Le  Tribunal  administratif  fédéral  s'impose  une  certaine  retenue 
dans  son  examen  en  matière  de  taxation  par  estimation  justifiée  et 
reprend  ainsi  la  jurisprudence  en  la  matière  de  la  CRC  (cf. arrêts  du 
Tribunal administratif  fédéral A­4450/2010 du 8 septembre 2011 consid. 
2.2,  A­1546/2006  du  30  avril  2008  consid.  2.5.4,  A­1397/2006  et  A­
1398/2006  du  19  juillet  2007  consid.  2.1,  décision  de  la  CRC  du 
24 octobre  2005,  publiée  in:  JAAC  70.41  consid.  2d/cc,  et  du  14  mai 
2003,  publiée  in  :  JAAC  67.122  consid.  2c/cc).  Par  contre,  pour 
déterminer  si  les  conditions  d'une  taxation  par  estimation  sont  réunies, 
l'examen du Tribunal administratif fédéral est illimité (cf. arrêt du Tribunal 
fédéral  2C_426/2007 du 22 novembre 2007  consid.  4.3; ATAF 2009/60 
consid. 2.9.2;  arrêts  du  Tribunal  administratif  fédéral  A­4450/2010  du 
8 septembre 2011 consid. 2.2, A­6299/2009 du 21 avril 2011 consid. 5.5, 
A­7647/2010
Page 8
A­7083/2008  et  A­7084/2008  du  29  novembre  2010  consid.  2.2  et  les 
références citées; décision de  la CRC du 3 décembre 2003, publiée  in  : 
JAAC  68.73  consid.  1c;  voir  également  PASCAL  MOLLARD/XAVIER 
OBERSON/ANNE  TISSOT  BENEDETTO,  Traité  TVA,  Bâle  2009,  p.  881  s. 
ch. 277 s.).
1.2.3. Si l'autorité de recours reste dans l'incertitude après avoir procédé 
aux investigations requises, elle appliquera les règles sur la répartition du 
fardeau de la preuve. Dans ce cadre, et à défaut de disposition spéciale 
en la matière, l'autorité saisie s'inspire de l'art. 8 du Code civil suisse du 
10 décembre 1907 (CC, RS 210), en vertu duquel quiconque doit prouver 
les faits qu'il allègue pour en déduire un droit. Autrement dit, il incombe à 
l'administré d'établir les faits qui sont de nature à lui procurer un avantage 
et  à  l'administration de démontrer  l'existence de ceux qui  imposent une 
obligation en sa faveur. Le défaut de preuve va au détriment de la partie 
qui  entendait  tirer  un  droit  du  fait  non  prouvé  (cf. arrêts  du  Tribunal 
administratif  fédéral  A­3994/2009  du  19  mai  2011  consid. 1.3.2  et  les 
références  citées,  A­393/2009  du  14  avril  2011  consid. 1.3.2,  A­
7046/2010  du  1er  avril  2011  consid. 2.4.2  et  A­1604/2006  du  4  mars 
2010 consid. 3.5; PIERRE MOOR/ETIENNE POLTIER, Droit administratif, vol. 
II,  Berne  2011,  p.  299 s.).  De  plus,  la  seule  allégation  ne  suffit  pas 
(cf. arrêts du Tribunal fédéral 2A.269/2005 du 21 mars 2006 consid. 4 et 
les  références citées, 2A.109/2005 du 10 mars 2006 consid. 2.3 et 4.5; 
cf. également arrêts du Tribunal administratif  fédéral A­3994/2009 du 19 
mai  2011  consid. 1.3.2,  A­393/2009  du  14  avril  2011  consid. 1.3.2,  A­
1687/2006 du 18 juin 2007 consid. 2.4). Le principe inquisitoire n'a donc 
aucune influence sur la répartition du fardeau de la preuve (cf. arrêts du 
Tribunal  administratif  fédéral  A­5584/2008  du  11 juin 2010  consid. 1.2.2 
et les références citées, A­6120/2008 du 18 mai 2010 consid. 1.3.3), car il 
intervient à un stade antérieur.
Appliquées  au  droit  fiscal,  les  règles  sur  la  répartition  du  fardeau  de  la 
preuve susmentionnées supposent que l'administration fiscale supporte la 
charge de  la preuve des  faits qui déterminent  l'imposition ou  le montant 
de  la  créance  fiscale,  à  savoir  les  faits  fondant  ou  augmentant 
l'imposition. En  revanche,  l'assujetti assume  la charge de  la preuve des 
faits qui diminuent ou lèvent l'imposition, à savoir les faits qui l'exonèrent 
ou  réduisent  le  montant  de  l'impôt  (cf. arrêt  du  Tribunal  fédéral  du 
2A.642/2004  14  juillet  2005,  in  :  Archives  de  droit  fiscal  suisse 
[Archives] 75 p. 495 ss consid. 5.4; arrêts du Tribunal administratif fédéral 
A­3603/2009  du  16  mars  2011  consid. 5.2  et  les  références  citées,  A­
8017/2009  du  2  septembre  2010  consid.  2.8,  A­1418/2006  du 
A­7647/2010
Page 9
14 mai 2008 consid. 5.1, A­1373/2006 du 16 novembre 2007 consid. 2.1). 
S'agissant  plus  spécifiquement  de  l'impôt  préalable,  la  preuve  en 
incombe  au  contribuable,  puisqu'il  s'agit  d'un  fait  qui  aboutit  à  une 
diminution  de  l'impôt.  Il  lui  est  possible  d'apporter  cette  preuve  encore 
dans  le  cadre  du  recours  au  Tribunal  de  céans  (cf. arrêts  du  Tribunal 
administratif  fédéral  A­3603/2009  du  16  mars  2011  consid. 5.2,  A­
6555/2007 du 30 mars 2010 consid. 2.4, A­1389/2006 du 21 janvier 2008 
consid. 4.2,  A­1454/2006  du  26  septembre  2007  consid.  2.4.3  et  les 
références citées).
1.3. 
1.3.1.  La  loi  fédérale  du  12  juin  2009  régissant  la  taxe  sur  la  valeur 
ajoutée (LTVA, RS 641.20) est entrée en vigueur le 1er janvier 2010. Les 
dispositions de droit matériel qu'elle contient sont applicables à  tous  les 
faits et rapports juridiques ayant pris naissance à compter de cette date, 
avec  pour  conséquences  que  les  dispositions  de  l'ancien  droit 
s'appliquent à ceux qui sont plus anciens (art. 112 al. 1 LTVA). Dès lors 
que les faits déterminants se sont déroulés entre le 1er janvier 2003 et le 
30 septembre 2008 (périodes fiscales allant du 1er trimestre 2003 au 3ème 
trimestre  2008),  la  présente  procédure  est  régie,  s'agissant  du  droit 
matériel applicable, par  la  loi  fédérale du 2 septembre 1999 régissant  la 
taxe sur  la valeur ajoutée (aLTVA, RO 2000 1300), entrée en vigueur  le 
1er janvier 2001 et de son ordonnance du 22 mars 2000  (aOLTVA ; RO 
2000 1347 ; cf. art. 94 al. 1 aLTVA ; arrêté du Conseil fédéral du 29 mars 
2000,  RO  2000  1346;  cf.  également  arrêt  du  Tribunal  fédéral  A­
6299/2009 du 21 avril 2011 consid. 2.1).
1.3.2. Sur le plan procédural, en revanche, le nouveau droit s'applique à 
toutes  les  procédures  pendantes  à  l'entrée  en  vigueur  de  la  LTVA 
(art. 113 al. 3 LTVA).
1.3.2.1 Le droit de procédure applicable est celui en vigueur au moment 
où  l'acte  de  procédure  concerné  est  accompli.  Lorsque  le  Tribunal 
administratif  fédéral doit vérifier  la mise en œuvre du droit de procédure 
par  l'instance  inférieure,  le  droit  déterminant  est  celui  en  vigueur  au 
moment  où  l'acte  en  question  a  été  accompli  et  qui  a  été  appliqué  par 
l'instance inférieure, peu importe si entre­temps le nouveau droit est entré 
en  vigueur  (cf. arrêt  du  Tribunal  administratif  fédéral  A­6299/2009  du 
21 avril 2011 consid. 2.2.2 et les références citées).
1.3.2.2  L'art.  81  LTVA  fait  partie  des  dispositions  visées  par 
l'art. 113 al. 3 LTVA,  qui  sont  applicables  immédiatement  (cf.  consid. 
A­7647/2010
Page 10
1.3.2  ci­avant),  pour  autant  que  l'acte  de  procédure  en  question  (ou  la 
décision concernée) ait été accompli après l'entrée en vigueur de la LTVA 
(cf. arrêts du Tribunal administratif  fédéral A­6299/2009 du 21 avril 2011 
consid.  2.2.3  et  les  références  citées,  A­4516/2008  du  5  janvier  2011 
consid 1.2 et les références citées).
Les alinéas 1 et 3  (première phrase) de  l'art.  81 LTVA n'ont  toutefois a 
priori pas de portée propre. Ainsi, le principe de la libre appréciation des 
preuves  est  –  était,  même  avant  l'entrée  en  vigueur  de  la  LTVA, – 
applicable  sans  autre  (cf.  arrêts  du  Tribunal  administratif  fédéral  A­
6299/2009 du 21 avril 2011 consid. 2.2.4 et A­4450/2010 du 8 septembre 
2011 consid. 1.2 et les références citées).
1.3.3. Les dispositions en matière d’auto­taxation ne constituent pas des 
règles de procédure au sens  restrictif précité; à cet égard,  l’ancien droit 
reste applicable  (cf. arrêts du Tribunal administratif  fédéral A­4080/2010 
du  9  septembre  2011  consid.  1.4  et  A­4011/2010  du  18  janvier  2011 
consid.  1.1  les  références  citées;  au  sujet  du  principe  d’auto­taxation 
cf. le  consid. 4  ci­après).  Il  en  va  de  même  des  règles  en  matière  de 
taxation  par  estimation  (cf.  arrêts  du  Tribunal  administratif  fédéral  A­
4080/2010 du 9 septembre 2011 consid. 1.5 et A­7712/2009 du 21 février 
2011  consid. 3.2  et  les  références  citées;  au  sujet  de  la  taxation  par 
estimation cf. le consid. 5 ci­après).
S'agissant de l'appréciation des preuves,  l'art. 81 al. 3 LTVA n'entre pas 
en ligne de compte si l'ancien droit matériel demeure applicable (cf. arrêts 
du  Tribunal  administratif  fédéral  A­393/2009  du  14  avril  2011 
consid. 1.2.2, A­3603/2009 du 16 mars 2011 consid. 1.2, A­3190/2008 du 
15 juillet 2010  consid. 1.2.2  et  les  références  citées,  A­4417/2007  du 
10 mars  2010  consid. 1.3.2).  Enfin,  la  possibilité  d'une  appréciation 
anticipée des preuves demeure admissible, même dans le nouveau droit 
et  a  fortiori  pour  les  cas  pendants  (cf.  arrêts  du  Tribunal  administratif 
fédéral  A­393/2009  du  14  avril  2011  consid. 1.2.2,  A­3603/2009  du 
16 mars  2011  consid. 1.2,  A­4785/2007  du  23 février 2010  consid.  5.5; 
Message  du  Conseil  fédéral  sur  la  simplification  de  la  TVA  du 
25 juin 2008  in  :  Feuille  fédérale  [FF]  2008  p.  6394  s.; 
MOLLARD/OBERSON/TISSOT BENEDETTO, op. cit., ch. 157, p. 1126).
2. 
La  recourante  invoque  tout  d'abord  une  violation  de  son  droit  d'être 
entendue.  Notons  à  cet  égard  que,  dans  la  mesure  où  le  droit  d'être 
entendu  garanti  par  l'art.  29  al.  2  de  la  constitution  fédérale  de  la 
A­7647/2010
Page 11
Confédération  suisse  du  18 avril  1999  (Cst.,  RS  101)  est  de  nature 
formelle  –  sa  violation  entraînant  en principe  l'annulation  de  la  décision 
attaquée  indépendamment  de  l'incidence  de  cette  violation  sur  le  fond 
(cf. 127 V 431 consid. 3d/aa; ANDREAS AUER/GIORGIO MALINVERNI/MICHEL 
HOTTELIER, Droit constitutionnel suisse, vol. II : Les droits fondamentaux, 
2ème éd., Berne 2006, ch. 1346) – le motif relatif à ce moyen de droit doit 
être examiné en priorité (cf. arrêt du Tribunal fédéral 5A_179/2010 du 1er 
avril  2011  consid.  2.1,  ATF  124  I  49  consid. 1;  arrêts  du  Tribunal 
administratif  fédéral  A­2014/2011  du  4  août  2011  consid. 5.1  et  les 
références  citées,  A­6933/2010  du  17  mars  2011  consid.  3.1  et  les 
références citées).
2.1. 
2.1.1. Le droit d'être entendu,  tel qu'il est garanti par  l'art. 29 al. 2 Cst., 
comprend entre autres  le droit  pour  l'intéressé de produire des preuves 
pertinentes,  d'obtenir  qu'il  soit  donné  suite  à  celles­ci,  de  participer  à 
l'administration des preuves essentielles ou à tout le moins de s'exprimer 
sur  son  résultat,  lorsque  cela  est  de  nature  à  influer  sur  la  décision  à 
rendre  (cf. ATF  129  II  497  consid.  2.2;  arrêt  du  Tribunal  administratif 
fédéral  A­2014/2011  du  4  août  2011  consid. 5.3.1).  En  particulier,  il 
comprend le droit de s'exprimer sur les éléments pertinents avant qu'une 
décision  ne  soit  prise  touchant  sa  situation  juridique 
(cf. MOSER/BEUSCH/KNEUBÜHLER,  op.  cit.,  ch.  3.84  ss).  En  ce  qui 
concerne  la  partie  elle­même,  en  matière  fiscale,  son  droit  d'être 
entendue est  respecté si elle a pu s'exprimer par écrit sur  les questions 
de  fait  et  de  droit  qui  la  concernent  (cf. arrêts  du  Tribunal  fédéral 
2A.245/2001 du 22 octobre 2001 consid. 2 et 2A.327/1999 du 9 mai 2000 
consid. 4b; arrêts du Tribunal administratif fédéral A­2014/2011 du 4 août 
2011  consid. 5.3.1,  A­1360/2006  du  1er mars  2007  consid.  3.2.2  et  les 
références citées; Archives 66 p. 70 s. consid. 4; MICHELE ALBERTINI, Der 
verfassungsmässige  Anspruch  auf  rechtliches  Gehör  im 
Verwaltungsverfahren des modernen Staates, thèse Berne 2000, p. 373; 
PASCAL  MOLLARD,  TVA  et  taxation  par  estimation,  in : Archives 69, 
ch. 3.2.1, p. 548 s.).
2.1.2.  Le  juge  peut  mettre  un  terme  à  l'instruction  lorsque  les  preuves 
administrées  lui  ont  permis  de  former  sa  conviction  et  que,  procédant 
d'une manière non arbitraire à une appréciation anticipée des preuves qui 
lui sont encore proposées, il a la certitude qu'elles ne pourraient l'amener 
à  modifier  son  opinion  (cf.  ATF  136  I  229  consid.  5.3,  134  I  140 
consid. 5.3 p. 148, 133 II 391 consid. 4.2.3 et les références citées; arrêt 
du Tribunal administratif fédéral A­2014/2011 du 4 août 2011 consid. 3.5 
A­7647/2010
Page 12
et  les références citées; MOSER/BEUSCH/KNEUBÜHLER, op. cit., ch. 3.144; 
concernant  l'interdiction  d'une  appréciation  des  preuves  de  manière 
arbitraire, voir ATF 133 II 384 consid. 4.2.3 et  les références citées). Le 
droit d'être entendu n'empêche pas non plus l'autorité de mettre un terme 
à l'instruction lorsque les moyens de preuve offerts par la partie sont sans 
pertinence ou si l'état de fait se laisse suffisamment appréhender en tant 
que tel (cf. ATF 131 I 153 consid. 3, 130 II 429 consid. 2.1 et 122 II 469 
consid. 4a in fine; arrêts du Tribunal administratif fédéral A­2619/2010 du 
14 juin 2011 consid. 7.2, A­6299/2009 du 21 avril 2009 consid. 3.1).
2.1.3. Rappelons encore qu'un contrôle sur place ne peut pas être exigé 
par le contribuable et que ce dernier n’a aucun droit subjectif à cet égard, 
à  tout  le  moins  selon  l'aLTVA  et  l'aOLTVA  (cf. JAAC  63.27  consid. 4d; 
MOLLARD/OBERSON/TISSOT BENEDETTO, op. cit., ch. 206, p. 857). L'art. 78 
al.  4  LTVA – entré en  vigueur  le  1er  janvier  2012  (cf. RO 2011 4737) – 
prévoit toutefois que l’assujetti peut requérir un contrôle sur présentation 
d’une demande motivée et que ce contrôle est effectué dans les deux ans 
qui suivent le dépôt de sa demande. A supposer que cette disposition soit 
une règle de procédure applicable également aux périodes fiscales régies 
par  l’aLTVA  (cf.  consid.  1.3.2  ci­avant;  ainsi  que 
MOLLARD/OBERSON/TISSOT BENEDETTO, op. cit., ch. 206, p. 857 et ch. 613, 
p. 992­993), elle ne donne toutefois pas le droit au contribuable d’exiger 
un second contrôle  lorsque  le premier examen effectué par  l’AFC ne  le 
satisfait pas.
2.2. En l'occurrence,  la recourante a pris position dans ses réclamations 
des 18 mai  et 22 décembre 2009 sur  les questions de fait et de droit  la 
concernant. Or, comme déjà dit (cf. consid. 2.1.1 ci­avant), il suffit que la 
partie ait eu le droit de s'exprimer par écrit sur les questions de droit et de 
fait qui la concerne, le droit d'être entendu ne s'étendant pas à celui d'être 
entendu oralement (cf. MOLLARD/OBERSON/TISSOT BENEDETTO, op. cit., ch. 
335, p. 910 et  les  références citées).  Il  s'ensuit que, s'agissant  ici d'une 
contestation  relevant  du  domaine  fiscal,  le  droit  d'être  entendue  de  la 
recourante  a  été  respecté.  En  outre,  un  nouveau  contrôle  sur  place  ne 
pouvait  pas  être  exigé  par  la  recourante  (cf. consid. 2.1.3  ci­avant). 
L'autorité  inférieure  n'avait  donc  pas  à  donner  suite  à  une  quelconque 
demande de contrôle sur place, de même qu'elle n'avait pas à attendre 
avant  de  notifier  une  décision  formelle  que  la  recourante  eut  refait  sa 
comptabilité et vérifié si cette opération conduisait à un montant d'impôts 
très  différent  des  chiffres  retenus  lors  du  contrôle  effectué  les  18  et 
19 novembre 2008 ainsi que le 8 janvier 2009. Dans ces conditions, il y a 
lieu  d'admettre  que  l'AFC  pouvait  mettre  un  terme  à  l'instruction.  Les 
A­7647/2010
Page 13
griefs  de  la  recourante  –  qui  se  contente  d'ailleurs  d'invoquer  une 
violation de son droit d'être entendue, sans exposer en quoi consisterait 
celle­ci – sont infondés.
Au surplus, le Tribunal de céans constate que les faits sont suffisamment 
établis  sur  la  base  du  dossier.  La  recourante  a  pu  prendre  position  de 
manière  détaillée  dans  son  recours  ainsi  que  dans  son  acte  du 
21 décembre  2010,  certes  adressé  à  l'AFC,  mais  transmis  au  Tribunal 
administratif  fédéral  comme  objet  de  sa  compétence.  Un  nouveau 
contrôle  par  l'AFC  n'amènerait  pas  d'éléments  déterminants  nouveaux. 
Partant,  la  requête  de  la  recourante  tendant  à  ce  qu'il  soit  ordonné  à 
l'AFC  de  procéder  à  un  nouveau  contrôle  des  pièces  comptables 
s'agissant  des  périodes  fiscales  allant  du  1er  trimestre  2003  au  3ème 
trimestre 2008 est rejetée.
3. 
3.1. L'art. 90 al. 2 let. a aLTVA attribue au Conseil fédéral la compétence 
de  réglementer  le  dégrèvement  de  la  TVA  pour  les  bénéficiaires 
d'exemptions  fiscales visées à  l'art.  2 de  la  loi  fédérale du 22  juin 2007 
sur  les  privilèges,  les  immunités  et  les  facilités,  ainsi  que  sur  les  aides 
financières  accordés  par  la  Suisse  en  tant  qu'Etat  hôte  (Loi  sur  l'Etat 
hôte, LEH, RS 192.12), soit notamment pour les missions diplomatiques, 
les postes consulaires et les organisations internationales, ainsi que pour 
les  représentants  diplomatiques,  les  fonctionnaires  consulaires  et  les 
hauts fonctionnaires des organisations internationales.
Faisant usage de cette compétence, le Conseil fédéral a édicté l'aOLTVA 
qui  règle  à  ses  art.  20  à  27a  le  dégrèvement  de  la  TVA  pour  les 
bénéficiaires d'exemptions fiscales visés à l'art. 2 LEH.
3.2. Aux  termes  de  l'art.  20  al.  3  aOLTVA,  le  dégrèvement  de  la  TVA 
s'opère par voie d'exonération, conformément aux art. 22 et 23 aOLTVA 
(exonération  à  la  source)  et,  exceptionnellement,  par  voie  de 
remboursement, conformément à l'art. 24 aOLTVA.
3.2.1.  Sont  exonérées  au  sens  propre,  en  particulier,  les  livraisons  de 
biens et  les prestations de services faites sur  le territoire suisse par des 
assujettis  à  des  bénéficiaires  institutionnels  ou  à  des  personnes 
bénéficiaires  (cf.  art.  22  al.  1  let.  a  aOLTVA;  cf.  également 
MOLLARD/OBERSON/TISSOT  BENEDETTO,  op.  cit.,  ch.  682,  p. 386).  Un 
bénéficiaire institutionnel qui veut faire valoir l'exonération de l'impôt doit, 
avant chaque acquisition de biens ou de prestations de services, attester 
A­7647/2010
Page 14
sur  la  formule officielle  (formulaire A 1070, AA 1076 ou A/OI 1078) que 
les  prestations  acquises  sont  destinées  à  son  usage  officiel 
(cf. art. 23 al. 1 aOLTVA;  cf. également  Instructions 2001 sur  la TVA  [ci­
après  instructions  2001]  ch. 574,  Instructions  2008  sur  la  TVA  [ci­après 
instructions 2008] ch. 574). Une personne bénéficiaire qui peut faire valoir 
l'exonération  de  l'impôt  doit,  avant  chaque  acquisition  de  biens  ou  de 
prestations  de  services,  faire  attester  par  le  bénéficiaire  institutionnel 
auquel  elle  appartient,  sur  la  formule  officielle  (formulaire  B 1079  ou 
BB 1077),  qu'elle  jouit  du  statut  lui  donnant  droit  à  l'acquisition  en 
franchise  d'impôt,  conformément  à  l'art. 20 al. 1 let. c  à  g  aOLTVA.  Elle 
doit remettre au fournisseur de prestations la formule officielle signée par 
elle et, lors de chaque acquisition de biens ou de prestations de services, 
justifier  de  sa  qualité  au moyen  de  la  carte  de  légitimation  délivrée  par 
l'autorité  fédérale  compétente  (cf.  art. 23  al.  2  aOLTVA;  cf. également 
ch. 574 des  instructions 2001, ch. 574 des  instructions 2008). L'assujetti 
doit conserver tous les originaux des formules officielles utilisées avec les 
autres  pièces  justificatives,  en  vertu  de  l'art. 58 al. 2 aLTVA 
(cf. art. 25 aOLTVA).
Selon  la pratique administrative,  les  informations  importantes, destinées 
aux fournisseurs de prestations à des bénéficiaires d'exemptions fiscales 
visés à l'art. 2 LEH, figurent au verso des formulaires officiels mentionnés 
ci­avant. Le non­respect de ces instructions peut avoir pour conséquence 
que  la  prestation  fournie  ne  pourra  pas  être  considérée  comme  étant 
exonérée de la TVA. Il s'agit notamment de veiller à ce que la TVA ne soit 
pas indiquée dans les factures et que les formulaires soient conservés en 
bon ordre à des  fins de contrôle (cf. ch. 576 en  lien avec  le ch. 943 des 
instructions 2001, ch. 576 en lien avec le ch. 943 des instructions 2008).
3.2.2. Conformément à l'art. 24 al. 1 aOLTVA, l'AFC peut – sur demande 
et  dans  des  cas  fondés  –  exceptionnellement  rembourser  les montants 
de l'impôt déjà payé pour lequel il existe un droit à l'exonération.
3.2.3. 
3.2.3.1  Une  des  conditions  négatives  de  l’exonération  des  prestations 
fournies  à  des  bénéficiaires  institutionnels  ou  à  des  personnes 
bénéficiaires  est  que  la  TVA  ne  soit  pas mentionnée  sur  la  facture  (cf. 
consid. 3.2.1 in fine). Cette pratique découle notamment du principe selon 
lequel  la  TVA  facturée,  même  à  tort,  est  due  (principe  également  dit 
« TVA  facturée,  TVA  due »).  Un  assujetti  qui  établit  une  facture 
mentionnant la TVA doit acquitter celle­ci. En outre, l'assujetti qui facture 
sa prestation à un taux trop élevé est tenu de la comptabiliser dans son 
A­7647/2010
Page 15
décompte  à  ce  taux  (cf.  ATF  131  II  185  consid.  5;  arrêt  du  Tribunal 
fédéral  2C_285/2008  du  29  août  2008  consid.  3.3;  arrêt  du  Tribunal 
administratif fédéral A­2512/2008 du 8 septembre 2010 consid. 2.1 et les 
références  citées).  La  pratique  administrative  permet  cependant,  à 
certaines  conditions,  la  correction  d’une  facture  erronée  (cf.  à  ce  sujet 
l’arrêt du Tribunal administratif fédéral A­2512/2008 du 8 septembre 2010 
consid. 2.2).  Toutefois,  lorsque  la  contribuable  est  consciente  de  la 
différence  entre  la  taxation  ordinaire  et  l’exonération  (à  la  source,  cf. 
consid.  3.2.1  ci­avant)  et  que  les  exigences,  notamment  en matière  de 
facturation, des deux procédures sont différentes, la facture ne saurait en 
principe être corrigée (arrêt du Tribunal fédéral du 31 mai 2002 publié in : 
Archives  72  p.  734  consid.  6c).  Une  telle  possibilité  de  modifier 
ultérieurement  le  type  respectivement  la  procédure  de  taxation  choisie 
n’est  pas  prévue  par  la  loi.  En  effet,  conformément  au  principe  d’auto­
taxation  régissant  la  TVA,  l’assujetti  décide  s'il  choisit  l’exemption  (à  la 
source) ou la procédure de taxation ordinaire. Les raisons de ce choix ne 
sont  pas  déterminantes.  En  mentionnant  l’impôt  sur  les  factures,  le 
contribuable  manifeste  sa  volonté  de  choisir  la  procédure  de  taxation 
ordinaire,  une modification  rétroactive  du  type  de  taxation  étant  exclue 
(arrêt  du  Tribunal  administratif  fédéral  A­1438/2006  du  11  juin  2007 
consid. 4.3 et les références citées).
3.2.3.2 L’entrée en vigueur de l’art. 45a aOLTVA ne modifie en rien ce qui 
précède  dès  lors  que  les  conditions  de  l’exonération  (au  sens  propre) 
précitées sont des conditions matérielles et qu’il ne s’agit pas de corriger 
un  vice  de  forme  (cf.  au  sujet  de  l’art.  45a  aOLTVA  l’arrêt  du  Tribunal 
administratif  fédéral  A­2512/2008  du  8  septembre  2010  consid. 3  et  les 
références citées).
4. 
4.1. En matière de TVA,  la déclaration et  le paiement de  l'impôt ont  lieu 
selon  le principe de  l'auto­taxation  (art. 46 aLTVA; cf. arrêts du Tribunal 
administratif  fédéral  A­4440/2010  du  8  septembre  2011  consid.  3.1,  A­
2998/2009 du 11 novembre 2010 consid. 2.4; ERNST BLUMENSTEIN/PETER 
LOCHER, System des schweizerischen Steuerrechts, 6e éd., Zurich 2002, 
p.  421ss).  Cela  signifie  que  l'assujetti  lui­même  est  tenu  de  déclarer 
spontanément  l'impôt  et  l'impôt  préalable  à  l'AFC  et  qu'il  doit  verser  à 
celle­ci  l'impôt  dû  (impôt  sur  le  chiffre  d'affaires moins  impôt  préalable) 
dans les soixante jours qui suivent l'expiration de la période de décompte 
(cf. arrêts  du  Tribunal  fédéral  2C_246/2010  du  28  septembre  2010 
consid. 7, 2A.109/2005 du 10 mars 2006 consid. 2.1; arrêts du Tribunal 
administratif  fédéral  A­2998/2009  du  11  novembre  2010  consid.  2.4,  A­
A­7647/2010
Page 16
5460/2008  du  12  mai  2010  consid.  2.5.1).  En  d'autres  termes, 
l'administration n'a pas à intervenir à cet effet. L'AFC n'établit le montant 
de  l'impôt  à  la  place  de  l'assujetti  que  si  celui­ci  ne  remplit  pas  ses 
obligations.  L'assujetti  doit  ainsi  établir  lui­même  la  créance  fiscale  le 
concernant; il est seul responsable de l'imposition complète et exacte de 
ses  opérations  imposables  et  du  calcul  correct  de  l'impôt  préalable 
(cf. arrêts  du  Tribunal  fédéral  2C_246/2010  du  28  septembre  2010 
consid. 7, 2C_614/2007 du 17 mars 2008 consid. 4.2; arrêts du Tribunal 
administratif  fédéral  A­7675/2009  du  6  octobre  2011  consid. 4.1  et  les 
références  citées, A­549/2010  du  12  septembre  2011  consid. 2.5  et  les 
références citées).
4.2. Selon l'art. 58 al. 1 aLTVA, l'assujetti doit tenir ses livres comptables 
de  telle  manière  que  les  faits  importants  pour  la  détermination  de 
l'assujettissement  ainsi  que  pour  le  calcul  de  l'impôt  et  celui  de  l'impôt 
préalable puissent y être constatés aisément et de manière sûre.
L’AFC peut rédiger des prescriptions spéciales à ce sujet, ce qu’elle a fait 
avec  l’édition  des  instructions  2001,  rédigées  suite  à  l'adoption  de 
l'aLTVA  (cf. ch. 881 ss;  cf. également  instruction 2008,  ch. 881 ss; arrêt 
du Tribunal fédéral 2C_426/2007 du 22 novembre 2007, publié in : Revue 
de droit administratif et de droit fiscal [RDAF] 2008 II, p. 20 ss consid. 3.1; 
arrêts  du  Tribunal  administratif  fédéral  A­6299/2009  du  21  avril  2011 
consid.  5.2,  A­2998/2009  du  11  novembre  2010  consid. 2.5.3,  A­
5875/2009 du 16 juin 2010 consid. 3.2.2, A­1634/2006 du 31 mars 2009 
consid. 3.5). En substance, l'AFC attire l'attention de l'intéressé sur le fait 
que toutes les recettes et toutes les dépenses doivent être enregistrées, 
dans l'ordre chronologique et accompagnées d'un libellé approprié, dans 
les  livres de caisse, de comptes de chèques postaux et de banque  (ou 
dans  les  comptes  correspondants).  Ces  enregistrements  doivent  être 
additionnés de façon suivie et les soldes des comptes doivent être établis 
périodiquement. Les soldes doivent être comparés avec  les espèces en 
caisse  relevées  régulièrement,  les  avis  de  situation  de  l'office  des 
chèques  postaux  et  les  extraits  des  comptes  bancaires.  Des  livres 
régulièrement  tenus,  accompagnés  d'un  compte  d'exploitation  et  d'un 
bilan,  sont  plus  crédibles et  constituent  de meilleurs moyens de preuve 
que de simples relevés épars sans bilan de clôture (cf. instructions 2001, 
ch. 881 ss,  instructions  2008  ch.  881  ss).  Ainsi,  chaque  opération 
commerciale doit pouvoir être suivie aisément et de manière fiable, sur la 
base  de  pièces  justificatives,  depuis  son  inscription  dans  les  livres 
auxiliaires et dans les livres de base, jusqu'au décompte TVA et au bilan 
de l'exercice, et vice versa (cf. ch. 890 des instructions 2001, ch. 890 des 
A­7647/2010
Page 17
instructions 2008; cf. également arrêts du Tribunal administratif fédéral A­
7675/2009  du  6  octobre  2011  consid. 4.2,  A­549/2010  du 
12 septembre 2011  consid. 2.5.2  et  A­4450/2010  du  8 septembre 2011 
consid. 3.3).
De plus, une comptabilité qui n’est pas tenue correctement, de même que 
l’absence  de  bouclements,  de  documents  et  de  pièces  justificatives 
peuvent,  notamment  en  cas  de  contrôle  fiscal,  avoir  des  répercussions 
préjudiciables  et  entraîner  un  calcul  de  la  TVA  par  approximation 
(cf. ch. 892  des  instructions  2001,  ch. 892  des  instructions  2008).  Au 
demeurant,  l’assujetti doit être attentif au fait que le suivi des opérations 
commerciales, à partir de la pièce justificative jusqu’au décompte TVA en 
passant par  la comptabilité  (et vice­versa) doit pouvoir être garanti sans 
perte de temps importante (cf. ch. 893 des instructions 2001, ch. 894 des 
instructions 2008; cf. arrêts du Tribunal administratif fédéral A­7675/2009 
du  6  octobre  2011  consid. 4.2  et  A­4450/2010  du  8 septembre  2011 
consid. 3.3).
5. 
5.1. Aux  termes  de  l'art.  60  aLTVA,  si  les  documents  comptables  font 
défaut ou sont  incomplets ou si  les  résultats présentés par  l'assujetti ne 
correspondent  manifestement  pas  à  la  réalité,  l'AFC  procède  à  une 
estimation  dans  les  limites  de  son  pouvoir  d'appréciation  (cf. arrêts  du 
Tribunal  fédéral 2C_59/2011 du 1er  juin 2011 consid. 3.2, 2C_170/2008 
du  30  juillet  2008  consid.  4 ;  arrêts  du  Tribunal  administratif  fédéral  A­
7675/2009  du  6  octobre  2011  consid. 5.1,  A­549/2010  du 
12 septembre 2011  consid. 2.6,  A­4450/2010  du  8 septembre  2011 
consid. 4.1 et les références citées). En particulier, une telle estimation a 
lieu  lorsque des violations de règles formelles concernant  la  tenue de  la 
comptabilité  sont  d'une  gravité  telle  que  la  véracité  matérielle  des 
résultats  comptables  est  remise  en  cause  (cf. arrêt  du  Tribunal  fédéral 
2A.437/2005  du  3 mai  2006  consid.  3.1;  arrêt  du  Tribunal  administratif 
fédéral A­4450/2010 du 8 septembre 2011 consid. 4.1 et  les  références 
citées). Ainsi, la taxation par estimation est une sorte de taxation d'office 
que  l'autorité  se  voit  dans  l'obligation  de  mettre  en  œuvre  en  cas  de 
lacunes de  la comptabilité. Enfin, une taxation externe  intervient  lorsque 
les résultats présentés ne correspondent manifestement pas à la réalité, 
soit  que  des  indices  peuvent  laisser  apparaître  que  les  documents 
comptables ne cernent pas avec exactitude  la situation économique  (ou 
réelle)  de  l'entreprise,  soit  que  les  résultats  comptables  présentés 
s'écartent sensiblement des résultats obtenus au moyen des coefficients 
expérimentaux, le contribuable n'étant pas en mesure de rendre au moins 
A­7647/2010
Page 18
vraisemblable  les  circonstances  particulières  à  l'origine  de  cette 
différence  (cf. arrêts  du  Tribunal  administratif  fédéral  A­7675/2009  du 
6 octobre  2011  consid. 5.1  et  les  références  citées,  A­549/2010  du 
12 septembre 2011  consid. 2.6,  A­4450/2010  du  8  septembre  2011 
consid. 4.1; JAAC 68.73 consid. 2b; MOLLARD, op.cit., p. 542 ss).
5.2. Lorsqu'elle  procède  par  voie  d'évaluation,  l'autorité  de  taxation  doit 
choisir  la  méthode  d'estimation  qui  lui  permet  le  plus  possible  de  tenir 
compte des conditions particulières prévalant dans  l'entreprise en cause 
(cf. arrêts du Tribunal  fédéral  2C_59/2011 du 1er  juin 2011 consid.  3.2, 
2C_426/2007  du  22  novembre  2007  consid.  3.2;  arrêts  du  Tribunal 
administratif  fédéral  A­7675/2009  du  6  octobre  2011  consid. 5.2  et  les 
références  citées,  A­549/2010  du  12  septembre  2011  consid. 2.7.1,  A­
4450/2010  du  8  septembre  2011  consid.  4.2,  A­7809/2010  du 
5 septembre  2011  consid.  2.6.2;  cf. également  JAAC  67.23  consid.  4a, 
64.83  consid.  3a,  63.27  consid.  4a  et  b;  MOLLARD,  op.  cit.,  p.  550  ss). 
Entrent  en  ligne  de  compte,  d'une  part,  les  méthodes  qui  tendent  à 
compléter  ou  reconstruire  une  comptabilité  déficiente  et,  d'autre  part, 
celles  qui  s'appuient  sur  des  chiffres  d'expérience  en  relation  avec  des 
résultats  partiels  incontestés  ressortant  de  la  comptabilité  (cf. arrêt  du 
Tribunal  fédéral  2A.253/2005  du  3  février  2006  consid.  4.2;  arrêts  du 
Tribunal administratif  fédéral A­7675/2009 du 6 octobre 2011 consid. 5.2 
et les références citées, A­549/2010 du 12 septembre 2011 consid. 2.7.1, 
A­4450/2010  du  8 septembre  2011  consid.  4.2,  A­7809/2010  du 
5 septembre 2011  consid.  2.6.2; NICOLAS SCHALLER/YVES SUDAN/PIERRE 
SCHEUNER/PASCAL HUGUENOT,  TVA  annotée, Genève Zurich Bâle  2005, 
ad  art.  60  aLTVA  ch. 2.3  p.  270  et  les  références  citées).  Les  parties 
utiles et  fiables de  la comptabilité et  les pièces  justificatives disponibles 
doivent, dans la mesure du possible, être prises en compte dans le cadre 
de  l’estimation. Elles peuvent même servir de base pour  la  taxation par 
estimation  (cf. arrêts  du  Tribunal  administratif  fédéral  A­7675/2009  du 
6 octobre  2011  consid. 5.2  et  les  références  citées,  A­549/2010  du 
12 septembre  2011  consid. 2.7.1,  A­7809/2010  du  5  septembre  2011 
consid. 2.6.2).
5.2.1. Lorsqu'elle  procède  à  une  estimation  à  l'aide  de  la méthode  des 
chiffres  expérimentaux,  l'AFC  se  base  sur  les  résultats  partiels 
incontestés  ressortant  de  la  comptabilité  du  contribuable,  auxquels  elle 
ajoute des suppléments en pour cent, dictés par les chiffres d'expérience, 
afin  de  se  rapprocher  le  plus  possible  de  la  réalité  de  la  branche 
concernée  (cf. MOLLARD/OBERSON/TISSOT  BENEDETTO,  op.  cit.,  ch. 270, 
p. 879; sur la notion de ces chiffres d'expérience, cf. les arrêts du Tribunal 
A­7647/2010
Page 19
administratif  fédéral A­2998/2009 du 11 novembre 2010 consid. 2.8.1 et 
2.8.2,  A­3123/2008  du  27  avril  2010  consid.  2.8.1  et  ATAF  2009/60 
consid. 2.8). Le fait que l'AFC se fonde sur les moyennes en vigueur dans 
la branche ne signifie toutefois pas que tous les entrepreneurs concernés 
sont obligés de moduler leurs prix de manière à obtenir une marge brute 
conforme à  la moyenne.  Il  est  néanmoins  nécessaire  que  l'assujetti  qui 
présente  une  structure  de  coûts  inhabituelle  par  rapport  à  la  moyenne 
puisse  l'expliquer  par  des  pièces  justificatives.  Comme  vu  ci­dessus 
(cf. consid. 5.1 ci­avant),  la jurisprudence et  la doctrine ont même admis 
que  des  résultats  comptables  formellement  corrects  pouvaient  justifier 
une  taxation par estimation en cas de disproportion manifeste entre  les 
résultats  comptabilisés  et  le  chiffre  d'affaires  qui  aurait  pu  être  obtenu 
selon  l'expérience,  si  cette  divergence  ne  peut  pas  être  expliquée  de 
manière plausible (cf. arrêt du Tribunal fédéral 2C_171/2008 du 30 juillet 
2008  consid.  4.3  in  fine;  arrêts  du  Tribunal  administratif  fédéral  A­
7675/2009  du  6  octobre  2011  consid. 5.2.1  et  les  références  citées,  A­
4450/2010 du 8 septembre 2011 consid. 5.3.1; MOLLARD/OBERSON/TISSOT 
BENEDETTO, op. cit., p. 873, ch. 257).
5.2.2.  L'estimation  des  chiffres  d'affaires  peut  également  intervenir  à 
l'aide de la méthode par extrapolation. Cette méthode – reconstructive – 
vise à compléter ou  reconstituer une comptabilité déficiente et peut  très 
bien être appliquée en parallèle d'une autre méthode, telle que celle des 
chiffres  d'expérience  (cf. consid. 5.2.1  ci­avant).  La  méthode  par 
extrapolation (« Umlage ») consiste ainsi à établir le chiffre d'affaires pour 
un  court  laps  de  temps  par  une  autre  voie  de  reconstruction  (voire  par 
une  application  des  chiffres  d'expérience)  et  à  en  appliquer  le  résultat 
obtenu  à  une  période  plus  longue,  voire  à  toute  la  période  contrôlée. 
Cette méthode  est  admissible  pour  autant  que  les  défauts  constatés  et 
les  circonstances  déterminantes  prévalant  pour  la  courte  période 
contrôlée  se  retrouvent  également  au  cours  des  périodes  sujettes  à 
extrapolation,  de  sorte  que  le  résultat  obtenu  apparaît  vraiment 
représentatif  (cf. arrêts  du  Tribunal  fédéral  2A.437/2005  du  3 mai  2006 
consid. 4.3.2 et 2A.148/2000 du 1er novembre 2000 consid. 5b; arrêts du 
Tribunal  administratif  fédéral  A­549/2010  du  12  septembre  2011 
consid. 2.7.2, A­4309/2008 et A­4313/2008 du 30 avril 2010 consid. 7.2.4 
et  les  références  citées;  Archives  68  p.  652  consid.  6b  et  6c  et 
Archives 56  p. 195  consid.  5b;  MOLLARD/OBERSON/TISSOT  BENEDETTO, 
op. cit., ch. 269, p. 878). Cela étant, un faisceau d'indices, selon lesquels 
les  circonstances  déterminantes  étaient  les mêmes  durant  les  périodes 
sujettes  à  extrapolation  et  durant  la  période  contrôlée,  peut  suffire 
(cf. arrêts  du  Tribunal  administratif  fédéral  A­4309/2008  et  A­4313/2008 
A­7647/2010
Page 20
du 30 avril 2010 consid. 7.2.4, A­1379/2007 du 18 mars 2010 consid. 4.2, 
A­140/2008  du  30  octobre  2009  consid. 5.2.3  et  A­1475/2006  du  20 
novembre 2008 consid. 2.4 et 5.3).
5.3. Dans  la procédure de  recours,  l'assujetti  peut  contester et  remettre 
en  cause,  d'une  part,  la  réalisation  des  conditions  de  l'estimation  et, 
d'autre part,  l'estimation du chiffre d'affaires aval en tant que telle. Si  les 
conditions  de  la  taxation  par  voie  d'estimation  sont  remplies,  c'est  à  lui 
qu'il  revient de  fournir  les moyens de preuve nécessaires, afin d'attester 
du  caractère  manifestement  inexact  de  l'estimation  effectuée  par 
l'administration  (cf. arrêts  du  Tribunal  fédéral  2C_429/2009  du 
9 novembre 2009 consid. 3, 2C_430/2008 du 18 février 2009 consid. 5.2; 
arrêts  du  Tribunal  administratif  fédéral  A­7675/2009  du  6  octobre  2011 
consid. 5.3  et  les  références  citées,  A­549/2010  du  12 septembre 2011 
consid. 2.8.2,  A­4450/2010  du  8  septembre  2011  consid.  4.3,  A­
7809/2010 du 5 septembre 2011 consid. 2.8.3). Dans la mesure où l'AFC 
a  le  droit  et  le  devoir  de  rectifier  le montant  dû  par  voie  d'estimation,  il 
appartient  au  contribuable,  qui  a  présenté  une  comptabilité  inexacte  et 
qui est dans l'incapacité d'établir que l'estimation faite par l'administration 
ne  correspond  manifestement  pas  à  la  réalité,  de  supporter  les 
désavantages d'une situation illégale qu'il a lui­même créée (cf. ATF 105 
Ib 181 consid. 4c; arrêts du Tribunal fédéral 2C_429/2009 du 9 novembre 
2009 consid. 3, 2A.569/2006 du 28 février 2007 consid. 3.3 in fine, arrêts 
du  Tribunal  administratif  fédéral  A­7675/2009  du  6  octobre  2011 
consid. 5.3  et  les  références  citées,  A­549/2010  du  12 septembre 2011 
consid. 2.8.2, A­4450/2010 du 8 septembre 2011 consid. 4.3; JAAC 67.82 
consid. 4a/cc).  L'assujetti  doit  ainsi  supporter  l'incertitude  qui  résulte 
nécessairement  d'une  estimation  en  raison  de  sa  violation  du  devoir 
d'auto­taxation  (cf. arrêt  du  Tribunal  fédéral  2C_309/2009  et 
2C_310/2009 du 1er février 2010 consid. 2.2). Ce n'est qu'au moment où 
l'assujetti  apporte  la  preuve du  fait  que  l'instance précédente  a  commis 
de  très  importantes  erreurs  d'appréciation  lors  de  l'estimation  que  le 
Tribunal de céans remplace par sa propre appréciation celle de l'instance 
précédente  (cf. entre  autres,  arrêts  du  Tribunal  administratif  fédéral  A­
7675/2009  du  6  octobre  2011  consid. 5.3  et  les  références  citées,  A­
4450/2010  du  8  septembre  2011  consid.  4.3,  A­7809/2010  du 
5 septembre  2011  consid.  2.8.3,  A­5949/2008  du  18  octobre  2010 
consid. 6.5, A­281/2009 du 14 octobre 2010 consid. 5.2 et les références 
citées).
6. 
Aux termes de l'art. 38 al. 1 aLTVA, si l'assujetti utilise des biens ou des 
A­7647/2010
Page 21
prestations  de  services  pour  l'une  des  affectations  justifiées  par  l'usage 
commercial indiquées à l'al. 2 (parmi lesquels figurent les livraisons et les 
prestations de services  imposables),  il peut déduire dans son décompte 
les montants d'impôt préalable qu'en particulier d'autres assujettis lui ont 
facturés,  conformément  à  l'art. 37 aLTVA,  pour  des  livraisons  et  des 
prestations de services (art. 38 al. 1 let. a aLTVA).
6.1. 
6.1.1.  La  déduction  de  l'impôt  préalable  représente  en  particulier  une 
technique au service du principe de la neutralité, selon lequel la TVA doit 
être  la  même  pour  tous  les  consommateurs,  quel  que  soit  le  circuit 
emprunté par le bien (cf. PASCAL MOLLARD, La TVA : vers une théorie du 
chaos ?  in Mélanges CRC, Lausanne 2004, ch. 3.1.1). Elle a pour effet 
que  l'entrepreneur  ne doit  imposer  que  son  chiffre  d'affaires  net, même 
s'il  doit  soumettre  à  la  TVA  l'intégralité  de  son  chiffre  d'affaires,  sans 
l'impôt lui­même (cf. arrêt du Tribunal fédéral 2C_653/2008 du 24 février 
2009 consid. 6.3; arrêts du Tribunal administratif fédéral A­3603/2009 du 
16 mars 2011 consid. 2.2 et A­6198/2009 du 22  juillet 2010 consid. 2.2; 
ALOIS CAMENZIND/NIKLAUS HONAUER/KLAUS A. VALLENDER, Handbuch zum 
Mehrwertsteuergesetz  [MWSTG], Berne 2003, 2e éd., ch. 1360). Du  fait 
de  la  distinction  entre  l'impôt  grevant  les  prestations  en  aval  et  celui 
frappant  les  prestations  en  amont,  les  deux  domaines  doivent  être 
soigneusement  distingués  par  l'assujetti  et  communiqués  séparément 
(cf. arrêts du Tribunal administratif fédéral A­3603/2009 du 16 mars 2011 
consid. 2.2, A­6198/2009 du 22 juillet 2010 consid. 2.2, A­5620/2008 du 
11 novembre 2009 consid. 2.2; CAMENZIND/HONAUER/VALLENDER, op. cit., 
ch. 1362).
6.1.2. A titre de conditions matérielles et formelles, il appert que : (i) seul 
un assujetti peut prétendre déduire l'impôt préalable (art. 38 al. 1 aLTVA); 
(ii)  cette  déduction  est  possible  uniquement  pour  les  livraisons  et 
prestations de services grevées de TVA qui  lui ont été  facturées par un 
autre assujetti (art. 38 al. 1 let. a aLTVA); (iii) les prestations doivent être 
affectées à un des buts  limitativement énumérés à  l'art. 38 al. 2 aLTVA, 
étant encore précisé que l'assujetti peut également déduire les montants 
d'impôt préalable mentionnés à l'alinéa 1 lorsqu'il utilise des biens ou des 
services pour des activités mentionnées à  l'art. 19 al. 2 aLTVA ou pour 
des  activités  qui  seraient  imposables  s'il  les  effectuait  sur  le  territoire 
suisse  (art.  38  al.  3  aLTVA;  cf. également  arrêts  du  Tribunal  fédéral 
2C_632/2007 du 7 avril 2008 consid. 2 et 2A.55/1999 du 23 janvier 2001, 
in : Archives  vol.  71  p.  564  consid.  4a;  arrêt  du  Tribunal  administratif 
fédéral A­2387/2007 du 29 juillet 2010 consid. 3.1.3); (iv) la déduction de 
A­7647/2010
Page 22
l'impôt préalable est uniquement possible sur la base d'un justificatif, soit 
une  facture  remplissant  certaines  exigences  formelles 
(art. 38 al. 1 let. a aLTVA en lien avec l'art. 37 aLTVA); (v) elle ne doit pas 
avoir été expressément proscrite  (art. 39 aLTVA; cf. également arrêt du 
Tribunal  administratif  fédéral  A­2387/2007  du  29  juillet  2010 
consid. 3.1.3).
6.1.3.  Seule  l'affectation,  même  médiate,  à  des  livraisons  ou  des 
prestations de services imposables, ou pour  lesquelles l'assujetti a opté, 
permet de déduire l'impôt préalable. Il s'ensuit que l'« intrant » ne doit pas 
être affecté à des opérations hors du champ de l'impôt, des activités qui 
ne sont pas considérées comme des opérations, des activités privées ou 
des  opérations  exercées  dans  le  cadre  de  la  puissance  publique 
(art. 38 al. 4 aLTVA; cf. également ATF 132  II 353 consid. 8.3, 8.4 et 10 
et  les  références  citées;  arrêts  du  Tribunal  fédéral  2A.650/2005  du 
15 août 2006  consid.  3.2  et  2A.348/2004  du  1er  décembre  2004 
consid. 3.2;  arrêt  du  Tribunal  administratif  fédéral  A­2387/2007  du 
29 juillet 2010 consid. 3.1.4). Il n'y a pas de droit à la déduction de l'impôt 
préalable pour les affectations à un but qui n'est pas commercial au sens 
de  l'art.  38  al.  2  aLTVA  (cf.  arrêt  du  Tribunal  fédéral  2C_463/2008  du 
27 janvier  2009  consid.2.1 ;  arrêts  du  Tribunal  administratif  fédéral  A­
2387/2007  du  29  juillet  2010  consid. 3.1.4  et  les  références  citées,  A­
212/2008 du 15 juin 2010 consid. 2.2.1).
6.2. 
6.2.1.  S'il  revient  à  l'AFC  de  corriger  l'impôt  préalable  déductible,  en 
raison  du  fait  que  le  contribuable  l'a  omis  ou  l'a  entrepris  selon  une 
méthode qui n'était pas autorisée, elle dispose alors d'une grande liberté 
d'appréciation  dans  le  choix  de  la  méthode  applicable.  Il  appartient  au 
Tribunal  d'examiner  uniquement  si  la  méthode  choisie  par  l'AFC  est 
pertinente et  si  elle a opéré  la  réduction de  l'impôt  préalable déductible 
sans  excéder  sa  liberté  d'appréciation.  Si  l'assujetti  propose  une  autre 
méthode,  il  doit  être  examiné  si  celle­ci  serait  plus  adaptée  aux 
circonstances  concrètes.  L'assujetti  doit  prouver  lui­même  que  le  calcul 
de  la  déduction  de  l'impôt  préalable  par  l'AFC  ne  correspond  pas  aux 
circonstances  concrètes  du  cas  d'espèce  (cf.  arrêts  du  Tribunal 
administratif  fédéral  A­2387/2007  du  29 juillet  2010  consid. 3.2.1,  A­
212/2008 du 15 juin 2010 consid. 2.3.2, A­1575/2006 du 5 octobre 2009 
consid. 2.3.4, A­1394/2006 du 3 juin 2008 consid. 4.4.1).
6.2.2.  Lorsque  l'assujetti  ne  respecte  pas  le  principe  de  l'auto­taxation, 
l'AFC peut effectuer une correction de l'impôt préalable, en réduisant par 
A­7647/2010
Page 23
estimation la déduction de l'impôt préalable déclarée par le contribuable, 
respectivement  en déterminant  par estimation  l'impôt  préalable déduit  à 
tort.  Une  extrapolation  (« Umlage »)  des  montants  de  l'impôt  préalable 
insuffisamment prouvés, s'agissant d'une partie de la période contrôlée, à 
l'ensemble de la période contrôlée est admissible (« Fehlumlage »), pour 
autant  que  les  défauts  constatés  et  les  circonstances  déterminantes 
prévalant  pour  la  courte  période  contrôlée  se  retrouvent  également  au 
cours  des  périodes  sujettes  à  extrapolation  (cf. arrêt  du  Tribunal 
administratif fédéral A­549/2010 du 12 septembre 2011 consid. 2.9 et les 
références citées; cf. également consid. 5.2.2 ci­avant).
L'AFC n'est pas obligée de rechercher les justificatifs de l'impôt préalable. 
Il  appartient  à  l'assujetti,  dans  le  cadre  de  son  devoir  de  collaborer,  de 
fournir les documents à sa disposition (cf. arrêts du Tribunal administratif 
fédéral A­549/2010 du 12 septembre 2011 consid. 2.9, A­1637/2006 et A­
1636/2006 du 2 juillet 2008 consid 2.4.2, A­3069/2007 du 29 janvier 2008 
consid. 3.1;  cf. également  la  décision  de  la  CRC  du  12  mai  2005 
consid. 4b.bb.bbb,  4b.bb.ccc  et  5b.aa).  Le  contribuable  est  libre,  y 
compris dans le cadre de la procédure de recours, de fournir les moyens 
de  preuve  relatifs  à  l'impôt  préalable  débité  (cf. arrêts  du  Tribunal 
administratif  fédéral  A­549/2010  du  12  septembre  2011  consid. 2.9,  A­
1636/2006  et  A­1637/2006  du  2  juillet  2008  consid. 2.4.2,  A­3069/2007 
du  29  janvier  2008  consid. 3.1  et  A­1535/2006  du  14  mars  2007 
consid. 2.5.4).
Rappelons  encore  que  la  détermination  par  estimation  de  l'impôt 
préalable  déduit  à  tort,  en  raison  de  preuves  insuffisantes,  doit  être 
distinguée des situations dans lesquelles l'autorité inférieure a établi que 
le  chiffre  d'affaires  aval  n'avait  –  en  violation  des  obligations  du 
contribuable  –  pas  été  déclaré  ou  de  manière  erronée  (cf.  arrêt  du 
Tribunal  administratif  fédéral  A­549/2010  du  12  septembre  2011 
consid. 2.9). Dans ces cas, l'assujetti a un droit à faire valoir un éventuel 
impôt préalable et l'administration ne peut pas procéder à une estimation 
de  celui­ci  (cf. arrêt  du  Tribunal  fédéral  2C_356/2008  du  21 novembre 
2008  consid.  4.3;  arrêt  du  Tribunal  administratif  fédéral  A­549/2010  du 
12 septembre  2011  consid. 2.9,  cf. également  arrêts  du  Tribunal 
administratif  fédéral  A­1636/2006  et  A­637/2006  du  2 juillet 2008 
consid. 2.4.2).
7. 
En  l'espèce,  il  convient  d'examiner  les  contestations  portant, 
respectivement,  sur  la  reprise  relative  à  des  chiffres  d'affaires  dont 
A­7647/2010
Page 24
l'exonération  n'aurait  pas  été  prouvée  (consid. 7.1  ci­après),  sur  la 
pertinence de l'estimation du chiffre d'affaires (consid. 7.2 ci­après), ainsi 
que sur  la  reprise opérée par extrapolation quant à  l'impôt préalable qui 
aurait été déduit à tort (consid. 7.3 ci­après).
7.1.  Il convient en premier  lieu de trancher au sujet de la reprise portant 
sur le chiffre d'affaires dont l'exonération n'aurait pas été prouvée.
7.1.1. Selon  le  rapport de  révision daté du 8  janvier 2009,  la TVA a été 
indiquée dans les factures et donc transférée aux personnes bénéficiaires 
et aux bénéficiaires  institutionnels. En outre, dans ses  réclamations des 
18 mai et 22 décembre 2009, la recourante a – selon ses termes – admis 
« avoir  commis  une  irrégularité  formelle  en  omettant  de  disposer  des 
formules adéquates signées par ses clients fonctionnaires internationaux, 
afin de pouvoir vendre ses services en franchise d'impôt ». Autrement dit, 
les  formulaires  officiels  d'exonération  n'ont  pas  été  conservés  en  bon 
ordre  à  des  fins  de  contrôle  par  la  recourante.  En  outre,  au  vu  des 
factures  déposées  par  la  recourante  devant  le  Tribunal  administratif 
fédéral, il y a lieu de constater que les factures ne portaient et ne portent 
pas  la  mention  « exonéré »  ou  « exonéré  selon  l'art. 90  al.  2  let.  a 
aLTVA »,  mais  qu'au  contraire,  elles  mentionnent  la  TVA.  Or,  comme 
exposé ci­avant (cf. consid. 3.2.3), selon le principe « TVA facturée, TVA 
due »,  dès  lors  que  la  recourante  a  établi  des  factures  mentionnant  la 
TVA, elle doit décompter et acquitter celle­ci. La TVA est ainsi due, même 
si ultérieurement les formules adéquates de dégrèvement à la source ont 
été dûment complétées.
Par  ailleurs,  en  mentionnant  l’impôt  sur  les  factures,  la  recourante  a 
manifesté sa volonté de choisir la procédure de taxation ordinaire et non 
pas la procédure d’exonération à la source. Ce choix, une fois arrêté, ne 
saurait  être modifié  ultérieurement,  une modification  rétroactive  du  type 
de taxation choisi est en effet exclue (cf. consid. 3.2.3 ci­avant).
7.1.2. Partant, force est de constater que les conditions pour l'exonération 
à  la  source  des  prestations  fournies  à  des  bénéficiaires  d'exemptions 
fiscales  visés  à  l'art.  2  LEH  (cf. consid. 3.2.1  ci­avant)  ne  sont  pas 
remplies,  la  TVA  ayant  en  particulier  été  facturée.  En  outre  –  comme 
admis  par  la  recourante  –  les  formulaires  officiels  d'exonération  n'ayant 
pas été conservés, aucune preuve d'une quelconque exonération n'a été 
remise lors du contrôle effectué les 18 et 19 novembre 2008 ainsi que le 
8  janvier 2009. Comme on vient de  le voir  (cf. consid. 7.1.1),  le  fait que 
des  formules officielles – qui, conformément aux dires de  la  recourante, 
A­7647/2010
Page 25
auraient été  remplies a posteriori  par  les clients de cette dernière – ont 
été  déposées  devant  le  Tribunal  de  céans  ne  modifie  en  rien 
l'appréciation  ici  exposée.  Bien  plus,  à  supposer  qu’une  modification 
ultérieure de la procédure soit admise (ce qui n’est, comme on vient de le 
voir,  pas  le  cas),  ces  documents,  ainsi  que  les  factures  et  les  avis  de 
crédit produits par  la  recourante devant  le Tribunal administratif  fédéral, 
ne  permettent  nullement  de  démontrer  que  les  factures  auraient  été 
corrigées  et  respecteraient  les  conditions  exigées  pour  exonérer  les 
prestations  en  cause.  Au  contraire,  comme  on  vient  de  le  voir 
(cf. consid. 7.1.1  ci­avant),  ces  factures  ne  portent  pas  la  mention 
« exonéré »  ou  « exonéré  selon  l'art. 90 al.  2  let.  a  aLTVA »,  mais 
mentionnent la TVA, si bien que celle­ci est due.
7.2.  Il y a  lieu de se prononcer sur  la question de  l'estimation du chiffre 
d'affaires de la recourante.
7.2.1. Cette  dernière  affirme  que  les  documents  sur  lesquels  l’AFC  se 
serait fondés « ne sont pas les éléments réellement comptabilisés ». Elle 
prétend  également  ne  pas  être  en  mesure  de  combattre  l'opinion  de 
l'autorité inférieure, selon laquelle sa comptabilité ne serait pas probante, 
puisqu'elle  était  dans  l'impossibilité  d'apporter  la  preuve  du  contraire. 
Dans son courrier du 21 décembre 2010 adressé à l’autorité intimée, elle 
fait en revanche valoir que l’attestation de A._______ y jointe « atteste du 
fait que les chiffres d’affaires déclarés dans les déclarations TVA en 2003 
par ma cliente étaient justes et que sa comptabilité est donc probante ».
Avant d'examiner  la pertinence de  la marge  retenue par  l'administration 
dans  l'estimation  du  chiffre  d'affaires  de  la  recourante  (consid.  7.2.3  ci­
dessous),  il  sied  de  rappeler  le  cadre  dans  lequel  la  taxation  par 
estimation est intervenue (consid. 7.2.2 ci­dessous).
7.2.2. 
7.2.2.1 Lors de son contrôle sur place,  l’AFC a constaté notamment  les 
irrégularités suivantes :
­ selon  le  livre  de  caisse  de  la  recourante,  le  solde  au  31  décembre 
2003  s’est  élevé  à  CHF …  alors  que  la  comptabilité  présentait  un 
solde de CHF 0.­­.
­ un solde de caisse négatif au 31 décembre 2004 avait été régularisé 
au  moyen  d’une  écriture  comptable  « caisse  à  compte  privé 
actionnaire »  pour  un  montant  de  CHF …  intitulé  « ajustement 
caisse » ;  une  « régularisation »  identique  pour  des  montants 
A­7647/2010
Page 26
substantiels a été effectuée au 31 décembre 2005 et 2006 (CHF … et 
CHF … ).
­ des achats et frais privés de l’actionnaire avaient été comptabilisés à 
100%  comme  des  charges  commerciales  pour  un  montant  total  de 
CHF … durant les années 2003 à 2007.
­ un achat de fourniture a été comptabilisé à deux reprises.
­ les  frais  concernant  le  loyer  d’un  appartement  privé  ont  été 
comptabilisés.
­ une recette a été comptabilisée comme charge au lieu d’un produit.
Selon  la  décision  sur  réclamation du 24  septembre 2010,  la  recourante 
saisissait  sur  une  feuille  excel  les mouvements  financiers. Une  fois  par 
année,  ces  chiffres  étaient  repris  globalement  par  la  fiduciaire  de  la 
société qui établissait en même temps le rapport de révision. L’AFC avait 
constaté  que  le  lien  entre  les  fichiers  excel  établis  par  la  recourante  et 
leurs  reprises dans  la comptabilité établie par  la  fiduciaire était  presque 
impossible à  réaliser et que  la  recourante n’avait pas non plus présenté 
des écritures de bouclement. La comptabilité ne contenait pas non plus 
de comptes détaillant la TVA à récupérer et la TVA due. L’autorité intimée 
a  en  outre  relevé  dans  la  décision  entreprise  que  les  mouvements  en 
espèces  étaient  importants,  ce  qui  nécessitait  une  tenue  correcte  d’un 
livre de  caisse afin de pouvoir  contrôler  le mouvement  des espèces. Si 
les  feuilles excel n’étaient pas  le  livre de caisse, comme le prétendait  la 
recourante, il fallait en conclure que la recourante n’en tenait pas, ce qui 
était une grave lacune supplémentaire, compte tenu du fait des nombreux 
mouvements en espèces. L’AFC a encore admis que toutes les recettes 
et  toutes  les dépenses n’étaient  pas enregistrées  chronologiquement  et 
accompagnées  d’un  libellé  approprié  dans  les  livres  de  caisse,  de 
comptes  de  chèques  postaux  et  de  banque  et  ceci  au  mépris  des 
instructions 2008 (ch. 884). Les dates des écritures étaient généralement 
le 31 décembre 200X.
7.2.2.2  La  recourante  ne  conteste  pas  réellement  ce  qui  précède.  Son 
attitude contradictoire, consistant d’abord à prétendre, dans son mémoire 
de  recours,  ne  pas  être  en mesure  de  combattre  l'opinion  de  l'autorité 
inférieure  (cf.  les  faits  lettre E et consid. 7.2.1 ci­avant), puis à affirmer, 
dans son courrier du 21 décembre 2010 adressé à l’autorité intimée, que 
sa  comptabilité  serait  probante  (cf.  les  faits  lettre  F  et  consid.  7.2.1  ci­
avant), ne remettent en  tout cas pas en doute  les manquements graves 
constatés  par  l’autorité  inférieure.  Les  conditions  d’une  estimation  par 
l’AFC sont ainsi réalisés.
A­7647/2010
Page 27
7.2.3. A propos  de  l'estimation  elle­même,  la  recourante  ne  la  conteste 
pas non plus. A supposer que ses arguments, consistant à affirmer que 
les  documents  sur  lesquels  l’AFC  se  serait  fondés  « ne  sont  pas  les 
éléments  réellement  comptabilisés »  ou  encore  que  l’attestation  de 
A._______ « atteste du  fait  que  les  chiffres  d’affaires  déclarés dans  les 
déclarations  TVA  en  2003  par  ma  cliente  étaient  justes  et  que  sa 
comptabilité est donc probante », soient des arguments visant à contester 
l’estimation  faite par  l’autorité  intimée,  ils ne permettraient pas d’attester 
du  caractère manifestement  inexact  de  l’estimation effectuée par  l’AFC. 
Or,  conformément  à  la  situation  juridique  exposée  ci­dessus 
(cf. consid. 5.3),  il  appartient  à  la  recourante  de  fournir  les  moyens  de 
preuve nécessaires, afin d'attester du caractère manifestement erroné de 
l'estimation effectuée par l'administration. Etant dans l'incapacité d'établir 
que  l'estimation  faite  par  l'administration  ne  correspond  manifestement 
pas  à  la  réalité,  la  recourante  doit  en  supporter  les  conséquences.  De 
plus,  la  recourante  doit  s'accommoder  de  l'imprécision  qui  résulte 
nécessairement  d'une moyenne,  puisqu'elle  est  elle­même  responsable 
de  l'ouverture  de  la  procédure  de  taxation  par  voie  d'estimation 
(cf. consid. 5.3  ci­dessus;  voir  également  l'arrêt  du  Tribunal  fédéral 
2C_429/2009  du  9  novembre  2009  consid.  5).  En  conclusion,  rien  ne 
permet de conclure que l'AFC aurait abusé de son pouvoir d'appréciation 
lorsqu'elle  a  procédé  à  l'estimation  des  chiffres  d'affaires  de  la 
recourante. Cette dernière n'a pas réussi à établir que le résultat auquel 
est parvenu l'autorité fiscale serait manifestement contraire à la réalité.
7.3. En dernier  lieu,  le Tribunal de céans doit  juger si  la  reprise opérée 
par extrapolation de l'impôt préalable est justifiée ou non.
7.3.1.  Lors  du  contrôle  sur  place,  l’autorité  inférieure  a  constaté  que 
l’examen de  la concordance de  l’impôt préalable était difficile à  réaliser. 
Selon  la  décision  du  24  septembre  2004,  l’AFC  a  notamment  constaté 
que  l’impôt  préalable  était  calculé  pour  chaque  nature  de  charge  en 
appliquant un taux de TVA sur le total de ces charges sans se référer aux 
pièces justificatives. Cette manière de faire était à  l’origine de nombreux 
écarts constatés  lors de  l’examen de  l’impôt préalable et avait nécessité 
un contrôle approfondi (par sondage), car les erreurs étaient nombreuses 
et  ne  suivaient  aucune  logique.  Un  examen  approfondi  de  l’impôt 
préalable sur une période s’étalant du 1er janvier au 30 juin 2003 avait fait 
ressortir  que  l’assujetti  avait  récupéré  à  tort  des  montants  d’impôt 
préalable  pour  CHF …  ,  soit  le  26,42%  de  l’impôt  préalable  déduit. 
L’inspecteur avait corrigé la déduction de l’impôt préalable à raison de ce 
pourcentage  pour  l’ensemble  de  l’année  2003,  si  bien  que  la  reprise 
A­7647/2010
Page 28
s’élevait à CHF … pour cette année. Les  inspecteurs avaient également 
procédé  à  des  sondages  sur  trois  mois  pour  les  autres  années 
concernées (4ème trimestre 2004, 3ème trimestre 2005, 2ème trimestre 2006 
et  1er  trimestre  2007)  et  repris  le  pourcentage  annuel  d’erreurs  sur 
chaque période contrôlée. Selon  la décision entreprise,  l’autorité  intimée 
est  de  l’avis que sa méthode ne souffrait  aucune critique,  car elle avait 
effectué son contrôle de l’impôt préalable au sein de différents trimestres 
– au moins un  trimestre de chaque année ayant été contrôlé – pour  les 
années  2003  à  2007  et  les  erreurs  constatées  étaient  présentes  et 
semblables dans toutes les périodes sujettes à extrapolation.
7.3.2. La recourante ne conteste pas du  tout cette manière de procéder 
de  l’AFC,  mais  se  contente  de  reproches  d’ordre  général  (cf.  les  faits 
lettre E et F). Dès lors que la manière de procéder de l’AFC est conforme 
à la jurisprudence (cf. consid. 6, en particulier le consid. 6.2.2 ci­avant) et 
que  les  faits  ne  sont  pas  contestés  par  la  recourante  –  qui  se  limite  à 
prétendre, dans son courrier du 21 décembre 2010 adressé à l’AFC, que 
sa  comptabilité  était  probante  sans  se  déterminer  par  rapport  à  la 
manière de procéder et aux reprises effectuées par l’autorité intimée –, la 
correction  de  l’impôt  préalable  par  estimation  effectuée  par  l’autorité 
intimée paraît correcte. La recourante ayant omis de fournir des moyens 
de preuve  relatifs à  l’impôt préalable débité afin de prouver de manière 
exacte et  précise  l’impôt préalable déductible,  elle doit  en supporter  les 
conséquences. Le recours doit par conséquent également être rejeté sur 
ce point.
8. 
Les  considérations  qui  précèdent  conduisent  le  Tribunal  administratif 
fédéral  à  rejeter  le  recours.  Vu  l'issue  de  la  cause,  en  application  de 
l'art. 63 al. 1 PA  et  de  l'art.  1  ss  du  Règlement  du  21  février  2008 
concernant  les  frais,  dépens  et  indemnités  fixés  par  le  Tribunal 
administratif  fédéral  (FITAF,  RS 173.320.2),  les  frais  de  procédure,  par 
CHF …, comprenant  l'émolument  judiciaire et  les débours, sont mis à  la 
charge de la recourante qui succombe. L'autorité de recours impute, dans 
le  dispositif,  l'avance  sur  les  frais  de  procédure  correspondants.  Une 
indemnité à titre de dépens n'est pas alloué à la recourante (art. 64 al. 1 
PA a contrario, respectivement art. 7 al. 1 FITAF a contrario).
A­7647/2010
Page 29
Par ces motifs, le Tribunal administratif fédéral prononce :
1. 
Le recours est rejeté.
2. 
Les frais de procédure, d'un montant de CHF …, sont mis à la charge de 
la  recourante  et  imputés  sur  l'avance  de  frais  déjà  versée  du  même 
montant.
3. 
Il n’est pas alloué de dépens.
4. 
Le présent arrêt est adressé :
– à la recourante (Acte judiciaire)
– à l'autorité inférieure (n° de réf. 145 746 / PTN 6643 ; Acte judiciaire)
Le président du collège : Le greffier :
Daniel Riedo Daniel de Vries Reilingh
Indication des voies de droit :
La présente décision peut être attaquée devant le Tribunal fédéral, 1000 
Lausanne 14, par la voie du recours en matière de droit public, dans les 
trente  jours  qui  suivent  la  notification  (art. 82  ss,  90  ss  et  100  de  la  loi 
fédérale  du  17 juin  2005  sur  le  Tribunal  fédéral  [LTF, RS 173.110]).  Le 
mémoire  doit  être  rédigé  dans  une  langue  officielle,  indiquer  les 
conclusions,  les  motifs  et  les  moyens  de  preuve,  et  être  signé.  La 
décision  attaquée  et  les  moyens  de  preuve  doivent  être  joints  au 
mémoire, pour autant qu'ils soient en mains du recourant (art. 42 LTF).
Expédition :